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5czo

Structure of S. cerevisiae Hrr25:Mam1 complex, form 2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 124.4 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Casein kinase I homolog HRR25

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P29295

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–394 突变：K38R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Monopolin complex subunit MAM1 × 1 （P40065） ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Imidazole pH 8.0, 14% PEG3350, 6% Glycerol 分辨率 2.89 Å R-free 0.253
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–394 突变：K38R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Monopolin complex subunit MAM1 × 1 （P40065） ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Imidazole pH 8.0, 14% PEG3350, 6% Glycerol 分辨率 2.89 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5CZO Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4XHL Structure of S. cerevisiae Hrr25 1-394 (K38R mutant) 提交 2015-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–394（394 aa） 片段：UNP residues 1-394
突变：K38R CKI N-(2-AMINOETHYL)-5-CHLOROISOQUINOLINE-8-SULFONAMIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 11；293 K；0.1 M CAPS pH 11, 0.2 M lithium sulfate, and 1.5-1.6 M ammonium sulfate
分辨率 3.01 Å R-free 0.285
5CYZ Structure of S. cerevisiae Hrr25:Mam1 complex, form 1 提交 2015-07-31 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–394（394 aa）
突变：K38R, N-terminal Ala from tag 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；293 K；0.1M CHES pH8.9, 5% Tacsimate, 25 mM YCl3, 19% PEG3350
分辨率 1.84 Å R-free 0.192

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HRR25_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–395； UniProt 1–394 作者链 B； PDB构建体 2–395； UniProt 1–394

Monopolin complex subunit MAM1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P40065

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 87–191 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Casein kinase I homolog HRR25 × 1 （P29295） ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Imidazole pH 8.0, 14% PEG3350, 6% Glycerol 分辨率 2.89 Å R-free 0.253
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 87–191 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Casein kinase I homolog HRR25 × 1 （P29295） ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Imidazole pH 8.0, 14% PEG3350, 6% Glycerol 分辨率 2.89 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5CZO Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5CYZ Structure of S. cerevisiae Hrr25:Mam1 complex, form 1 提交 2015-07-31 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 87–191（105 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；293 K；0.1M CHES pH8.9, 5% Tacsimate, 25 mM YCl3, 19% PEG3350
分辨率 1.84 Å R-free 0.192
5KTB Structure of a complex between S. cerevisiae Csm1 and Mam1 提交 2016-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 221–290（70 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 100 mM magnesium chloride, 6% PEG4000
分辨率 3.05 Å R-free 0.241

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MAM1_YEAST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–105； UniProt 87–191 作者链 D； PDB构建体 1–105； UniProt 87–191

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5czo

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5czo
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5czo
沉积日期 deposition_date2015-07-31
结构标题 titleStructure of S. cerevisiae Hrr25:Mam1 complex, form 2
关键词 keywordscasein kinase, monopolin, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.62 Å
零角强度 I(0) i0188373000.00
分子量 molecular_weight112510.0 kDa
排除体积 excluded_volume141390 ų
包络体积 envelope_volume185290 ų
水化壳体积 shell_volume42378 ų
包络直径 envelope_diameter130.2 Å
壳层 Rg shell_rg41.70 Å
包络 Rg envelope_rg37.50 Å
形状 Rg shape_rg37.56 Å
总 Rg total_rg38.06 Å
总原子数 total_atoms7919
残基数 n_residues928
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax124.4 Å
Rg (实空间) rg_real39.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real1.8740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7750e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal188300000.0000
解质量估计 total_estimate0.6448
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary35.5 Å
偏度 Skewness skewness0.466
峰度 Kurtosis kurtosis-0.533
角度范围 angular_range— – 0.2100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha3.1530
最高正则化参数 α highest_alpha30740000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.876; Stabil: 0.907; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.884; Smooth: 0.164
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)