SAXSdb — 5ddj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Foot and mouth disease virus, VP1

Foot-and-mouth disease virus - type O

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 240	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 20	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 24	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6PMW3_9PICO
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3, 4
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–211； UniProt 725–935 作者链 2； PDB构建体 1–218； UniProt 287–504 作者链 3； PDB构建体 1–220； UniProt 505–724 作者链 4； PDB构建体 1–85； UniProt 202–286

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ddj
沉积日期 deposition_date	2015-08-25
结构标题 title	Crystal structure of recombinant foot-and-mouth-disease virus O1M-S2093Y empty capsid
关键词 keywords	virus, foot and mouth disease virus, picornavirus, aphthovirus, vaccine; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ddj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ddj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ddj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	131.50 Å
总 Rg	131.60 Å
原子数	307860
残基数	39600
排除体积	5459400 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5ddj__assembly_1__model_1`	240-meric （240）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5ddj__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`5ddj__assembly_3__model_1`	eicosameric （20）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`5ddj__assembly_4__model_1`	24-meric （24）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`5ddj__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Foot and mouth disease virus, VP1
分子量 formula_weight	23207.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	5131

TTSAGESADPVTATVENYGGETQVQRRQHTDVSFILDRFVKVTPKDQINVLDLMQTPAHTLVGALLRTATYYFADLEVAVKHEGNLTWVPNGAPEAALDNTTNPTAYHKAPLTRLALPYTAPHRVLATVYNGNSKYGDGTVANVRGDLQVLAQKAARALPTSFNYGAIKATRVTELLYRMKRAETYCPRPLLAIHPDQARHKQKIVAPVKQ

来源 Source

来源生物 organism	Foot-and-mouth disease virus - type O
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12118
宿主生物 host_organism	MESOCRICETUS AURATUS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Foot and mouth disease virus, VP2
分子量 formula_weight	24417.5 kDa
突变 mutation	S93Y
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

DKKTEETTLLEDRILTTRNGHTTSTTQSSVGVTYGYATAEDFVSGPNTSGLETRVAQAERFFKTHLFDWVTSDPFGRCHLLELPTDHKGVYGYLTDSYAYMRNGWDVEVTAVGNQFNGGCLLVAMVPELCSIQKRELYQLTLFPHQFINPRTNMTAHITVPFVGVNRYDQYKVHKPWTLVVMVVAPLTVNSEGAPQIKVYANIAPTNVHVAGEFPSKE

来源 Source

来源生物 organism	Foot-and-mouth disease virus - type O
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12118
宿主生物 host_organism	MESOCRICETUS AURATUS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Foot and mouth disease virus, VP3
分子量 formula_weight	23905.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GIFPVACSDGYGGLVTTDPKTADPAYGKVFNPPRNMLPGRFTNFLDVAEACPTFLHFEGDVPYVTTKTDSDRVLAQFDLSLAAKHMSNTFLAGLAQYYTQYSGTINLHFMFTGPTDAKARYMIAYAPPGMEPPKTPEAAAHCIHAEWDTGLNSKFTFSIPYLSAADYAYTASDTAETTNVQGWVCLFQITHGKADGDALVVLASAGKDFELRLPVDARTQ

来源 Source

来源生物 organism	Foot-and-mouth disease virus - type O
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12118
宿主生物 host_organism	MESOCRICETUS AURATUS

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Genome polyprotein
分子量 formula_weight	8766.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

GAGQSSPATGSQNQSGNTGSIINNYYMQQYQNSMDTQLGDNATSGGSNEGSTDTTSTHTTNTQNNDWFSKLASSAFSGLFGALLA

来源 Source

来源生物 organism	Foot-and-mouth disease virus - type O
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12118
宿主生物 host_organism	MESOCRICETUS AURATUS

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5ddj100
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5ddj200
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5ddj300
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5ddj400
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	90 — Foot-And-Mouth Disease Virus, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus

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晶胞边长 a length_a	344.080 Å
晶胞边长 b length_b	344.080 Å
晶胞边长 c length_c	344.080 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	120

空间群 space_group	I 2 3
空间群编号 int_tables_number	197
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	49.664 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.3610
R_free r_free	—

Crystal structure of recombinant foot-and-mouth-disease virus O1M-S2093Y empty capsid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Foot and mouth disease virus, VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ddj__assembly_1__model_1

5ddj__assembly_1__model_1 | I(q)

5ddj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of recombinant foot-and-mouth-disease virus O1M-S2093Y empty capsid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Foot and mouth disease virus, VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ddj__assembly_1__model_1

5ddj__assembly_1__model_1 | I(q)

5ddj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)