5e2d

Crystal structure of IrCp*/Pd(allyl)-apo-Fr

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 70.2 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferritin light chain

Equus caballus

UniProt P02791

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–175 未记录 IR3 IRIDIUM (III) ION × 120 IR IRIDIUM ION × 24 SO4 SULFATE ION × 48 PLL Palladium(II) allyl complex × 48 PD PALLADIUM ION × 24 CD CADMIUM ION × 24 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;Ammonium sulphate, Cadmium sulphate 分辨率 1.87 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 138 个其他 PDB 条目、138 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FRIL_HORSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–174; UniProt 2–175

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5e2d

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5e2d
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5e2d
沉积日期 deposition_date2015-10-01
结构标题 titleCrystal structure of IrCp*/Pd(allyl)-apo-Fr
关键词 keywordsIRON STORAGE, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.52
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.50
零角强度 I(0) i010522000.00
分子量 molecular_weight21229.0 kDa
排除体积 excluded_volume24861 ų
包络体积 envelope_volume29012 ų
水化壳体积 shell_volume14284 ų
包络直径 envelope_diameter73.0
壳层 Rg shell_rg23.38
包络 Rg envelope_rg18.81
形状 Rg shape_rg18.39
总 Rg total_rg19.45
总原子数 total_atoms1391
残基数 n_residues172
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.2
Rg (实空间) rg_real19.63
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.64
I(0) (实空间) i0_real1.0520e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5270e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.61
I(0) (倒空间) i0_reciprocal10520000.0000
解质量估计 total_estimate0.7421
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary18.8
偏度 Skewness skewness0.449
峰度 Kurtosis kurtosis-0.222
角度范围 angular_range— – 0.4050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha771300.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.634; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.743; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd5e2da_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamilya.25.1 — Ferritin-like
家族 Family familya.25.1.1 — Ferritin

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5e2dA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)