9n20

Structure of C3d Bound to a Fragment of FHR-2 and S. aureus Efb-C

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9n20
沉积日期 deposition_date	2025-01-27
结构标题 title	Structure of C3d Bound to a Fragment of FHR-2 and S. aureus Efb-C
关键词 keywords	complement system, C3, RCA, inhibitor, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.65 Å
零角强度 I(0) i0	46774800.00
分子量 molecular_weight	54130.0 kDa
排除体积 excluded_volume	68207 Å³
包络体积 envelope_volume	81614 Å³
水化壳体积 shell_volume	27981 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.6 Å
壳层 Rg shell_rg	31.53 Å
包络 Rg envelope_rg	25.07 Å
形状 Rg shape_rg	24.63 Å
总 Rg total_rg	25.48 Å
总原子数 total_atoms	3808
残基数 n_residues	481
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.0 Å
Rg (实空间) rg_real	26.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1320e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	46770000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6572
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	30.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.541
峰度 Kurtosis kurtosis	0.091
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	4.1120
最高正则化参数 α highest_alpha	8612000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.811; Stabil: 0.885; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.535

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Complement C3dg fragment
分子量 formula_weight	33143.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3808

GSRSTDAERLKHLIVTPSGAGEQNMIGMTPTVIAVHYLDETEQWEKFGLEKRQGALELIKKGYTQQLAFRQPSSAFAAFVKRAPSTWLTAYVVKVFSLAVNLIAIDSQVLCGAVKWLILEKQKPDGVFQEDAPVIHQEMIGGLRNNNEKDMALTAFVLISLQEAKDICEEQVNSLPGSITKAGDFLEANYMNLQRSYTVAIAGYALAQMGRLKGPLLNKFLTTAKDKNRWEDPGKQLYNVEATSYALLALLQLKDFDFVPPVVRWLNEQRYYGGGYGSTQATFMVFQALAQYQKDAP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Fibrinogen-binding protein
分子量 formula_weight	8597.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GSTFNKPAAKTDATIKKEQKLIQAQNLVREFEKTHTVSAHRKAQKAVNLVSFEYKVKKMVLQERIDNVLKQGLVR

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	158878
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Complement factor H-related protein 2
分子量 formula_weight	14662.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSTGSSAEKCGPPPPIDNGDITSFLLSVYAPGSSVEYQCQNLYQLEGNNQITCRNGQWSEPPKCLDPCVISQEIMEKYNIKLKWTNQQKLYSRTGDIVEFVCKSGYHPTKSHSFRAMCQNGKLVYPSCEEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	145.584 Å
晶胞边长 b length_b	145.584 Å
晶胞边长 c length_c	76.855 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	48.740 Å
R 因子 r_factor	0.1818
R_work r_work	0.1783
R_free r_free	0.2136

fit	/app/data/saxs_computation/n2/9n20/9n20.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n2/9n20/9n20.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n2/9n20/9n20.dat

Structure of C3d Bound to a Fragment of FHR-2 and S. aureus Efb-C

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)