E3 ubiquitin-protein ligase Itchy homolog
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 285–323 链 C； UniProt 285–323 链 E； UniProt 285–323 链 G； UniProt 285–323 | 片段：UNP residues 285-323 | txnip × 4 UNX UNKNOWN LIGAND × 26 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；20% PEG-3350, 0.2 M sodium acetate | 分辨率 1.65 Å R-free 0.257 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 5DWS | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2DMV Solution structure of the second ww domain of Itchy homolog E3 ubiquitin protein ligase (Itch) 提交 2006-04-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
328–357（30 aa）
片段：WW domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成
1.4mM protein U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT;
0.02% NaN3; 10% D2O, 90% H2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2KYK The sandwich region between two LMP2A PY motif regulates the interaction between AIP4WW2domain and PY motif 提交 2010-05-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
359–392（34 aa）
片段：WW 2 domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6；303 K；压力 ambient
NMR样品组成
0.01% [U-95% 13C; U-95% 15N] sodium phosphate-1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2NQ3 Crystal structure of the C2 Domain of Human Itchy Homolog E3 Ubiquitin Protein Ligase 提交 2006-10-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–155（155 aa）
片段：C2 Domain
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；The protein at 20 mg/ml was dissolved in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.15 M NaCl, 5%
glycerol, 2 mM DTT, and mixed 1:1 with well solution that was 20% PEG3350,
0.1 M bis-Tris, pH 6.0, 0.2 M NH4OAc, 1 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.195 |
| 2P4R Structural basis for a novel interaction between AIP4 and beta-PIX 提交 2007-03-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 T
246–270（25 aa）
片段：AIP4 (209-224)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M TrisHCl, 0.2 M ammonium sulfate, 32-38% (w/v) PEG-MME 5000, pH 7.1-7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.246 |
| 2P4R Structural basis for a novel interaction between AIP4 and beta-PIX 提交 2007-03-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 T
246–270（25 aa）
片段：AIP4 (209-224)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M TrisHCl, 0.2 M ammonium sulfate, 32-38% (w/v) PEG-MME 5000, pH 7.1-7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.246 |
| 2YSF Solution structure of the fourth WW domain from the human E3 ubiquitin-protein ligase Itchy homolog, ITCH 提交 2007-04-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
480–512（33 aa）
片段：WW domain, UNP residues 480-512
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成
0.9mM sample U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3TUG Crystal structure of the HECT domain of ITCH E3 ubiquitin ligase 提交 2011-09-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
524–903（380 aa）
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未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 9 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；30% PEG1500, 0.2M NaCl 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.256 |
| 4ROF Crystal Structure of WW3 domain of ITCH in complex with TXNIP peptide 提交 2014-10-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
436–474（39 aa）
片段：UNP residues 436-474
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未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.8 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.297 |
| 4ROF Crystal Structure of WW3 domain of ITCH in complex with TXNIP peptide 提交 2014-10-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
436–474（39 aa）
片段：UNP residues 436-474
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.8 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.297 |
| 5C7M CRYSTAL STRUCTURE OF E3 LIGASE ITCH WITH A UB VARIANT 提交 2015-06-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
524–899（376 aa）
片段：HECT DOMAIN (UNP RESIDUES 524-899)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；The ITCH and ubiquitin variant ubv.it.02 were mixed at molarity ratio 1:2, and then concentrated to 17mg/ml.
The protein sample was mixed with 1mg/mL chymotrypsin at a 1:1000 (W/W) chymotrypsin:protein ratio right before set up crystallization. Crystal was initially obtained from SGC-I screen condition A05. Crystal used for structure refinement was grown in 1.6M NH4SO4, 0.2M NaAc, 0.1M HEPES pH 7.5, 5% Ethylene Glycol in hanging drop setup, using 1.2uL protein, 1.2uL well solution over 0.5 mL reservoir buffer at 20 C. Crystals grow to mountable size for ~1 weeks. Harvested crystal was flash-frozen in liquid nitrogen. A well solution containing 20% glycerol was used as the cryo-protectant
|
分辨率 3.03 Å R-free 0.297 |
| 5CQ2 Crystal Structure of tandem WW domains of ITCH in complex with TXNIP peptide 提交 2015-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
282–370（89 aa）
片段：UNP residues 282-370
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未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 72 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；30% PEG4000, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.184 |
| 5DZD Crystal Structure of WW4 domain of ITCH in complex with TXNIP peptide 提交 2015-09-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
324–363（40 aa）
片段：UNP residues 324-363
链 B
324–363（40 aa）
片段：UNP residues 324-363
|
未记录 | UNX UNKNOWN LIGAND × 17 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；2 M sodium formate, 0.1 M Tris, pH 8.5
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.206 |
| 5SXP STRUCTURAL BASIS FOR THE INTERACTION BETWEEN ITCH PRR AND BETA-PIX 提交 2016-08-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 G
249–269（21 aa）
片段：UNP residues 249-269
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MIB buffer pH 5.0 and 25% PEG1500
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.161 |
| 5SXP STRUCTURAL BASIS FOR THE INTERACTION BETWEEN ITCH PRR AND BETA-PIX 提交 2016-08-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
249–269（21 aa）
片段：UNP residues 249-269
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MIB buffer pH 5.0 and 25% PEG1500
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.161 |
共 11 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | ITCH_HUMAN |
| Isoform | Q96J02-3 |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 9–47； UniProt 285–323 作者链 C； PDB构建体 9–47； UniProt 285–323 作者链 E； PDB构建体 9–47； UniProt 285–323 作者链 G； PDB构建体 9–47； UniProt 285–323 |