5eh4

Crystal Structure of the Glycophorin A Transmembrane Dimer in Lipidic Cubic Phase

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycophorin-A

Homo sapiens

UniProt P02724

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 89–117 链 B; UniProt 89–117 片段:unp residues 89-117 突变:M81I 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) OLB (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293 K;20% (w/v)PEG 8000, 0.1 M sodium HEPES pH 7.5 10 mM TRIS-HCl pH 8, 40 mM NaCl 分辨率 2.81 Å R-free 0.260
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 89–117 链 D; UniProt 89–117 片段:unp residues 89-117 突变:M81I 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293 K;20% (w/v)PEG 8000, 0.1 M sodium HEPES pH 7.5 10 mM TRIS-HCl pH 8, 40 mM NaCl 分辨率 2.81 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GLPA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–29; UniProt 89–117 作者链 B; PDB构建体 1–29; UniProt 89–117 作者链 C; PDB构建体 1–29; UniProt 89–117 作者链 D; PDB构建体 1–29; UniProt 89–117

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5eh4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5eh4
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5eh4
沉积日期 deposition_date2015-10-28
结构标题 titleCrystal Structure of the Glycophorin A Transmembrane Dimer in Lipidic Cubic Phase
关键词 keywordsReceptor, lipidic cubic phase, peptides, transmembrane, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.30
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.60
零角强度 I(0) i02737110.00
分子量 molecular_weight13521.0 kDa
排除体积 excluded_volume17946 ų
包络体积 envelope_volume21727 ų
水化壳体积 shell_volume11506 ų
包络直径 envelope_diameter70.8
壳层 Rg shell_rg21.75
包络 Rg envelope_rg18.25
形状 Rg shape_rg17.40
总 Rg total_rg19.24
总原子数 total_atoms945
残基数 n_residues116
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.9
Rg (实空间) rg_real19.50
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.72
I(0) (实空间) i0_real2.7370e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8080e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.47
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2737000.0000
解质量估计 total_estimate0.6255
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.2
偏度 Skewness skewness0.529
峰度 Kurtosis kurtosis-0.040
角度范围 angular_range— – 0.4100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha207100.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.623; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.226; Positv: 1.000; Valcen: 0.583; Smooth: 0.998

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)