SAXSdb — 5d28

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GM-CSF/IL-2 inhibition factor

Orf virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 4	Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor × 2 （P28773） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SULFATE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9J5U5_ORFV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–246； UniProt 20–265 作者链 D； PDB构建体 1–246； UniProt 20–265

Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor

Ovis aries

UniProt P28773

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 4	GM-CSF/IL-2 inhibition factor × 2 （Q9J5U5） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SULFATE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSF2_SHEEP
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–127； UniProt 18–144 作者链 C； PDB构建体 1–127； UniProt 18–144

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5d28
沉积日期 deposition_date	2015-08-05
结构标题 title	Complex of GM-CSF/IL-2 inhibition factor with Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
关键词 keywords	Signaling Protein, Cytokine, Host-pathogen interactions, Immunology, viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5d28__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5d28__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5d28__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.67 Å
Rg（电子密度）	27.79 Å
总 Rg	28.53 Å
原子数	5589
残基数	688
排除体积	98861 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5d28__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GM-CSF/IL-2 inhibition factor
分子量 formula_weight	27985.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	5606

AQWIGERDFCTAHAQDVFARLQVWMRIDRNVTAADNSSACALAIETPPSNFDADVYVAAAGINVSVSAINCGFFNMRQVETTYNTARRQMYVYMDSWDPWVIDDPQPLFSQEYENETLPYLLEVLELARLYIRVGCTVPGEQPFEVIPGIDYPHTGMEFLQHVLRPNRRFAPAKLHMDLEVDHRCVSAVHVKAFLQDACSARKARTPLYFAGHGCNHPDRRPKNPVPRPQHVSSPISRKCSMQTAR

来源 Source

来源生物 organism	Orf virus
通用名 common_name	ORFV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10258
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
分子量 formula_weight	14426.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

APTRQPSPVTRPWQHVDAIKEALSLLNDSTDTAAVMDETVEVVSEMFDSQEPTCLQTRLELYKQGLRGSLTSLTGSLTMMASHYKKHCPPTQETSCETQIITFKSFKENLKDFLFIIPFDCWEPVQK

来源 Source

来源生物 organism	Ovis aries
通用名 common_name	Sheep
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9940
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

来源 Source

来源生物 organism	Orf virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10258
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

来源 Source

来源生物 organism	Orf virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10258
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

来源 Source

来源生物 organism	Orf virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10258
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	17

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5d28b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamily	a.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family family	a.26.1.2 — Short-chain cytokines

结构域编号 domain_id	d5d28c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamily	a.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family family	a.26.1.2 — Short-chain cytokines

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5d28B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5d28C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	145.700 Å
晶胞边长 b length_b	105.600 Å
晶胞边长 c length_c	73.490 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.31 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.845 Å
最低分辨率 resolution_low	44.063 Å
R 因子 r_factor	0.1928
R_work r_work	0.1905
R_free r_free	0.2353

Complex of GM-CSF/IL-2 inhibition factor with Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GM-CSF/IL-2 inhibition factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5d28__assembly_1__model_1

5d28__assembly_1__model_1 | I(q)

5d28__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Complex of GM-CSF/IL-2 inhibition factor with Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GM-CSF/IL-2 inhibition factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5d28__assembly_1__model_1

5d28__assembly_1__model_1 | I(q)

5d28__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)