5eci

Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, ATP and Mg

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 208.4 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Jasmonic acid-amido synthetase JAR1

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–575	未记录	Glutathione S-transferase U20 × 2 （Q8L7C9） JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.56 Å R-free 0.225
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–575	未记录	Glutathione S-transferase U20 × 2 （Q8L7C9） JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.56 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5ECI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4EPL Crystal Structure of Arabidopsis thaliana GH3.11 (JAR1) in Complex with JA-Ile 提交 2012-04-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–575（575 aa）	未记录	JAI N-({(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetyl)-L-isoleucine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1.5 M tartrate, 0.1 M MOPSO, 5 mM ATP, 5 mM MgCl2, 5mM jasmonic acid, 5 mM isoleucine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.01 Å R-free 0.210
4EPL Crystal Structure of Arabidopsis thaliana GH3.11 (JAR1) in Complex with JA-Ile 提交 2012-04-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–575（575 aa）	未记录	JAI N-({(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetyl)-L-isoleucine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1.5 M tartrate, 0.1 M MOPSO, 5 mM ATP, 5 mM MgCl2, 5mM jasmonic acid, 5 mM isoleucine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.01 Å R-free 0.210
5ECH Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA and ATP 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–575（575 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 2.14 Å R-free 0.180
5ECH Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA and ATP 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–575（575 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 2.14 Å R-free 0.180
5ECK Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, Ile and ATP 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–575（575 aa）	未记录	ILE ISOLEUCINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.54 Å R-free 0.175
5ECK Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, Ile and ATP 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–575（575 aa）	未记录	ILE ISOLEUCINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.54 Å R-free 0.175
5ECL Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, Ile and Mg 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–575（575 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 ILE ISOLEUCINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.85 Å R-free 0.219
5ECL Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, Ile and Mg 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–575（575 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 ILE ISOLEUCINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.85 Å R-free 0.219
5ECM Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA and Leu 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–575（575 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 LEU LEUCINE × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.60 Å R-free 0.245
5ECM Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA and Leu 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–575（575 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 LEU LEUCINE × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.60 Å R-free 0.245
5ECN Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, Leu and ATP 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–575（575 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 LEU LEUCINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.72 Å R-free 0.188
5ECN Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, Leu and ATP 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–575（575 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 LEU LEUCINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.72 Å R-free 0.188
5ECO Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, Leu and Mg 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–575（575 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 LEU LEUCINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.80 Å R-free 0.239
5ECO Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, Leu and Mg 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–575（575 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 LEU LEUCINE × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.80 Å R-free 0.239
5ECP Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, MET and ATP 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–575（575 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 MET METHIONINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 2.25 Å R-free 0.208
5ECP Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, MET and ATP 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–575（575 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 MET METHIONINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 2.25 Å R-free 0.208
5ECQ Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, VAL and ATP 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–575（575 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 VAL VALINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.66 Å R-free 0.234
5ECQ Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, VAL and ATP 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–575（575 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 VAL VALINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.66 Å R-free 0.234
5ECR Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, VAL and Mg 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–575（575 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 VAL VALINE × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.72 Å R-free 0.281
5ECR Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, VAL and Mg 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–575（575 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 VAL VALINE × 1 GSH Glutathione × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.72 Å R-free 0.281
5GZZ Crystal Structure of FIN219-SjGST complex with JA 提交 2016-10-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–575（575 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；297 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris-HCl, 40%(w/v) PEG 4000	分辨率 2.39 Å R-free 0.234

共 11 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	JAR1_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–575； UniProt 1–575 作者链 D； PDB构建体 1–575； UniProt 1–575

Glutathione S-transferase U20

Arabidopsis thaliana

UniProt Q8L7C9

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–217 链 C； UniProt 1–217	未记录	Jasmonic acid-amido synthetase JAR1 × 1 （Q9SKE2） JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.56 Å R-free 0.225
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–217 链 F； UniProt 1–217	未记录	Jasmonic acid-amido synthetase JAR1 × 1 （Q9SKE2） JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.56 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5ECI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5ECH Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA and ATP 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–217（217 aa）链 C 1–217（217 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 2.14 Å R-free 0.180
5ECH Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA and ATP 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–217（217 aa）链 F 1–217（217 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 2.14 Å R-free 0.180
5ECK Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, Ile and ATP 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–217（217 aa）链 C 1–217（217 aa）	未记录	ILE ISOLEUCINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.54 Å R-free 0.175
5ECK Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, Ile and ATP 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–217（217 aa）链 F 1–217（217 aa）	未记录	ILE ISOLEUCINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.54 Å R-free 0.175
5ECL Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, Ile and Mg 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–217（217 aa）链 C 1–217（217 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 ILE ISOLEUCINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.85 Å R-free 0.219
5ECL Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, Ile and Mg 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–217（217 aa）链 F 1–217（217 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 ILE ISOLEUCINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.85 Å R-free 0.219
5ECM Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA and Leu 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–217（217 aa）链 C 1–217（217 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 LEU LEUCINE × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.60 Å R-free 0.245
5ECM Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA and Leu 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–217（217 aa）链 F 1–217（217 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 LEU LEUCINE × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.60 Å R-free 0.245
5ECN Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, Leu and ATP 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–217（217 aa）链 C 1–217（217 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 LEU LEUCINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.72 Å R-free 0.188
5ECN Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, Leu and ATP 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–217（217 aa）链 F 1–217（217 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 LEU LEUCINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.72 Å R-free 0.188
5ECO Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, Leu and Mg 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–217（217 aa）链 C 1–217（217 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 LEU LEUCINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.80 Å R-free 0.239
5ECO Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, Leu and Mg 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–217（217 aa）链 F 1–217（217 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 LEU LEUCINE × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.80 Å R-free 0.239
5ECP Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, MET and ATP 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–217（217 aa）链 C 1–217（217 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 MET METHIONINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 2.25 Å R-free 0.208
5ECP Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, MET and ATP 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–217（217 aa）链 F 1–217（217 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 MET METHIONINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 2.25 Å R-free 0.208
5ECQ Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, VAL and ATP 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–217（217 aa）链 C 1–217（217 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 VAL VALINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.66 Å R-free 0.234
5ECQ Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, VAL and ATP 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–217（217 aa）链 F 1–217（217 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 VAL VALINE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.66 Å R-free 0.234
5ECR Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, VAL and Mg 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–217（217 aa）链 C 1–217（217 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 VAL VALINE × 1 GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.72 Å R-free 0.281
5ECR Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, VAL and Mg 提交 2015-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–217（217 aa）链 F 1–217（217 aa）	未记录	JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 VAL VALINE × 1 GSH Glutathione × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.72 Å R-free 0.281
5ECS Crystal Structure of FIP1 with GSH 提交 2015-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–217（217 aa）	未记录	GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.65 Å R-free 0.188
5ECS Crystal Structure of FIP1 with GSH 提交 2015-10-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–217（217 aa）	未记录	GSH Glutathione × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris-HCl, 30%(w/v) PEG 3000	分辨率 1.65 Å R-free 0.188

共 10 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GSTUK_ARATH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 7–223； UniProt 1–217 作者链 C； PDB构建体 7–223； UniProt 1–217 作者链 E； PDB构建体 7–223； UniProt 1–217 作者链 F； PDB构建体 7–223； UniProt 1–217

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5eci
沉积日期 deposition_date	2015-10-20
结构标题 title	Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, ATP and Mg
关键词 keywords	Jasmonate-amido synthetase, Glutathione S-transferase, Ligase-Transferase complex; LIGASE/TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	59.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	61.34 Å
零角强度 I(0) i0	723396000.00
分子量 molecular_weight	228580.0 kDa
排除体积 excluded_volume	287670 Å³
包络体积 envelope_volume	403210 Å³
水化壳体积 shell_volume	63491 Å³
包络直径 envelope_diameter	222.9 Å
壳层 Rg shell_rg	49.54 Å
包络 Rg envelope_rg	61.44 Å
形状 Rg shape_rg	61.35 Å
总 Rg total_rg	60.96 Å
总原子数 total_atoms	16124
残基数 n_residues	1994
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	208.4 Å
Rg (实空间) rg_real	61.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.2340e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5630e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	58.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	720600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6931
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.688
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.208
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0005
最高正则化参数 α highest_alpha	27310000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.444; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.586; Smooth: 0.085

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Jasmonic acid-amido synthetase JAR1
分子量 formula_weight	64416.2 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	17930

MLEKVETFDMNRVIDEFDEMTRNAHQVQKQTLKEILLKNQSAIYLQNCGLNGNATDPEEAFKSMVPLVTDVELEPYIKRMVDGDTSPILTGHPVPAISLSSGTSQGRPKFIPFTDELMENTLQLFRTAFAFRNRDFPIDDNGKALQFIFSSKQYISTGGVPVGTATTNVYRNPNFKAGMKSITSPSCSPDEVIFSPDVHQALYCHLLSGILFRDQVQYVFAVFAHGLVHAFRTFEQVWEEIVTDIKDGVLSNRITVPSVRTAMSKLLTPNPELAETIRTKCMSLSNWYGLIPALFPNAKYVYGIMTGSMEPYVPKLRHYAGDLPLVSHDYGSSEGWIAANVTPRLSPEEATFAVIPNLGYFEFLPVSETGEGEEKPVGLTQVKIGEEYEVVITNYAGLYRYRLGDVVKVIGFYNNTPQLKFICRRNLILSINIDKNTERDLQLSVESAAKRLSEEKIEVIDFSSYIDVSTDPGHYAIFWEISGETNEDVLQDCCNCLDRAFIDAGYVSSRKCKTIGALELRVVAKGTFRKIQEHFLGLGSSAGQFKMPRCVKPSNAKVLQILCENVVSSYFSTAF

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	Mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glutathione S-transferase U20
分子量 formula_weight	25867.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,E,F

HHHHHHMANLPILLDYWPSMFGMRARVALREKGVEFEYREEDFSNKSPLLLQSNPIHKKIPVLVHNGKPVCESLNVVQYVDEAWPEKNPFFPSDPYGRAQARFWADFVDKKFTDAQFKVWGKKGEEQEAGKKEFIEAVKILESELGDKPYFGGDSFGYVDISLITFSSWFQAYEKFGNFSIESESPKLIAWAKRCMEKESVSKSLPDSEKIVAYAAEYRKNNL

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	Mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	{(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid
分子量 formula_weight	210.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLUTATHIONE
分子量 formula_weight	307.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1806

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d5ecib1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5ecib2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family family	a.45.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5ecic1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5ecic2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family family	a.45.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5ecie1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5ecie2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family family	a.45.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5ecif1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5ecif2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family family	a.45.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5eciB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	5eciB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5eciC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	5eciC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5eciE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	5eciE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	5eciF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	5eciF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

▶

8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	53.889 Å
晶胞边长 b length_b	53.858 Å
晶胞边长 c length_c	195.396 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	92.52 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.02 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	113.58 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.560 Å
最低分辨率 resolution_low	24.568 Å
R 因子 r_factor	0.2131
R_work r_work	0.2118
R_free r_free	0.2248

fit	/app/data/saxs_computation/ec/5eci/5eci.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ec/5eci/5eci.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ec/5eci/5eci.dat

Crystal Structure of FIN219-FIP1 complex with JA, ATP and Mg

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Jasmonic acid-amido synthetase JAR1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glutathione S-transferase U20

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)