SAXSdb — 5e6p

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plexin-B2

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1226–1842	片段：UNP residues 1226-1842	Rho guanine nucleotide exchange factor 11 × 1 （O15085）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；293 K；0.2 M K/Na tartrate, 0.1 M Na citrate pH 5.3, 1.4 M ammonium sulfate	分辨率 3.21 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5E6P	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7KDC The complex between RhoD and the Plexin B2 RBD 提交 2020-10-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1463–1565（103 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M MgCl2, 22 % (w/v) PEG 3350, and 100 mM MIB (pH 6.8, sodium malonate, imidazole, and boric acid mixed at 2:3:3 molar ratio).	分辨率 3.10 Å R-free 0.266
7KDC The complex between RhoD and the Plexin B2 RBD 提交 2020-10-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1463–1565（103 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M MgCl2, 22 % (w/v) PEG 3350, and 100 mM MIB (pH 6.8, sodium malonate, imidazole, and boric acid mixed at 2:3:3 molar ratio).	分辨率 3.10 Å R-free 0.266

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PLXB2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–621； UniProt 1226–1842

Rho guanine nucleotide exchange factor 11

Homo sapiens

UniProt O15085

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 42–125	片段：PDZ domain (UNP residues 42-125)	Plexin-B2 × 1 （B2RXS4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；293 K；0.2 M K/Na tartrate, 0.1 M Na citrate pH 5.3, 1.4 M ammonium sulfate	分辨率 3.21 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5E6P	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HTJ STRUCTURE OF THE RGS-LIKE DOMAIN FROM PDZ-RHOGEF 提交 2000-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 281–490（210 aa）片段：RGS-LIKE DOMAIN (RESIDUES 281-490)	突变：K463A, E465A, E466A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；Ammonium Sulfate, PEG 400, Tris-HCl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.258
1XCG Crystal Structure of Human RhoA in complex with DH/PH fragment of PDZRHOGEF 提交 2004-09-01	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 714–1081（368 aa）片段：DH/PH domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；PEG, Hepes, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.281
1XCG Crystal Structure of Human RhoA in complex with DH/PH fragment of PDZRHOGEF 提交 2004-09-01	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 714–1081（368 aa）片段：DH/PH domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；298 K；PEG, Hepes, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.281
2DLS Solution structure of the PDZ domain of human Rho guanine nucleotide exchange factor 11 提交 2006-04-20	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 44–123（80 aa）片段：PDZ domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.20mM U-15N, 13C-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3KZ1 Crystal Structure of the Complex of PDZ-RhoGEF DH/PH domains with GTP-gamma-S Activated RhoA 提交 2009-12-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 710–1085（376 aa）片段：UNP residues 710-1085	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；14-16% PEG 10000, 0.1M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.283
3KZ1 Crystal Structure of the Complex of PDZ-RhoGEF DH/PH domains with GTP-gamma-S Activated RhoA 提交 2009-12-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 710–1085（376 aa）片段：UNP residues 710-1085	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；14-16% PEG 10000, 0.1M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.283
3T06 Crystal Structure of the DH/PH fragment of PDZRHOGEF with N-terminal regulatory elements in complex with Human RhoA 提交 2011-07-19	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 672–1081（410 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.15 M DL-malic acid, 20 % w/v PEG 3350, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K	分辨率 2.84 Å R-free 0.257
3T06 Crystal Structure of the DH/PH fragment of PDZRHOGEF with N-terminal regulatory elements in complex with Human RhoA 提交 2011-07-19	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 672–1081（410 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.15 M DL-malic acid, 20 % w/v PEG 3350, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K	分辨率 2.84 Å R-free 0.257
5JHG Crystal structure of the complex between the human RhoA and the DH/PH domain of human ARHGEF11 提交 2016-04-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 714–1081（368 aa）片段：UNP residues 714-1081	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；2% v/v Tacsimate pH 5.0, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 16% PEG 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.270
5JHG Crystal structure of the complex between the human RhoA and the DH/PH domain of human ARHGEF11 提交 2016-04-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 714–1081（368 aa）片段：UNP residues 714-1081	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；2% v/v Tacsimate pH 5.0, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 16% PEG 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.270
5JHH Crystal structure of the ternary complex between the human RhoA, its inhibitor and the DH/PH domain of human ARHGEF11 提交 2016-04-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 714–1081（368 aa）片段：UNP residues 714-1081	未记录	GOL GLYCEROL × 2 RA0 3-{3-[ethyl(quinolin-2-yl)amino]phenyl}propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；2% v/v Tacsimate pH 5.0, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 16% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.239
5JHH Crystal structure of the ternary complex between the human RhoA, its inhibitor and the DH/PH domain of human ARHGEF11 提交 2016-04-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 714–1081（368 aa）片段：UNP residues 714-1081	未记录	GOL GLYCEROL × 1 RA0 3-{3-[ethyl(quinolin-2-yl)amino]phenyl}propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；2% v/v Tacsimate pH 5.0, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 16% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.239
5TYT Crystal Structure of the PDZ domain of RhoGEF bound to CXCR2 C-terminal peptide 提交 2016-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 41–123（83 aa）片段：Rho (UNP residues 41-123), CXCR2 C-terminal peptide (UNP residues 356-360) 链 B 41–123（83 aa）片段：Rho (UNP residues 41-123), CXCR2 C-terminal peptide (UNP residues 356-360)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；25% PEG8000, 0.1 M sodium citrate, 0.2 M sodium acetate	分辨率 2.40 Å R-free 0.240
5TYT Crystal Structure of the PDZ domain of RhoGEF bound to CXCR2 C-terminal peptide 提交 2016-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 41–123（83 aa）片段：Rho (UNP residues 41-123), CXCR2 C-terminal peptide (UNP residues 356-360) 链 D 41–123（83 aa）片段：Rho (UNP residues 41-123), CXCR2 C-terminal peptide (UNP residues 356-360)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；25% PEG8000, 0.1 M sodium citrate, 0.2 M sodium acetate	分辨率 2.40 Å R-free 0.240

共 8 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARHGB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–88； UniProt 42–125

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5e6p
沉积日期 deposition_date	2015-10-10
结构标题 title	PlexinB2 cytoplasmic region/PDZ-RhoGEF PDZ domain complex
关键词 keywords	Plexin, PDZ, PDZ-RhoGEF, Complex, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.61 Å
零角强度 I(0) i0	60719700.00
分子量 molecular_weight	63484.0 kDa
排除体积 excluded_volume	80424 Å³
包络体积 envelope_volume	104730 Å³
水化壳体积 shell_volume	30557 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.9 Å
壳层 Rg shell_rg	35.53 Å
包络 Rg envelope_rg	29.64 Å
形状 Rg shape_rg	29.58 Å
总 Rg total_rg	30.29 Å
总原子数 total_atoms	4478
残基数 n_residues	579
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.5 Å
Rg (实空间) rg_real	30.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.0720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.2800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	60720000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8906
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.317
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.632
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	13390000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.902; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.921; Smooth: 0.946

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Plexin-B2
分子量 formula_weight	71868.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4478

GPHMRKSQQAEREYEKIKSQLEGLEESVRDRCKKEFTDLMIEMEDQTNDVHEAGIPTLDYKTYTDRVFFLPSKDGDKDVMITGKLDIPESRRPIVEQALYQFSNLLNSKSFLINFIHTLENQREFSARAKVYFASLLTVALHGKLEYYTDIMRTLFLELMEQYVVAKNPKLMLRRSETVVERMLSNWMSICLYQYLKDSAGEPLYKLFKAIKHQVEKGPVDAVQKKAKYTLNDTGLLGDDVEYAPLTVSVIVQDEGIDAIPVKVLNCDTISQVKEKIIDQVYRTQPCSCWPKPDSVVLEWRPGSTAQILSDLDLTSQREGRWKRINTLMHYNVRDGATLILSKVGVSQQPEDSQQDLPGERHALLEEENRVWHLVRPTDEVDEGKSKRGSMKEKERTKAITEIYLTRLLSVKGTLQQFVDNFFQSVLAPGHAVPPAVKYFFDFLDEQAEKHDIRDEDTIHIWKTNSLPLRFWVNILKNPHFIFDVHVHEVVDASLSVIAQTFMDACTRTEHKLSRDSPSNKLLYAKEISTYKKMVEDYYKGIRQMVQVSDQDMNTHLAEISRAHTDSLNTLVALHQLYQYTQKYYDEIINALEEDPAAQKMQLAFRLQQIAAALENKVTDL

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Rho guanine nucleotide exchange factor 11
分子量 formula_weight	9227.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPHMGLVQRCVIIQKDQHGFGFTVSGDRIVLVQSVRPGGAAMKAGVKEGDRIIKVNGTMVTNSSHLEVVKLIKSGAYVALTLLGSSPS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	5e6pA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	506 — GTPase Activation - p120GAP; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — GTPase Activation - p120gap; domain 1

结构域编号 domain_id	5e6pA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5e6pB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	126.152 Å
晶胞边长 b length_b	126.152 Å
晶胞边长 c length_c	211.465 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 62 2 2
空间群编号 int_tables_number	180
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.215 Å
最低分辨率 resolution_low	48.530 Å
R 因子 r_factor	0.2562
R_work r_work	0.2542
R_free r_free	0.2966

fit	/app/data/saxs_computation/e6/5e6p/5e6p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e6/5e6p/5e6p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e6/5e6p/5e6p.dat

PlexinB2 cytoplasmic region/PDZ-RhoGEF PDZ domain complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plexin-B2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Rho guanine nucleotide exchange factor 11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)