5dx6

Acetolactate Synthase from Klebsiella pneumoniae soaked with beta-fluoropyruvate

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetolactate synthase, catabolic

Klebsiella pneumoniae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	PHOSPHATE ION × 2 MAGNESIUM ION × 8 ;3-[(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl]-2-[(1R)-2-fluoro-1-hydroxyethyl]-5-(2-{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}ethyl)-4-methyl-1,3-thiazol-3-ium ; × 2 THIAMINE DIPHOSPHATE × 2 3-fluoro-2-oxopropanoic acid × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ILVB_KLEPN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–579； UniProt 1–559 作者链 B； PDB构建体 21–579； UniProt 1–559

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5dx6
沉积日期 deposition_date	2015-09-23
结构标题 title	Acetolactate Synthase from Klebsiella pneumoniae soaked with beta-fluoropyruvate
关键词 keywords	Synthase Thiamine Diphosphate beta-fluoropyruvate, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5dx6__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5dx6__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5dx6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.44 Å
Rg（电子密度）	37.63 Å
总 Rg	38.00 Å
原子数	16578
残基数	2196
排除体积	294750 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5dx6__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Acetolactate synthase, catabolic
分子量 formula_weight	62555.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.2.1.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9100

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMDKQYPVRQWAHGADLVVSQLEAQGVRQVFGIPGAKIDKVFDSLLDSSIRIIPVRHEANAAFMAAAVGRITGKAGVALVTSGPGCSNLITGMATANSEGDPVVALGGAVKRADKAKQVHQSMDTVAMFSPVTKYAIEVTAPDALAEVVSNAFRAAEQGRPGSAFVSLPQDVVDGPVSGKVLPASGAPQMGAAPDDAIDQVAKLIAQAKNPIFLLGLMASQPENSKALRRLLETSHIPVTSTYQAAGAVNQDNFSRFAGRVGLFNNQAGDRLLQLADLVICIGYSPVEYEPAMWNSGNATLVHIDVLPAYEERNYTPDVELVGDIAGTLNKLAQNIDHRLVLSPQAAEILRDRQHQRELLDRRGAQLNQFALHPLRIVRAMQDIVNSDVTLTVDMGSFHIWIARYLYSFRARQVMISNGQQTMGVALPWAIGAWLVNPERKVVSVSGDGGFLQSSMELETAVRLKANVLHLIWVDNGYNMVAIQEEKKYQRLSGVEFGPMDFKAYAESFGAKGFAVESAEALEPTLRAAMDVDGPAVVAIPVDYRDNPLLMGQLHLSQIL

来源 Source

来源生物 organism	Klebsiella pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	573
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;3-[(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl]-2-[(1R)-2-fluoro-1-hydroxyethyl]-5-(2-{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}ethyl)-4-methyl-1,3-thiazol-3-ium ;
分子量 formula_weight	487.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	THIAMINE DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	425.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	3-fluoro-2-oxopropanoic acid
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	780

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d5dx6a1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamily	c.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family family	c.36.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5dx6a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family family	c.31.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5dx6a3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamily	c.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family family	c.36.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5dx6b1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamily	c.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family family	c.36.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5dx6b2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family family	c.31.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5dx6b3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamily	c.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family family	c.36.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5dx6b4
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	5dx6A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains

结构域编号 domain_id	5dx6A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1220 — TPP-binding domain

结构域编号 domain_id	5dx6A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains

结构域编号 domain_id	5dx6B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains

结构域编号 domain_id	5dx6B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1220 — TPP-binding domain

结构域编号 domain_id	5dx6B03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains

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晶胞边长 a length_a	84.800 Å
晶胞边长 b length_b	134.010 Å
晶胞边长 c length_c	110.772 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.50 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	42.573 Å
R 因子 r_factor	0.1519
R_work r_work	0.1513
R_free r_free	0.1899

Acetolactate Synthase from Klebsiella pneumoniae soaked with beta-fluoropyruvate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetolactate synthase, catabolic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5dx6__assembly_1__model_1

5dx6__assembly_1__model_1 | I(q)

5dx6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Acetolactate Synthase from Klebsiella pneumoniae soaked with beta-fluoropyruvate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetolactate synthase, catabolic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5dx6__assembly_1__model_1

5dx6__assembly_1__model_1 | I(q)

5dx6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)