SAXSdb — 5d0q

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein assembly factor BamA

Escherichia coli K-12

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Outer membrane protein assembly factor BamC × 1 （P0A903） Outer membrane protein assembly factor BamD × 1 （P0AC02） Outer membrane protein assembly factor BamE × 1 （P0A937）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Outer membrane protein assembly factor BamC × 1 （P0A903） Outer membrane protein assembly factor BamD × 1 （P0AC02） Outer membrane protein assembly factor BamE × 1 （P0A937）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BAMA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–810； UniProt 2–810 作者链 F； PDB构建体 2–810； UniProt 2–810

Outer membrane protein assembly factor BamC

Escherichia coli

UniProt P0A903

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Outer membrane protein assembly factor BamA × 1 （P0A940） Outer membrane protein assembly factor BamD × 1 （P0AC02） Outer membrane protein assembly factor BamE × 1 （P0A937）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Outer membrane protein assembly factor BamA × 1 （P0A940） Outer membrane protein assembly factor BamD × 1 （P0AC02） Outer membrane protein assembly factor BamE × 1 （P0A937）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BAMC_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–344； UniProt 2–344 作者链 G； PDB构建体 2–344； UniProt 2–344

Outer membrane protein assembly factor BamD

Escherichia coli

UniProt P0AC02

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Outer membrane protein assembly factor BamA × 1 （P0A940） Outer membrane protein assembly factor BamC × 1 （P0A903） Outer membrane protein assembly factor BamE × 1 （P0A937）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Outer membrane protein assembly factor BamA × 1 （P0A940） Outer membrane protein assembly factor BamC × 1 （P0A903） Outer membrane protein assembly factor BamE × 1 （P0A937）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BAMD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–245； UniProt 2–245 作者链 H； PDB构建体 2–245； UniProt 2–245

Outer membrane protein assembly factor BamE

Escherichia coli

UniProt P0A937

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Outer membrane protein assembly factor BamA × 1 （P0A940） Outer membrane protein assembly factor BamC × 1 （P0A903） Outer membrane protein assembly factor BamD × 1 （P0AC02）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Outer membrane protein assembly factor BamA × 1 （P0A940） Outer membrane protein assembly factor BamC × 1 （P0A903） Outer membrane protein assembly factor BamD × 1 （P0AC02）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BAME_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 2–113； UniProt 2–113 作者链 I； PDB构建体 2–113； UniProt 2–113

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5d0q
沉积日期 deposition_date	2015-08-03
结构标题 title	BamACDE complex, outer membrane beta-barrel assembly machinery (BAM) complex
关键词 keywords	;outer membrane biogenesis, outer membrane beta-barrel assembly machinery complex, E.coli, outer membrane insertion., PROTEIN TRANSPORT ;; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5d0q__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5d0q__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5d0q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.11 Å
Rg（电子密度）	41.41 Å
总 Rg	41.74 Å
原子数	10838
残基数	1353
排除体积	191070 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5d0q__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5d0q__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Outer membrane protein assembly factor BamA
分子量 formula_weight	91393.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F
原子数 atom_count	19905

MAMKKLLIASLLFSSATVYGAEGFVVKDIHFEGLQRVAVGAALLSMPVRTGDTVNDEDISNTIRALFATGNFEDVRVLRDGDTLLVQVKERPTIASITFSGNKSVKDDMLKQNLEASGVRVGESLDRTTIADIEKGLEDFYYSVGKYSASVKAVVTPLPRNRVDLKLVFQEGVSAEIQQINIVGNHAFTTDELISHFQLRDEVPWWNVVGDRKYQKQKLAGDLETLRSYYLDRGYARFNIDSTQVSLTPDKKGIYVTVNITEGDQYKLSGVEVSGNLAGHSAEIEQLTKIEPGELYNGTKVTKMEDDIKKLLGRYGYAYPRVQSMPEINDADKTVKLRVNVDAGNRFYVRKIRFEGNDTSKDAVLRREMRQMEGAWLGSDLVDQGKERLNRLGFFETVDTDTQRVPGSPDQVDVVYKVKERNTGSFNFGIGYGTESGVSFQAGVQQDNWLGTGYAVGINGTKNDYQTYAELSVTNPYFTVDGVSLGGRLFYNDFQADDADLSDYTNKSYGTDVTLGFPINEYNSLRAGLGYVHNSLSNMQPQVAMWRYLYSMGEHPSTSDQDNSFKTDDFTFNYGWTYNKLDRGYFPTDGSRVNLTGKVTIPGSDNEYYKVTLDTATYVPIDDDHKWVVLGRTRWGYGDGLGGKEMPFYENFYAGGSSTVRGFQSNTIGPKAVYFPHQASNYDPDYDYECATQDGAKDLCKSDDAVGGNAMAVASLEFITPTPFISDKYANSVRTSFFWDMGTVWDTNWDSSQYSGYPDYSDPSNIRMSAGIALQWMSPLGPLVFSYAQPFKKYDGDKAEQFQFNIGKTW

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Outer membrane protein assembly factor BamC
分子量 formula_weight	37297.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MAYSVQKSRLAKVAGVSLVLLLAACSSDSRYKRQVSGDEAYLEAAPLAELHAPAGMILPVTSGDYAIPVTNGSGAVGKALDIRPPAQPLALVSGARTQFTGDTASLLVENGRGNTLWPQVVSVLQAKNYTITQRDDAGQTLTTDWVQWNRLDEDEQYRGRYQISVKPQGYQQAVTVKLLNLEQAGKPVADAASMQRYSTEMMNVISAGLDKSATDAANAAQNRASTTMDVQSAADDTGLPMLVVRGPFNVVWQRLPAALEKVGMKVTDSTRSQGNMAVTYKPLSDSDWQELGASDPGLASGDYKLQVGDLDNRSSLQFIDPKGHTLTQSQNDALVAVFQAAFSK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Outer membrane protein assembly factor BamD
分子量 formula_weight	28280.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MTRMKYLVAAATLSLFLAGCSGSKEEVPDNPPNEIYATAQQKLQDGNWRQAITQLEALDNRYPFGPYSQQVQLDLIYAYYKNADLPLAQAAIDRFIRLNPTHPNIDYVMYMRGLTNMALDDSALQGFFGVDRSDRDPQHARAAFSDFSKLVRGYPNSQYTTDATKRLVFLKDRLAKYEYSVAEYYTERGAWVAVVNRVEGMLRDYPDTQATRDALPLMENAYRQMQMNAQAEKVAKIIAANSSNT

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Outer membrane protein assembly factor BamE
分子量 formula_weight	13717.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,I

MRCKTLTAAAAVLLMLTAGCSTLERVVYRPDINQGNYLTANDVSKIRVGMTQQQVAYALGTPLMSDPFGTNTWFYVFRQQPGHEGVTQQTLTLTFNSSGVLTNIDNKPALSGNGGHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5d0qA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family

结构域编号 domain_id	5d0qD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	5d0qE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1450 — Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5d0qF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	160 — Porin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family

结构域编号 domain_id	5d0qH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

结构域编号 domain_id	5d0qI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1450 — Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	254.157 Å
晶胞边长 b length_b	254.157 Å
晶胞边长 c length_c	179.215 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 42 21 2
空间群编号 int_tables_number	94
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	29.943 Å
R 因子 r_factor	0.3154
R_work r_work	0.3142
R_free r_free	0.3399

BamACDE complex, outer membrane beta-barrel assembly machinery (BAM) complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein assembly factor BamA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Outer membrane protein assembly factor BamC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Outer membrane protein assembly factor BamD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Outer membrane protein assembly factor BamE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5d0q__assembly_1__model_1

5d0q__assembly_1__model_1 | I(q)

5d0q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

BamACDE complex, outer membrane beta-barrel assembly machinery (BAM) complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein assembly factor BamA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Outer membrane protein assembly factor BamC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Outer membrane protein assembly factor BamD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Outer membrane protein assembly factor BamE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5d0q__assembly_1__model_1

5d0q__assembly_1__model_1 | I(q)

5d0q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)