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5e3a

Structure of human DPP3 in complex with opioid peptide leu-enkephalin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 81.5 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptidyl peptidase 3

Homo sapiens

UniProt Q9NY33

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–726 突变：C19S, E207C, E451A, S491C, C519S, C654S Leu-enkephalin × 1 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；0.056M SODIUM PHOSPHATE MONOBASIC MONOHYDRATE, 1.344M POTASSIUM PHOSPHATE DIBASIC 分辨率 2.05 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5E3A Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3FVY Crystal structure of human Dipeptidyl Peptidase III 提交 2009-01-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–726（726 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；20% PEG3350. 0.2M MgForm, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
分辨率 1.90 Å R-free 0.219
3T6B Structure of human DPPIII in complex with the opioid peptide Tynorphin, at 2.4 Angstroms 提交 2011-07-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–726（726 aa）
突变：E451A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；293 K；0.056M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.344M Potassium phosphate dibasic, pH 8.2, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.258
3T6B Structure of human DPPIII in complex with the opioid peptide Tynorphin, at 2.4 Angstroms 提交 2011-07-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–726（726 aa）
突变：E451A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；293 K；0.056M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.344M Potassium phosphate dibasic, pH 8.2, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.258
3T6J Structure of human DPPIII in complex with the opioid peptide Tynorphin, at 3.0 Angstroms 提交 2011-07-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–726（726 aa）
突变：E451A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；293 K；0.056M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.344M Potassium phosphate dibasic, pH 8.2, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 2.98 Å R-free 0.268
5E2Q Structure of human DPP3 in complex with angiotensin-II 提交 2015-10-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–726（726 aa）
突变：C19S, E207C, E451A, S491C, C519S, C654S MG MAGNESIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；0.056 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.344 M potassium phosphate dibasic monohydrate
分辨率 2.40 Å R-free 0.247
5E33 Structure of human DPP3 in complex with met-enkephalin 提交 2015-10-01 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–726（726 aa）
突变：C19S, E207C, E451A, S491C, C519S, C654S ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；0.056M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.344M Potassium phospahte dibasic, pH- 8.2
分辨率 1.84 Å R-free 0.224
5E3C Structure of human DPP3 in complex with hemorphin like opioid peptide IVYPW 提交 2015-10-02 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–726（726 aa）
突变：C19S, E207C, E451A, S491C, C519S, C654S ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；0.056 Sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.344M Potassium phosphate dibasic
分辨率 2.77 Å R-free 0.253
5EGY Structure of ligand free human DPP3 in closed form. 提交 2015-10-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–726（726 aa）
突变：C19S, E207C, E451A, S491C, C519S, C654S ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；0.056 M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.344M Potassium phosphate dibasic, pH- 8.2, 293K
分辨率 2.74 Å R-free 0.254
5EHH Structure of human DPP3 in complex with endomorphin-2. 提交 2015-10-28 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–726（726 aa） 片段：UNP residues 1-726
突变：C19S, E207C, E451A, S491C, C519S, C654S ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；293.15 K；0.056 M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.344 M Potassium phosphate dibasic, pH-8.2.
分辨率 2.38 Å R-free 0.237
7OUP Structure of human DPP3 in complex with a hydroxyethylene transition state peptidomimetic 提交 2021-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–737（737 aa）
突变：E451A ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；0.056 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.344 M potassium phosphate dibasic monohydrate
分辨率 2.65 Å R-free 0.253

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DPP3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–726； UniProt 1–726

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5e3a

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5e3a
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5e3a
沉积日期 deposition_date2015-10-02
结构标题 titleStructure of human DPP3 in complex with opioid peptide leu-enkephalin
关键词 keywordsPeptide-complex, Zinc-hydrolase, opioid-peptide, peptidase, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.26 Å
零角强度 I(0) i0106060000.00
分子量 molecular_weight82015.0 kDa
排除体积 excluded_volume102920 ų
包络体积 envelope_volume119560 ų
水化壳体积 shell_volume37607 ų
包络直径 envelope_diameter85.2 Å
壳层 Rg shell_rg34.16 Å
包络 Rg envelope_rg25.37 Å
形状 Rg shape_rg25.24 Å
总 Rg total_rg26.19 Å
总原子数 total_atoms5794
残基数 n_residues730
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax81.5 Å
Rg (实空间) rg_real26.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal106100000.0000
解质量估计 total_estimate0.9000
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.3 Å
偏度 Skewness skewness0.124
峰度 Kurtosis kurtosis-0.470
角度范围 angular_range— – 0.3000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha40340000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.988
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5e3aA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology540 — Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 —
结构域编号 domain_id5e3aA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2600 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)