5d2m

Complex between human SUMO2-RANGAP1, UBC9 and ZNF451

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SUMO-conjugating enzyme UBC9

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Small ubiquitin-related modifier 2 × 2 （P61956） Ran GTPase-activating protein 1 × 1 （P46060） Zinc finger protein 451 × 1 （Q9Y4E5） 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ran GTPase-activating protein 1 × 1 （P46060） 1,2-ETHANEDIOL × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBC9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–161； UniProt 1–158 作者链 D； PDB构建体 4–161； UniProt 1–158

Small ubiquitin-related modifier 2

Homo sapiens

UniProt P61956

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	SUMO-conjugating enzyme UBC9 × 1 （P63279） Ran GTPase-activating protein 1 × 1 （P46060） Zinc finger protein 451 × 1 （Q9Y4E5） 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SUMO2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–83； UniProt 15–93 作者链 E； PDB构建体 5–83； UniProt 15–93

Ran GTPase-activating protein 1

Homo sapiens

UniProt P46060

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	SUMO-conjugating enzyme UBC9 × 1 （P63279） Small ubiquitin-related modifier 2 × 2 （P61956） Zinc finger protein 451 × 1 （Q9Y4E5） 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SUMO-conjugating enzyme UBC9 × 1 （P63279） 1,2-ETHANEDIOL × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAGP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–171； UniProt 418–587 作者链 F； PDB构建体 2–171； UniProt 418–587

Zinc finger protein 451

Homo sapiens

UniProt Q9Y4E5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	SUMO-conjugating enzyme UBC9 × 1 （P63279） Small ubiquitin-related modifier 2 × 2 （P61956） Ran GTPase-activating protein 1 × 1 （P46060） 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ZN451_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 11–65； UniProt 2–56

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5d2m
沉积日期 deposition_date	2015-08-05
结构标题 title	Complex between human SUMO2-RANGAP1, UBC9 and ZNF451
关键词 keywords	Complex, SUMO, E3 Ligase, Ligase, Protein Binding; Ligase,Protein Binding
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5d2m__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5d2m__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5d2m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.14 Å
Rg（电子密度）	28.73 Å
总 Rg	29.39 Å
原子数	7824
残基数	492
排除体积	69828 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5d2m__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5d2m__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SUMO-conjugating enzyme UBC9
分子量 formula_weight	18341.1 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
突变 mutation	K14R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	13659

GSHMSGIALSRLAQERRAWRKDHPFGFVAVPTKNPDGTMNLMNWECAIPGKKGTPWEGGLFKLRMLFKDDYPSSPPKCKFEPPLFHPNVYPSGTVCLSILEEDKDWRPAITIKQILLGIQELLNEPNIQDPAQAEAYTIYCQNRVEYEKRVRAQAKKFAPS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Small ubiquitin-related modifier 2
分子量 formula_weight	9476.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

GSHMNDHINLKVAGQDGSVVQFKIKRHTPLSKLMKAYCERQGLSMRQIRFRFDGQPINETDTPAQLEMEDEDTIDVFQQQTGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ran GTPase-activating protein 1
分子量 formula_weight	18573.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

SNTGEPAPVLSSPPPADVSTFLAFPSPEKLLRLGPKSSVLIAQQTDTSDPEKVVSAFLKVSSVFKDEATVRMAVQDAVDALMQKAFNSSSFNSNTFLTRLLVHMGLLKSEDKVKAIANLYGPLMALNHMVQQDYFPKALAPLLLAFVTKPNSALESCSFARHSLLQTLYKV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Zinc finger protein 451
分子量 formula_weight	6907.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

GAMDHVEFGSGDPGSEIIESVPPAGPEASESTTDENEDDIQFVSEGPLRPVLEYIDLVSSDDEEP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	702

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d5d2ma_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d5d2mb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d5d2mc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.12 — Ran-GTPase activating protein 1 (RanGAP1), C-terminal domain
家族 Family family	a.118.12.1 — Ran-GTPase activating protein 1 (RanGAP1), C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d5d2md_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d5d2me1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d5d2me2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5d2mf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.12 — Ran-GTPase activating protein 1 (RanGAP1), C-terminal domain
家族 Family family	a.118.12.1 — Ran-GTPase activating protein 1 (RanGAP1), C-terminal domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5d2mA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	5d2mB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5d2mC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Ran-GTPase activating protein 1, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5d2mD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	5d2mE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5d2mF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Ran-GTPase activating protein 1, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	78.240 Å
晶胞边长 b length_b	115.060 Å
晶胞边长 c length_c	130.980 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	46.349 Å
R 因子 r_factor	0.1960
R_work r_work	0.1947
R_free r_free	0.2344

Complex between human SUMO2-RANGAP1, UBC9 and ZNF451

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SUMO-conjugating enzyme UBC9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small ubiquitin-related modifier 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ran GTPase-activating protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Zinc finger protein 451

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5d2m__assembly_1__model_1

5d2m__assembly_1__model_1 | I(q)

5d2m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)