SAXSdb — 5ea0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement factor H-related protein 2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 150–162	片段：UNP residues 150-162 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Heavy chain of antibody 7968 Fab fragment × 1 Light chain of antibody 7968 Fab fragment × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；293 K；Drop composed of Fab at 20 mg/ml mixed with 25 mM citric acid pH 3.5, 8% PEG 3350; over a reservoir of 24% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5EA0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3ZD1 STRUCTURE OF THE TWO C-TERMINAL DOMAINS OF COMPLEMENT FACTOR H RELATED PROTEIN 2 提交 2012-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 147–270（124 aa）片段：SCR DOMAINS 3 AND 4, RESIDUES 147-270	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 30% (W/V) PEG 8000, 0.2M AMMONIUM SULPHATE	分辨率 2.00 Å R-free 0.240
3ZD1 STRUCTURE OF THE TWO C-TERMINAL DOMAINS OF COMPLEMENT FACTOR H RELATED PROTEIN 2 提交 2012-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 147–270（124 aa）片段：SCR DOMAINS 3 AND 4, RESIDUES 147-270	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 30% (W/V) PEG 8000, 0.2M AMMONIUM SULPHATE	分辨率 2.00 Å R-free 0.240
9N1Z Structure of C3d Bound to a Fragment of FHR-2 提交 2025-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 145–270（126 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.075 M HEPES [PH 7.5] 1.2 M Ammonium Sulfate	分辨率 2.31 Å R-free 0.227
9N1Z Structure of C3d Bound to a Fragment of FHR-2 提交 2025-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 145–270（126 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.075 M HEPES [PH 7.5] 1.2 M Ammonium Sulfate	分辨率 2.31 Å R-free 0.227
9N20 Structure of C3d Bound to a Fragment of FHR-2 and S. aureus Efb-C 提交 2025-01-27	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 145–270（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M imidazole [pH 6.7] 12% (w/v) peg-20k	分辨率 3.30 Å R-free 0.214

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FHR2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 2–14； UniProt 150–162

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ea0
沉积日期 deposition_date	2015-10-15
结构标题 title	Structure of the antibody 7968 with human complement factor H-derived peptide
关键词 keywords	complement factor H CFH SCR19 SCR19-20, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.27 Å
零角强度 I(0) i0	39368900.00
分子量 molecular_weight	48015.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59811 Å³
包络体积 envelope_volume	73046 Å³
水化壳体积 shell_volume	25433 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.5 Å
壳层 Rg shell_rg	31.21 Å
包络 Rg envelope_rg	24.11 Å
形状 Rg shape_rg	24.26 Å
总 Rg total_rg	25.09 Å
总原子数 total_atoms	3380
残基数 n_residues	432
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.6 Å
Rg (实空间) rg_real	25.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9370e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	39370000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9013
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.314
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.409
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.917; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.989

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Heavy chain of antibody 7968 Fab fragment
分子量 formula_weight	23648.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	3721

EVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSRYGMHWVRQAPGKGLEWVAVMSYDGSTKYYADSVKGRFAISRDNPKNTLFLQMNSLRPDDTAVYYCAKGGAAAAVMDVWGKGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Light chain of antibody 7968 Fab fragment
分子量 formula_weight	24403.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIVMTQSPDSLTVSLGERATISCKSSQRLLYSSNNKNYLAWYQQKPGQPPKLLMYWASTRESGVPDRFSGSGSGTDFSLTISSLQAEDVAVYYCQQYYNPPWTFGQGTKVEVKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Complement factor H-related protein 2
分子量 formula_weight	1303.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

XGPPPPIDNGDITSX

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	341

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5ea0H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5ea0H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5ea0L01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5ea0L02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	51.280 Å
晶胞边长 b length_b	65.547 Å
晶胞边长 c length_c	71.267 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.37 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	38.009 Å
R 因子 r_factor	0.2017
R_work r_work	0.1959
R_free r_free	0.2753

fit	/app/data/saxs_computation/ea/5ea0/5ea0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ea/5ea0/5ea0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ea/5ea0/5ea0.dat

Structure of the antibody 7968 with human complement factor H-derived peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement factor H-related protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)