SAXSdb — 5dx0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-arginine methyltransferase CARM1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	H3 peptide × 2 （P84243） SINEFUNGIN × 2 GLYCEROL × 1 SULFATE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	H3 peptide × 2 （P84243） SINEFUNGIN × 2 GLYCEROL × 1 SULFATE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CARM1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–349； UniProt 134–479 作者链 B； PDB构建体 4–349； UniProt 134–479 作者链 C； PDB构建体 4–349； UniProt 134–479 作者链 D； PDB构建体 4–349； UniProt 134–479

H3 peptide

物种未注明

UniProt P84243

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone-arginine methyltransferase CARM1 × 2 （Q86X55） SINEFUNGIN × 2 GLYCEROL × 1 SULFATE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone-arginine methyltransferase CARM1 × 2 （Q86X55） SINEFUNGIN × 2 GLYCEROL × 1 SULFATE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H33_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 2–19； UniProt 14–31 作者链 G； PDB构建体 2–19； UniProt 14–31 作者链 H； PDB构建体 2–19； UniProt 14–31 作者链 I； PDB构建体 2–19； UniProt 14–31

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5dx0
沉积日期 deposition_date	2015-09-23
结构标题 title	Crystal structure of CARM1, sinefungin, and H3 peptide (R17)
关键词 keywords	protein-substrate ternary complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5dx0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5dx0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5dx0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.40 Å
Rg（电子密度）	27.70 Å
总 Rg	28.51 Å
原子数	5707
残基数	703
排除体积	101950 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5dx0__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5dx0__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone-arginine methyltransferase CARM1
分子量 formula_weight	39623.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.-,2.1.1.125
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	11892

SIARSVFSERTEESSAVQYFQFYGYLSQQQNMMQDYVRTGTYQRAILQNHTDFKDKIVLDVGCGSGILSFFAAQAGARKIYAVEASTMAQHAEVLVKSNNLTDRIVVIPGKVEEVSLPEQVDIIISEPMGYMLFNERMLESYLHAKKYLKPSGNMFPTIGDVHLAPFTDEQLYMEQFTKANFWYQPSFHGVDLSALRGAAVDEYFRQPVVDTFDIRILMAKSVKYTVNFLEAKEGDLHRIEIPFKFHMLHSGLVHGLAFWFDVAFIGSIMTVWLSTAPTEPLTHWYQVRCLFQSPLFAKAGDTLSGTCLLIANKRQSYDISIVAQVDQTGSKSSNLLDLKNPFFRYTGT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	H3 peptide
分子量 formula_weight	1909.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G,H,I

XGKAPRKQLATKAARKSAPX

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SINEFUNGIN
分子量 formula_weight	381.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	458

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5dx0A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5dx0A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1

结构域编号 domain_id	5dx0B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5dx0B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1

结构域编号 domain_id	5dx0C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5dx0C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1

结构域编号 domain_id	5dx0D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	5dx0D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1

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晶胞边长 a length_a	75.722 Å
晶胞边长 b length_b	98.847 Å
晶胞边长 c length_c	208.670 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2137
R_work r_work	0.2111
R_free r_free	0.2632

Crystal structure of CARM1, sinefungin, and H3 peptide (R17)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-arginine methyltransferase CARM1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

H3 peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5dx0__assembly_1__model_1

5dx0__assembly_1__model_1 | I(q)

5dx0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of CARM1, sinefungin, and H3 peptide (R17)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-arginine methyltransferase CARM1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

H3 peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5dx0__assembly_1__model_1

5dx0__assembly_1__model_1 | I(q)

5dx0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)