5ech

Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA and ATP

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Jasmonic acid-amido synthetase JAR1

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Glutathione S-transferase U20 × 2 （Q8L7C9） {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GLUTATHIONE × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Glutathione S-transferase U20 × 2 （Q8L7C9） {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GLUTATHIONE × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	JAR1_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–575； UniProt 1–575 作者链 D； PDB构建体 1–575； UniProt 1–575

Glutathione S-transferase U20

Arabidopsis thaliana

UniProt Q8L7C9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Jasmonic acid-amido synthetase JAR1 × 1 （Q9SKE2） {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GLUTATHIONE × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Jasmonic acid-amido synthetase JAR1 × 1 （Q9SKE2） {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GLUTATHIONE × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GSTUK_ARATH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 7–223； UniProt 1–217 作者链 C； PDB构建体 7–223； UniProt 1–217 作者链 E； PDB构建体 7–223； UniProt 1–217 作者链 F； PDB构建体 7–223； UniProt 1–217

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ech
沉积日期 deposition_date	2015-10-20
结构标题 title	Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA and ATP
关键词 keywords	Jasmonate-amido synthetase, Glutathione S-transferase, Ligase-Transferase complex; Ligase/Transferase
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ech__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ech__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ech__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.74 Å
Rg（电子密度）	33.21 Å
总 Rg	33.78 Å
原子数	8061
残基数	997
排除体积	143810 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5ech__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5ech__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Jasmonic acid-amido synthetase JAR1
分子量 formula_weight	64416.2 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	17375

MLEKVETFDMNRVIDEFDEMTRNAHQVQKQTLKEILLKNQSAIYLQNCGLNGNATDPEEAFKSMVPLVTDVELEPYIKRMVDGDTSPILTGHPVPAISLSSGTSQGRPKFIPFTDELMENTLQLFRTAFAFRNRDFPIDDNGKALQFIFSSKQYISTGGVPVGTATTNVYRNPNFKAGMKSITSPSCSPDEVIFSPDVHQALYCHLLSGILFRDQVQYVFAVFAHGLVHAFRTFEQVWEEIVTDIKDGVLSNRITVPSVRTAMSKLLTPNPELAETIRTKCMSLSNWYGLIPALFPNAKYVYGIMTGSMEPYVPKLRHYAGDLPLVSHDYGSSEGWIAANVTPRLSPEEATFAVIPNLGYFEFLPVSETGEGEEKPVGLTQVKIGEEYEVVITNYAGLYRYRLGDVVKVIGFYNNTPQLKFICRRNLILSINIDKNTERDLQLSVESAAKRLSEEKIEVIDFSSYIDVSTDPGHYAIFWEISGETNEDVLQDCCNCLDRAFIDAGYVSSRKCKTIGALELRVVAKGTFRKIQEHFLGLGSSAGQFKMPRCVKPSNAKVLQILCENVVSSYFSTAF

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	Mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glutathione S-transferase U20
分子量 formula_weight	25867.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,E,F

HHHHHHMANLPILLDYWPSMFGMRARVALREKGVEFEYREEDFSNKSPLLLQSNPIHKKIPVLVHNGKPVCESLNVVQYVDEAWPEKNPFFPSDPYGRAQARFWADFVDKKFTDAQFKVWGKKGEEQEAGKKEFIEAVKILESELGDKPYFGGDSFGYVDISLITFSSWFQAYEKFGNFSIESESPKLIAWAKRCMEKESVSKSLPDSEKIVAYAAEYRKNNL

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	Mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	{(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid
分子量 formula_weight	210.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLUTATHIONE
分子量 formula_weight	307.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1253

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d5echb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5echb2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family family	a.45.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5echc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5echc2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family family	a.45.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5eche1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5eche2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family family	a.45.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5echf1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5echf2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family family	a.45.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5echB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	5echB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5echC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	5echC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5echE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	5echE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5echF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	5echF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	53.916 Å
晶胞边长 b length_b	53.976 Å
晶胞边长 c length_c	193.938 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.35 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	113.68 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.140 Å
最低分辨率 resolution_low	25.269 Å
R 因子 r_factor	0.1621
R_work r_work	0.1601
R_free r_free	0.1803

Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA and ATP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Jasmonic acid-amido synthetase JAR1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glutathione S-transferase U20

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ech__assembly_2__model_1

5ech__assembly_2__model_1 | I(q)

5ech__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)

Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA and ATP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Jasmonic acid-amido synthetase JAR1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Glutathione S-transferase U20

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ech__assembly_2__model_1

5ech__assembly_2__model_1 | I(q)

5ech__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)