5dxu

p110delta/p85alpha with GDC-0326

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 113.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–1044	未记录	Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha × 1 （P23727） 5H5 (2S)-2-({2-[1-(propan-2-yl)-1H-1,2,4-triazol-5-yl]-5,6-dihydroimidazo[1,2-d][1,4]benzoxazepin-9-yl}oxy)propanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG	分辨率 2.64 Å R-free 0.284

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5DXU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5M6U HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH LASW1579 提交 2016-10-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–1027（1011 aa）片段：N-terminal truncated	未记录	7KA 4-azanyl-6-[[(1~{S})-1-(4-oxidanylidene-3-phenyl-pyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazin-2-yl)ethyl]amino]pyrimidine-5-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；NULL	分辨率 2.85 Å R-free 0.309
5T8F p110delta/p85alpha with taselisib (GDC-0032) 提交 2016-09-07	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–1031（1015 aa）	未记录	799 2-methyl-2-(4-{2-[3-methyl-1-(propan-2-yl)-1H-1,2,4-triazol-5-yl]-5,6-dihydroimidazo[1,2-d][1,4]benzoxazepin-9-yl}-1H-pyrazol-1-yl)propanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG	分辨率 2.91 Å R-free 0.304
5UBT CRYSTAL STRUCTURE OF PI3K DELTA IN COMPLEX WITH A 7-(3-(PIPERAZIN-1-YL)PHENYL)PYRROLO[2,1-F][1,2,4] TRIAZIN-4-AMINE DERIVIATINE 提交 2016-12-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–1029（1013 aa）	未记录	85S 1-[4-(3-{4-amino-5-[1-(oxan-4-yl)-1H-pyrazol-5-yl]pyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazin-7-yl}phenyl)piperazin-1-yl]ethan-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；NULL	分辨率 2.83 Å R-free 0.268
5VLR CRYSTAL STRUCTURE OF PI3K DELTA IN COMPLEX WITH A TRIFLUORO-ETHYL-PYRAZOL-PYROLOTRIAZINE INHIBITOR 提交 2017-04-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–1029（1013 aa）	未记录	9EM 4-acetyl-1-(3-{4-amino-5-[1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-pyrazol-5-yl]pyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazin-7-yl}phenyl)-3,3-dimethylpiperazin-2-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；300 K；NULL, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.279
5VLR CRYSTAL STRUCTURE OF PI3K DELTA IN COMPLEX WITH A TRIFLUORO-ETHYL-PYRAZOL-PYROLOTRIAZINE INHIBITOR 提交 2017-04-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–1029（1013 aa）	未记录	9EM 4-acetyl-1-(3-{4-amino-5-[1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-pyrazol-5-yl]pyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazin-7-yl}phenyl)-3,3-dimethylpiperazin-2-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；300 K；NULL, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.279
6G6W HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH LIGAND LASW1976 提交 2018-04-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1044（1044 aa）片段：N-terminal truncated	未记录	EO5 ~{N}-[3-[4-[[(1~{S})-1-(5-methyl-4-oxidanylidene-3-phenyl-pyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazin-2-yl)ethyl]amino]-7~{H}-pyrrolo[ 2,3-d]pyrimidin-5-yl]-5-oxidanyl-phenyl]methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG	分辨率 2.72 Å R-free 0.260
6OCO HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH COMPOUND 6 提交 2019-03-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–1031（1015 aa）片段：PI3-KINASE P110 DELTA AND P85 FRAGMENT	未记录	M5V 4-[(1S,4S)-5-(3-chlorophenyl)-2,5-diazabicyclo[2.2.1]heptan-2-yl]-2-(pyridin-3-yl)pyrimidine-5-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；16.60 % PEG6000 0.10 M KCl 0.10 M MES pH=6.00	分辨率 2.58 Å R-free 0.296
6OCU HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH COMPOUND 29 提交 2019-03-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1044（1044 aa）片段：PI3-KINASE P110 DELTA AND P85 FRAGMENT	未记录	M5D 5-{(3R)-3-methyl-4-[(1R,2R)-2-methylcyclopropane-1-carbonyl]piperazin-1-yl}-3-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)pyrazine-2-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；16% PEG6000 0.10 M KCl 0.10 M MES pH 6.0	分辨率 2.77 Å R-free 0.287
6PYR Human PI3Kdelta in complex with Compound 2-10 ((3S)-3-benzyl-3-methyl-5-[5-(2-methylpyrimidin-5-yl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-3-yl]-1,3-dihydro-2H-indol-2-one) 提交 2019-07-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–1034（1018 aa）片段：UNP residues 17-1034	未记录	P5J (3S)-3-benzyl-3-methyl-5-[5-(2-methylpyrimidin-5-yl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-3-yl]-1,3-dihydro-2H-indol-2-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；12-14% PEG6000, 100 mM MES/NaOH, pH 5.75, 5 mM DTT	分辨率 2.21 Å R-free 0.259
6PYU Human PI3Kdelta in complex with Compound 4-2 ((3S)-1'-(cyclopropanecarbonyl)-5-(quinoxalin-6-yl)spiro[indole-3,2'-pyrrolidin]-2(1H)-one) 提交 2019-07-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–1034（1018 aa）片段：UNP residues 17-1034	未记录	P5V (3S)-1'-(cyclopropanecarbonyl)-5-(quinoxalin-6-yl)spiro[indole-3,2'-pyrrolidin]-2(1H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；not available	分辨率 2.54 Å R-free 0.292
7JIS HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH COMPOUND 2F 提交 2020-07-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–1034（1018 aa）片段：PI3-KINASE P110 DELTA AND P85 FRAGMENT, residues 17-1034	未记录	VBS (3S)-3-benzyl-5-[9-ethyl-8-(2-methylpyrimidin-5-yl)-9H-purin-6-yl]-3-methyl-1,3-dihydro-2H-indol-2-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；16% PEG6000, 0.10 M KCL, 0.10 M MES pH 6.0	分辨率 2.42 Å R-free 0.267
7LM2 HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH COMPOUND 3C 提交 2021-02-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 12–1031（1020 aa）片段：PI3-KINASE P110 DELTA AND P85 FRAGMENT	未记录	Y5Y cyclopropyl[(3S)-3-{[9-ethyl-8-(2-methylpyrimidin-5-yl)-9H-purin-6-yl]amino}pyrrolidin-1-yl]methanone × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；12-14% PEG6000, 100 MM MES/NAOH, PH 5.75, 5 MM DTT	分辨率 2.79 Å R-free 0.289
7LQ1 HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH COMPOUND 28 提交 2021-02-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1044（1044 aa）片段：PI3-KINASE P110 DELTA AND P85 FRAGMENT	未记录	YA7 N-(5-(6-(2-((2S,6R)-2,6-dimethylmorpholino)pyridin-4-yl)-1-oxoisoindolin-4-yl)-2-methoxypyridin-3-yl)methanesulfonamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；16% PEG6000, 0.10 M KCL, 0.10 M MES PH 6.0	分辨率 2.96 Å R-free 0.281
8BCY HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH COMPOUND 13 提交 2022-10-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–1034（1018 aa）片段：PI3-KINASE P110 DELTA AND P85 FRAGMENT	未记录	I3H 9-[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]-2-(3-hydroxyphenyl)-8-oxidanylidene-7~{H}-purine-6-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG6000, 0.10 M KCL, 0.10 M MES	分辨率 2.43 Å R-free 0.263
8S3R HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH PYRIDAZINONE INHIBITOR 7 提交 2024-02-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–1034（1018 aa）片段：PI3-KINASE P110 DELTA AND P85 FRAGMENT	未记录	A1H48 5-[(1~{S})-1-[4-azanyl-3-(5-oxidanylpyridin-3-yl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]ethyl]-4-cyclopentyl-2-(phenylmethyl)pyridazin-3-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG6000, 0.10 M KCL, 0.10 M MES	分辨率 2.28 Å R-free 0.270
9GCF HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH ISOCUMARIN INHIBITOR CHF-6523 提交 2024-08-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1044（1044 aa）	未记录	A1IJ5 3-[(1S)-1-[4-azanyl-3-(5-oxidanylpyridin-3-yl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]ethyl]-4-[3-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]phenyl]isochromen-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG6000, 0.10 M KCL, 0.10 M MES	分辨率 2.89 Å R-free 0.296
9GDI HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH ISOCUMARIN INHIBITOR 10 提交 2024-08-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1044（1044 aa）	未记录	A1IJ1 3-[(1S)-1-[4-azanyl-3-(3-fluoranyl-5-oxidanyl-phenyl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]ethyl]-4-(1-methyl-3,6-dihydro-2H-pyridin-4-yl)isochromen-1-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG6000, 0.10 M KCL, 0.10 M MES	分辨率 2.81 Å R-free 0.299
9L3R Human PI3KDELTA in complex with Zandelisib 提交 2024-12-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1044（1044 aa）	未记录	A1L62 Zandelisib × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；283.15 K；10% PEG 4000, 100 mM KCl, 1 mM TCEP neutral pH, 10 mM CaCl2, 100 mM MES pH 5.8	分辨率 2.50 Å R-free 0.278

共 17 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PK3CD_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1043； UniProt 2–1044

Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha

Bos taurus

UniProt P23727

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 431–599	片段：UNP residues 431-599	Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform × 1 （O00329） 5H5 (2S)-2-({2-[1-(propan-2-yl)-1H-1,2,4-triazol-5-yl]-5,6-dihydroimidazo[1,2-d][1,4]benzoxazepin-9-yl}oxy)propanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG	分辨率 2.64 Å R-free 0.284

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5DXU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BFI SOLUTION STRUCTURE OF THE C-TERMINAL SH2 DOMAIN OF THE P85ALPHA REGULATORY SUBUNIT OF PHOSPHOINOSITIDE 3-KINASE, NMR, 30 STRUCTURES 提交 1997-11-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 614–724（111 aa）片段：C TERMINAL SH2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；290 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM；压力 1	分辨率未提供
1BFJ SOLUTION STRUCTURE OF THE C-TERMINAL SH2 DOMAIN OF THE P85ALPHA REGULATORY SUBUNIT OF PHOSPHOINOSITIDE 3-KINASE, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-11-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 614–724（111 aa）片段：C TERMINAL SH2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；290 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM；压力 1	分辨率未提供
1OO3 P395S mutant of the p85 regulatory subunit of the N-terminal src homology 2 domain of PI3-Kinase 提交 2003-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 321–431（111 aa）片段：p85 N-SH2	突变：P395S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1M KCl；压力 ambient NMR样品组成 1.5mM P395S-15N,13C, 0.1M KCl \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1OO4 P395S mutant of the p85 regulatory subunit of the N-terminal src homology 2 domain of PI3-Kinase complexed to a peptide derived from PDGFr 提交 2003-03-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 321–431（111 aa）片段：p85 N-SH2	突变：P395S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1M KCl；压力 ambient NMR样品组成 1.5mM P395S-15N, 13C, 0.1M KCl \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1PNJ SOLUTION STRUCTURE AND LIGAND-BINDING SITE OF THE SH3 DOMAIN OF THE P85ALPHA SUBUNIT OF PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-KINASE 提交 1993-07-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–84（84 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1QAD Crystal Structure of the C-Terminal SH2 Domain of the P85 alpha Regulatory Subunit of Phosphoinositide 3-Kinase: An SH2 domain mimicking its own substrate 提交 1999-02-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 614–724（111 aa）片段：C-TERMINAL SH2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 SPONTANEOUS CRYSTALLISATION；pH 7.5；277 K；TRIS-HCL, NACL, EDTA, DTT, pH 7.5, SPONTANEOUS CRYSTALLISATION, temperature 277.0K	分辨率 1.80 Å R-free 0.236
2PNA STRUCTURE OF AN SH2 DOMAIN OF THE P85 ALPHA SUBUNIT OF PHOSPHATIDYLINOSITOL-3-OH KINASE 提交 1992-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 328–431（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2PNB STRUCTURE OF AN SH2 DOMAIN OF THE P85 ALPHA SUBUNIT OF PHOSPHATIDYLINOSITOL-3-OH KINASE 提交 1992-06-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 328–431（104 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2PNI SOLUTION STRUCTURE AND LIGAND-BINDING SITE OF THE SH3 DOMAIN OF THE P85ALPHA SUBUNIT OF PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-KINASE 提交 1993-07-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–84（84 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
5DXH p110alpha/p85alpha with compound 5 提交 2015-09-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 431–599（169 aa）片段：UNP residues 431-599	未记录	5H2 methyl {2-[4-(2-chlorophenyl)-4H-1,2,4-triazol-3-yl]-4,5-dihydrothieno[3,2-d][1]benzoxepin-8-yl}carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 20000	分辨率 3.00 Å R-free 0.218
5DXH p110alpha/p85alpha with compound 5 提交 2015-09-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 431–599（169 aa）片段：UNP residues 431-599	未记录	5H2 methyl {2-[4-(2-chlorophenyl)-4H-1,2,4-triazol-3-yl]-4,5-dihydrothieno[3,2-d][1]benzoxepin-8-yl}carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 20000	分辨率 3.00 Å R-free 0.218
5T8F p110delta/p85alpha with taselisib (GDC-0032) 提交 2016-09-07	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 431–599（169 aa）片段：PI3-KINASE P110 DELTA AND P85 FRAGMENT	未记录	799 2-methyl-2-(4-{2-[3-methyl-1-(propan-2-yl)-1H-1,2,4-triazol-5-yl]-5,6-dihydroimidazo[1,2-d][1,4]benzoxazepin-9-yl}-1H-pyrazol-1-yl)propanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG	分辨率 2.91 Å R-free 0.304
6D81 Structure of the Bovine p85a BH domain 提交 2018-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 110–302（193 aa）链 B 110–302（193 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.5 M Li2SO4, pH 6.0, 100mM Na Cacodylate	分辨率 2.25 Å R-free 0.213
6D81 Structure of the Bovine p85a BH domain 提交 2018-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–302（193 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.5 M Li2SO4, pH 6.0, 100mM Na Cacodylate	分辨率 2.25 Å R-free 0.213
6D81 Structure of the Bovine p85a BH domain 提交 2018-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 110–302（193 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.5 M Li2SO4, pH 6.0, 100mM Na Cacodylate	分辨率 2.25 Å R-free 0.213
6D82 Structure of the Bovine p85a BH domain 提交 2018-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 110–302（193 aa）片段：residues 110-302 链 B 110–302（193 aa）片段：residues 110-302	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.5 M Li2SO4, 100mM Na Cacodylate pH 6.0	分辨率 2.41 Å R-free 0.228
6D82 Structure of the Bovine p85a BH domain 提交 2018-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 110–302（193 aa）片段：residues 110-302	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.5 M Li2SO4, 100mM Na Cacodylate pH 6.0	分辨率 2.41 Å R-free 0.228
6D82 Structure of the Bovine p85a BH domain 提交 2018-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–302（193 aa）片段：residues 110-302	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.5 M Li2SO4, 100mM Na Cacodylate pH 6.0	分辨率 2.41 Å R-free 0.228
6D85 Structure of the Bovine p85a BH domain E217K mutant 提交 2018-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 110–302（193 aa）片段：residues 110-302 链 B 110–302（193 aa）片段：residues 110-302	突变：E217K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E217K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.5 M Li2SO4, 100 mM Na Cacodylate, pH 6.0	分辨率 2.20 Å R-free 0.221
6D85 Structure of the Bovine p85a BH domain E217K mutant 提交 2018-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 110–302（193 aa）片段：residues 110-302	突变：E217K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.5 M Li2SO4, 100 mM Na Cacodylate, pH 6.0	分辨率 2.20 Å R-free 0.221
6D85 Structure of the Bovine p85a BH domain E217K mutant 提交 2018-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–302（193 aa）片段：residues 110-302	突变：E217K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.5 M Li2SO4, 100 mM Na Cacodylate, pH 6.0	分辨率 2.20 Å R-free 0.221
6D86 Structure of the Bovine p85a BH domain 提交 2018-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 110–302（193 aa）链 B 110–302（193 aa）	突变：E297K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E297K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.5 M Li2SO4, 100 mM Na Cacodylate, pH 6.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.214
6D87 Structure of the Bovine p85alpha BH domain, R262T mutant 提交 2018-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 110–302（193 aa）链 B 110–302（193 aa）	突变：R262T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：R262T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.5 M Li2SO4, 100 mM Na Cacodylate, pH 6.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.238
6G6W HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH LIGAND LASW1976 提交 2018-04-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 431–599（169 aa）片段：UNP residues 431-599	未记录	EO5 ~{N}-[3-[4-[[(1~{S})-1-(5-methyl-4-oxidanylidene-3-phenyl-pyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazin-2-yl)ethyl]amino]-7~{H}-pyrrolo[ 2,3-d]pyrimidin-5-yl]-5-oxidanyl-phenyl]methanesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG	分辨率 2.72 Å R-free 0.260
6MRP Structure of the Bovine p85a BH domain R228E mutant 提交 2018-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 110–319（210 aa）链 B 110–319（210 aa）	突变：R228E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：R228E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；1.5 M Li2SO4, 4% glycerol, 0.1 Sodium Cacodylate buffer	分辨率 2.40 Å R-free 0.225
6MRP Structure of the Bovine p85a BH domain R228E mutant 提交 2018-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 110–319（210 aa）	突变：R228E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；1.5 M Li2SO4, 4% glycerol, 0.1 Sodium Cacodylate buffer	分辨率 2.40 Å R-free 0.225
6MRP Structure of the Bovine p85a BH domain R228E mutant 提交 2018-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–319（210 aa）	突变：R228E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；1.5 M Li2SO4, 4% glycerol, 0.1 Sodium Cacodylate buffer	分辨率 2.40 Å R-free 0.225
6OCO HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH COMPOUND 6 提交 2019-03-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 431–600（170 aa）	未记录	M5V 4-[(1S,4S)-5-(3-chlorophenyl)-2,5-diazabicyclo[2.2.1]heptan-2-yl]-2-(pyridin-3-yl)pyrimidine-5-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；16.60 % PEG6000 0.10 M KCl 0.10 M MES pH=6.00	分辨率 2.58 Å R-free 0.296
6OCU HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH COMPOUND 29 提交 2019-03-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 431–600（170 aa）	未记录	M5D 5-{(3R)-3-methyl-4-[(1R,2R)-2-methylcyclopropane-1-carbonyl]piperazin-1-yl}-3-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)pyrazine-2-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；16% PEG6000 0.10 M KCl 0.10 M MES pH 6.0	分辨率 2.77 Å R-free 0.287
6R4R Cryo-EM Structure of the PI3-Kinase SH3 Domain Amyloid Fibril 提交 2019-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–84（84 aa）链 B 1–84（84 aa）链 C 1–84（84 aa）链 D 1–84（84 aa）链 E 1–84（84 aa）链 F 1–84（84 aa）链 G 1–84（84 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 2.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7JIS HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH COMPOUND 2F 提交 2020-07-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 431–599（169 aa）	未记录	VBS (3S)-3-benzyl-5-[9-ethyl-8-(2-methylpyrimidin-5-yl)-9H-purin-6-yl]-3-methyl-1,3-dihydro-2H-indol-2-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；16% PEG6000, 0.10 M KCL, 0.10 M MES pH 6.0	分辨率 2.42 Å R-free 0.267
8BCY HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH COMPOUND 13 提交 2022-10-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 431–599（169 aa）	未记录	I3H 9-[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]-2-(3-hydroxyphenyl)-8-oxidanylidene-7~{H}-purine-6-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG6000, 0.10 M KCL, 0.10 M MES	分辨率 2.43 Å R-free 0.263
8S3R HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH PYRIDAZINONE INHIBITOR 7 提交 2024-02-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 431–599（169 aa）	未记录	A1H48 5-[(1~{S})-1-[4-azanyl-3-(5-oxidanylpyridin-3-yl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]ethyl]-4-cyclopentyl-2-(phenylmethyl)pyridazin-3-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG6000, 0.10 M KCL, 0.10 M MES	分辨率 2.28 Å R-free 0.270
9GCF HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH ISOCUMARIN INHIBITOR CHF-6523 提交 2024-08-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 431–600（170 aa）	未记录	A1IJ5 3-[(1S)-1-[4-azanyl-3-(5-oxidanylpyridin-3-yl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]ethyl]-4-[3-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]phenyl]isochromen-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG6000, 0.10 M KCL, 0.10 M MES	分辨率 2.89 Å R-free 0.296
9GDI HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH ISOCUMARIN INHIBITOR 10 提交 2024-08-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 431–600（170 aa）	未记录	A1IJ1 3-[(1S)-1-[4-azanyl-3-(3-fluoranyl-5-oxidanyl-phenyl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]ethyl]-4-(1-methyl-3,6-dihydro-2H-pyridin-4-yl)isochromen-1-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% PEG6000, 0.10 M KCL, 0.10 M MES	分辨率 2.81 Å R-free 0.299
9L3R Human PI3KDELTA in complex with Zandelisib 提交 2024-12-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 431–600（170 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	A1L62 Zandelisib × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；283.15 K；10% PEG 4000, 100 mM KCl, 1 mM TCEP neutral pH, 10 mM CaCl2, 100 mM MES pH 5.8	分辨率 2.50 Å R-free 0.278

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	P85A_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–169； UniProt 431–599

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5dxu
沉积日期 deposition_date	2015-09-23
结构标题 title	p110delta/p85alpha with GDC-0326
关键词 keywords	lipid kinase, inhibitor, Transferase-Inhibitor complex; Transferase/Inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.47 Å
零角强度 I(0) i0	247107000.00
分子量 molecular_weight	127310.0 kDa
排除体积 excluded_volume	159940 Å³
包络体积 envelope_volume	212730 Å³
水化壳体积 shell_volume	52037 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.3 Å
壳层 Rg shell_rg	40.89 Å
包络 Rg envelope_rg	33.64 Å
形状 Rg shape_rg	33.49 Å
总 Rg total_rg	33.99 Å
总原子数 total_atoms	8951
残基数 n_residues	1091
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	113.2 Å
Rg (实空间) rg_real	34.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4710e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0860e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	247100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8832
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.253
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.268
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	48250000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.841; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.965

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
分子量 formula_weight	119501.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.153
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8955

PPGVDCPMEFWTKEENQSVVVDFLLPTGVYLNFPVSRNANLSTIKQLLWHRAQYEPLFHMLSGPEAYVFTCINQTAEQQELEDEQRRLCDVQPFLPVLRLVAREGDRVKKLINSQISLLIGKGLHEFDSLCDPEVNDFRAKMCQFCEEAAARRQQLGWEAWLQYSFPLQLEPSAQTWGPGTLRLPNRALLVNVKFEGSEESFTFQVSTKDVPLALMACALRKKATVFRQPLVEQPEDYTLQVNGRHEYLYGSYPLCQFQYICSCLHSGLTPHLTMVHSSSILAMRDEQSNPAPQVQKPRAKPPPIPAKKPSSVSLWSLEQPFRIELIQGSKVNADERMKLVVQAGLFHGNEMLCKTVSSSEVSVCSEPVWKQRLEFDINICDLPRMARLCFALYAVIEKAKKARSTKKKSKKADCPIAWANLMLFDYKDQLKTGERCLYMWPSVPDEKGELLNPTGTVRSNPNTDSAAALLICLPEVAPHPVYYPALEKILELGRHSECVHVTEEEQLQLREILERRGSGELYEHEKDLVWKLRHEVQEHFPEALARLLLVTKWNKHEDVAQMLYLLCSWPELPVLSALELLDFSFPDCHVGSFAIKSLRKLTDDELFQYLLQLVQVLKYESYLDCELTKFLLDRALANRKIGHFLFWHLRSEMHVPSVALRFGLILEAYCRGSTHHMKVLMKQGEALSKLKALNDFVKLSSQKTPKPQTKELMHLCMRQEAYLEALSHLQSPLDPSTLLAEVCVEQCTFMDSKMKPLWIMYSNEEAGSGGSVGIIFKNGDDLRQDMLTLQMIQLMDVLWKQEGLDLRMTPYGCLPTGDRTGLIEVVLRSDTIANIQLNKSNMAATAAFNKDALLNWLKSKNPGEALDRAIEEFTLSCAGYCVATYVLGIGDRHSDNIMIRESGQLFHIDFGHFLGNFKTKFGINRERVPFILTYDFVHVIQQGKTNNSEKFERFRGYCERAYTILRRHGLLFLHLFALMRAAGLPELSCSKDIQYLKDSLALGKTEEEALKHFRVKFNEALRESWKTKVNWLAHNVSKDNRQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
分子量 formula_weight	20879.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

YQQDQVVKEDNIEAVGKKLHEYNTQFQEKSREYDRLYEDYTRTSQEIQMKRTAIEAFNETIKIFEEQCQTQERYSKEYIEKFKREGNETEIQRIMHNYEKLKSRISEIVDSRRRLEEDLKKQAAEYREIDKRMNSIKPDLIQLRKTRDQYLMWLTQKGVRQKKLNEWLG

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	Bovine
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(2S)-2-({2-[1-(propan-2-yl)-1H-1,2,4-triazol-5-yl]-5,6-dihydroimidazo[1,2-d][1,4]benzoxazepin-9-yl}oxy)propanamide
分子量 formula_weight	382.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d5dxub_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.4 — Antiparallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.4.21 — Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 (iSH2) domain-like
家族 Family family	h.4.21.1 — Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain-like

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	5dxuA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	770 —

结构域编号 domain_id	5dxuA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — C2 domain

结构域编号 domain_id	5dxuA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK)

结构域编号 domain_id	5dxuA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1010 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4

结构域编号 domain_id	5dxuA05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	91.049 Å
晶胞边长 b length_b	108.749 Å
晶胞边长 c length_c	142.427 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.640 Å
最低分辨率 resolution_low	86.430 Å
R 因子 r_factor	0.2486
R_work r_work	0.2478
R_free r_free	0.2842

fit	/app/data/saxs_computation/dx/5dxu/5dxu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dx/5dxu/5dxu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dx/5dxu/5dxu.dat

p110delta/p85alpha with GDC-0326

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)