SAXSdb — 5dhy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein Rev

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–65	未记录	Anti-Rev Antibody Fab single-chain variable fragment, heavy chain × 1 Anti-Rev Antibody Fab single-chain variable fragment, light chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystals of scFv-Rev were initially grown in 20% PEG 3350, a variety of salts (200 mM sodium sulfate, sodium bromide, or ammonium phosphate dibasic), and pH ranging from 6.5-8.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.300
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 1–65	未记录	Anti-Rev Antibody Fab single-chain variable fragment, heavy chain × 1 Anti-Rev Antibody Fab single-chain variable fragment, light chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystals of scFv-Rev were initially grown in 20% PEG 3350, a variety of salts (200 mM sodium sulfate, sodium bromide, or ammonium phosphate dibasic), and pH ranging from 6.5-8.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.300

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5DHY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
11BC Human Nap1 in complex with HIV-1 Rev 提交 2026-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–116（116 aa）链 D 1–116（116 aa）链 E 1–116（116 aa）链 F 1–116（116 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
11BE HIV-1 Rev Filament 提交 2026-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 155 PDB 声明：155-meric	链 A1 1–116（116 aa）链 A4 1–116（116 aa）链 A5 1–116（116 aa）链 A9 1–116（116 aa）链 B1 1–116（116 aa）链 B4 1–116（116 aa）链 B5 1–116（116 aa）链 B9 1–116（116 aa）链 C1 1–116（116 aa）链 C5 1–116（116 aa）链 C6 1–116（116 aa）链 C9 1–116（116 aa）链 D1 1–116（116 aa）链 D5 1–116（116 aa）链 D6 1–116（116 aa）链 D9 1–116（116 aa）链 E1 1–116（116 aa）链 E5 1–116（116 aa）链 E6 1–116（116 aa）链 E9 1–116（116 aa）链 F1 1–116（116 aa）链 F5 1–116（116 aa）链 F6 1–116（116 aa）链 F9 1–116（116 aa）链 G1 1–116（116 aa）链 G5 1–116（116 aa）链 G6 1–116（116 aa）链 G9 1–116（116 aa）链 H1 1–116（116 aa）链 H5 1–116（116 aa）链 H6 1–116（116 aa）链 H9 1–116（116 aa）链 I1 1–116（116 aa）链 I4 1–116（116 aa）链 I9 1–116（116 aa）链 J1 1–116（116 aa）链 J4 1–116（116 aa）链 J9 1–116（116 aa）链 K1 1–116（116 aa）链 K4 1–116（116 aa）链 K9 1–116（116 aa）链 L1 1–116（116 aa）链 L4 1–116（116 aa）链 L9 1–116（116 aa）链 M1 1–116（116 aa）链 M4 1–116（116 aa）链 M5 1–116（116 aa）链 M9 1–116（116 aa）链 N1 1–116（116 aa）链 N4 1–116（116 aa）链 N5 1–116（116 aa）链 N9 1–116（116 aa）链 O1 1–116（116 aa）链 O4 1–116（116 aa）链 O5 1–116（116 aa）链 O9 1–116（116 aa）链 P1 1–116（116 aa）链 P5 1–116（116 aa）链 P9 1–116（116 aa）链 R1 1–116（116 aa）链 R4 1–116（116 aa）链 R9 1–116（116 aa）链 S1 1–116（116 aa）链 S4 1–116（116 aa）链 S9 1–116（116 aa）链 T1 1–116（116 aa）链 T4 1–116（116 aa）链 T5 1–116（116 aa）链 T9 1–116（116 aa）链 U1 1–116（116 aa）链 U4 1–116（116 aa）链 U5 1–116（116 aa）链 U9 1–116（116 aa）链 V1 1–116（116 aa）链 V5 1–116（116 aa）链 V6 1–116（116 aa）链 V9 1–116（116 aa）链 W1 1–116（116 aa）链 W5 1–116（116 aa）链 W6 1–116（116 aa）链 W9 1–116（116 aa）链 X1 1–116（116 aa）链 X5 1–116（116 aa）链 X6 1–116（116 aa）链 X9 1–116（116 aa）链 Y1 1–116（116 aa）链 Y5 1–116（116 aa）链 Y6 1–116（116 aa）链 Y9 1–116（116 aa）链 a3 1–116（116 aa）链 a7 1–116（116 aa）链 a8 1–116（116 aa）链 b3 1–116（116 aa）链 b7 1–116（116 aa）链 b8 1–116（116 aa）链 c2 1–116（116 aa）链 c7 1–116（116 aa）链 c8 1–116（116 aa）链 d2 1–116（116 aa）链 d7 1–116（116 aa）链 d8 1–116（116 aa）链 e2 1–116（116 aa）链 e7 1–116（116 aa）链 e8 1–116（116 aa）链 f2 1–116（116 aa）链 f7 1–116（116 aa）链 f8 1–116（116 aa）链 g2 1–116（116 aa）链 g7 1–116（116 aa）链 g8 1–116（116 aa）链 h2 1–116（116 aa）链 h7 1–116（116 aa）链 h8 1–116（116 aa）链 i3 1–116（116 aa）链 i7 1–116（116 aa）链 j3 1–116（116 aa）链 j7 1–116（116 aa）链 k3 1–116（116 aa）链 k7 1–116（116 aa）链 l3 1–116（116 aa）链 l7 1–116（116 aa）链 m3 1–116（116 aa）链 m7 1–116（116 aa）链 m8 1–116（116 aa）链 n3 1–116（116 aa）链 n7 1–116（116 aa）链 n8 1–116（116 aa）链 o3 1–116（116 aa）链 o7 1–116（116 aa）链 o8 1–116（116 aa）链 p3 1–116（116 aa）链 p7 1–116（116 aa）链 p8 1–116（116 aa）链 r3 1–116（116 aa）链 r7 1–116（116 aa）链 s3 1–116（116 aa）链 s7 1–116（116 aa）链 t3 1–116（116 aa）链 t7 1–116（116 aa）链 t8 1–116（116 aa）链 u3 1–116（116 aa）链 u7 1–116（116 aa）链 u8 1–116（116 aa）链 v2 1–116（116 aa）链 v7 1–116（116 aa）链 v8 1–116（116 aa）链 w2 1–116（116 aa）链 w7 1–116（116 aa）链 w8 1–116（116 aa）链 x2 1–116（116 aa）链 x7 1–116（116 aa）链 x8 1–116（116 aa）链 y2 1–116（116 aa）链 y7 1–116（116 aa）链 y8 1–116（116 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.30 Å
5DHV HIV-1 Rev NTD dimers with variable crossing angles 提交 2015-08-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 N 1–65（65 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystals of scFv-Rev were initially grown in 20% PEG 3350, a variety of salts (200 mM sodium sulfate, sodium bromide, or ammonium phosphate dibasic), and pH ranging from 6.5-8.5.	分辨率 2.30 Å R-free 0.227
5DHV HIV-1 Rev NTD dimers with variable crossing angles 提交 2015-08-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 1–65（65 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystals of scFv-Rev were initially grown in 20% PEG 3350, a variety of salts (200 mM sodium sulfate, sodium bromide, or ammonium phosphate dibasic), and pH ranging from 6.5-8.5.	分辨率 2.30 Å R-free 0.227
5DHZ HIV-1 Rev NTD dimers with variable crossing angles 提交 2015-08-31	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 1–65（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystals of scFv-Rev were initially grown in 20% PEG 3350, a variety of salts (200 mM sodium sulfate, sodium bromide, or ammonium phosphate dibasic), and pH ranging from 6.5-8.5	分辨率 4.30 Å R-free 0.324
6BSY HIV-1 Rev assembly domain (residues 1-69) 提交 2017-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–70（70 aa）片段：assembly domain (UNP residues 1-70) 链 B 1–70（70 aa）片段：assembly domain (UNP residues 1-70)	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；283.15 K；0.1 M sodium citrate, 25% MPD	分辨率 2.25 Å R-free 0.260
6CF2 Crystal structure of HIV-1 Rev (residues 1-93)-RNA aptamer complex 提交 2018-02-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 F 1–93（93 aa）片段：UNP residues 1-93	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291.15 K；2% v/v 1,4-dioxane, 0.1 M Tris, pH 8.0, 15% w/v PEG3350	分辨率 3.00 Å R-free 0.241

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q76PP8_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65 作者链 M； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5dhy
沉积日期 deposition_date	2015-08-31
结构标题 title	HIV-1 Rev NTD dimers with variable crossing angles
关键词 keywords	HIV, helical hairpin, RNA-binding, nuclear export, immune system; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.93 Å
零角强度 I(0) i0	66803100.00
分子量 molecular_weight	62991.0 kDa
排除体积 excluded_volume	78475 Å³
包络体积 envelope_volume	100300 Å³
水化壳体积 shell_volume	30232 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.0 Å
壳层 Rg shell_rg	34.89 Å
包络 Rg envelope_rg	27.36 Å
形状 Rg shape_rg	27.89 Å
总 Rg total_rg	28.77 Å
总原子数 total_atoms	4444
残基数 n_residues	576
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.0 Å
Rg (实空间) rg_real	28.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.8150e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	66800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8971
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	32.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.277
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.486
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8087000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.900; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.992

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Anti-Rev Antibody Fab single-chain variable fragment, heavy chain
分子量 formula_weight	12579.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,H
原子数 atom_count	4444

QEQLVESGGRLVTPGTALTLTCKVSGFSLSGFWLNWVRQAPGKGLEWVGAIYRGSGSEWYASWAKGRFTISDTSTTVTLKLTSPTTEDTATYFCAADTTDNGYFTIWGPGTLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
通用名 common_name	Rabbit
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Anti-Rev Antibody Fab single-chain variable fragment, light chain
分子量 formula_weight	11657.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,L

ELVMTQTPSSVSEPVGGTVTIKCQASQSISSWLSWYQQKPGQPPKLLIYDASNLASGVPSRFMGSGSGTEYTLTISGVQREDAATYYCLGGYPAASYRTAFGGGTELEII

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
通用名 common_name	Rabbit
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein Rev
分子量 formula_weight	7750.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,M

MAGRSGDSDEDLLKAVRLIKFLYQSNPPPNPEGTRQARRNRRRRWRERQRQIHSISERILSTYLG

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
通用名 common_name	HIV-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d5dhya_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5dhyb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5dhyh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5dhyl_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5dhyA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5dhyB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5dhyC00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	630 —

结构域编号 domain_id	5dhyH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5dhyL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5dhyM00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	630 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	121.140 Å
晶胞边长 b length_b	121.140 Å
晶胞边长 c length_c	89.270 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4
空间群编号 int_tables_number	79
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	33.390 Å
R 因子 r_factor	0.2919
R_work r_work	0.2914
R_free r_free	0.3002

fit	/app/data/saxs_computation/dh/5dhy/5dhy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dh/5dhy/5dhy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dh/5dhy/5dhy.dat

HIV-1 Rev NTD dimers with variable crossing angles

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein Rev

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)