5d22

Structure of ovine granulocyte-macrophage colony-stimulating factor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 70.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor

Ovis aries

UniProt P28773

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 18–144 未记录 ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;0.2 M sodium acetate trihydrate 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5 30% w/v PEG 4000 分辨率 1.99 Å R-free 0.229
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 18–144 未记录 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;0.2 M sodium acetate trihydrate 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5 30% w/v PEG 4000 分辨率 1.99 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CSF2_SHEEP
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–127; UniProt 18–144 作者链 B; PDB构建体 1–127; UniProt 18–144

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5d22

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5d22
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5d22
沉积日期 deposition_date2015-08-05
结构标题 titleStructure of ovine granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
关键词 keywordsSignaling Protein, recombinant proteins, cytokine immunology, cytokine; CYTOKINE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.30
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.32
零角强度 I(0) i013282800.00
分子量 molecular_weight27376.0 kDa
排除体积 excluded_volume34214 ų
包络体积 envelope_volume43129 ų
水化壳体积 shell_volume17987 ų
包络直径 envelope_diameter71.4
壳层 Rg shell_rg26.43
包络 Rg envelope_rg20.73
形状 Rg shape_rg20.33
总 Rg total_rg21.16
总原子数 total_atoms1917
残基数 n_residues241
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.8
Rg (实空间) rg_real21.28
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.52
I(0) (实空间) i0_real1.3280e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6640e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.29
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13280000.0000
解质量估计 total_estimate0.8907
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary69.7
偏度 Skewness skewness0.278
峰度 Kurtosis kurtosis-0.448
角度范围 angular_range— – 0.3750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2349000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.947

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5d22a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamilya.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family familya.26.1.2 — Short-chain cytokines
结构域编号 domain_idd5d22b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamilya.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family familya.26.1.2 — Short-chain cytokines

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5d22A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id5d22B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)