5e0k

X-ray crystal structure of tryptophan synthase complex from Pyrococcus furiosus at 2.76 A

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tryptophan synthase alpha chain

Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Tryptophan synthase beta chain 1 × 2 （Q8U093） PHOSPHATE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Tryptophan synthase beta chain 1 × 2 （Q8U093） PHOSPHATE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Tryptophan synthase beta chain 1 × 2 （Q8U093） PHOSPHATE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRPA_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–248； UniProt 1–248 作者链 C； PDB构建体 1–248； UniProt 1–248 作者链 E； PDB构建体 1–248； UniProt 1–248 作者链 G； PDB构建体 1–248； UniProt 1–248 作者链 I； PDB构建体 1–248； UniProt 1–248 作者链 K； PDB构建体 1–248； UniProt 1–248

Tryptophan synthase beta chain 1

Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1)

UniProt Q8U093

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Tryptophan synthase alpha chain × 2 （Q8U094） PHOSPHATE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Tryptophan synthase alpha chain × 2 （Q8U094） PHOSPHATE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Tryptophan synthase alpha chain × 2 （Q8U094） PHOSPHATE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRPB1_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–388； UniProt 1–388 作者链 D； PDB构建体 1–388； UniProt 1–388 作者链 F； PDB构建体 1–388； UniProt 1–388 作者链 H； PDB构建体 1–388； UniProt 1–388 作者链 J； PDB构建体 1–388； UniProt 1–388 作者链 L； PDB构建体 1–388； UniProt 1–388

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5e0k
沉积日期 deposition_date	2015-09-29
结构标题 title	X-ray crystal structure of tryptophan synthase complex from Pyrococcus furiosus at 2.76 A
关键词 keywords	Complex, PLP, Lyase, Enzyme; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5e0k__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5e0k__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5e0k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.36 Å
Rg（电子密度）	38.88 Å
总 Rg	39.00 Å
原子数	9611
残基数	1251
排除体积	172140 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5e0k__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5e0k__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5e0k__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tryptophan synthase alpha chain
分子量 formula_weight	27535.8 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.20
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K
原子数 atom_count	28872

MFKDGSLIPYLTAGDPDKQSTLNFLLALDEYAGAIELGIPFSDPIADGKTIQESHYRALKNGFKLREAFWIVKEFRRHSSTPIVLMTYYNPIYRAGVRNFLAEAKASGVDGILVVDLPVFHAKEFTEIAREEGIKTVFLAAPNTPDERLKVIDDMTTGFVYLVSLYGTTGAREEIPKTAYDLLRRAKRICRNKVAVGFGVSKREHVVSLLKEGANGVVVGSALVKIIGEKGREATEFLKKKVEELLGI

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Tryptophan synthase beta chain 1
分子量 formula_weight	43885.0 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.20
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L

MWFGEFGGQYVPETLIEPLKELEKAYKRFKDDEEFNRQLNYYLKTWAGRPTPLYYAKRLTEKIGGAKIYLKREDLVHGGAHKTNNAIGQALLAKFMGKTRLIAETGAGQHGVATAMAGALLGMKVDIYMGAEDVERQKMNVFRMKLLGANVIPVNSGSRTLKDAINEALRDWVATFEYTHYLIGSVVGPHPYPTIVRDFQSVIGREAKAQILEAEGQLPDVIVACVGGGSNAMGIFYPFVNDKKVKLVGVEAGGKGLESGKHSASLNAGQVGVFHGMLSYFLQDEEGQIKPTHSIAPGLDYPGVGPEHAYLKKIQRAEYVTVTDEEALKAFHELSRTEGIIPALESAHAVAYAMKLAKEMSRDEIIIVNLSGRGDKDLDIVLKVSGNVLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186497
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	73

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d5e0ka_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family family	c.1.2.4 — Tryptophan biosynthesis enzymes

结构域编号 domain_id	d5e0kb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.79 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
超家族 Superfamily superfamily	c.79.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
家族 Family family	c.79.1.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes

结构域编号 domain_id	d5e0kc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family family	c.1.2.4 — Tryptophan biosynthesis enzymes

结构域编号 domain_id	d5e0kd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.79 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
超家族 Superfamily superfamily	c.79.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
家族 Family family	c.79.1.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes

结构域编号 domain_id	d5e0ke_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family family	c.1.2.4 — Tryptophan biosynthesis enzymes

结构域编号 domain_id	d5e0kf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.79 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
超家族 Superfamily superfamily	c.79.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
家族 Family family	c.79.1.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes

结构域编号 domain_id	d5e0kg_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family family	c.1.2.4 — Tryptophan biosynthesis enzymes

结构域编号 domain_id	d5e0kh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.79 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
超家族 Superfamily superfamily	c.79.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
家族 Family family	c.79.1.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes

结构域编号 domain_id	d5e0ki_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family family	c.1.2.4 — Tryptophan biosynthesis enzymes

结构域编号 domain_id	d5e0kj_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.79 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
超家族 Superfamily superfamily	c.79.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
家族 Family family	c.79.1.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes

结构域编号 domain_id	d5e0kk_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family family	c.1.2.4 — Tryptophan biosynthesis enzymes

结构域编号 domain_id	d5e0kl_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.79 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
超家族 Superfamily superfamily	c.79.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
家族 Family family	c.79.1.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	5e0kA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	5e0kB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

结构域编号 domain_id	5e0kB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

结构域编号 domain_id	5e0kC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	5e0kD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

结构域编号 domain_id	5e0kD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

结构域编号 domain_id	5e0kE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	5e0kF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

结构域编号 domain_id	5e0kF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

结构域编号 domain_id	5e0kG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	5e0kH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

结构域编号 domain_id	5e0kH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

结构域编号 domain_id	5e0kI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	5e0kJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

结构域编号 domain_id	5e0kJ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

结构域编号 domain_id	5e0kK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	5e0kL01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

结构域编号 domain_id	5e0kL02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1100 —

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晶胞边长 a length_a	87.862 Å
晶胞边长 b length_b	225.014 Å
晶胞边长 c length_c	296.241 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.760 Å
最低分辨率 resolution_low	39.910 Å
R 因子 r_factor	0.2059
R_work r_work	0.2043
R_free r_free	0.2377

X-ray crystal structure of tryptophan synthase complex from Pyrococcus furiosus at 2.76 A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tryptophan synthase alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Tryptophan synthase beta chain 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5e0k__assembly_1__model_1

5e0k__assembly_1__model_1 | I(q)

5e0k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)

X-ray crystal structure of tryptophan synthase complex from Pyrococcus furiosus at 2.76 A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tryptophan synthase alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tryptophan synthase beta chain 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5e0k__assembly_1__model_1

5e0k__assembly_1__model_1 | I(q)

5e0k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)