7v19

Local refinement of Band 3-II transmembrane domains, class 1 of erythrocyte ankyrin-1 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 131.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycophorin-A

物种未注明

UniProt P02724

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–150 链 D; UniProt 1–150 未记录 Band 3 anion transport protein × 2 (P02730) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CLR CHOLESTEROL × 2 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4;Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;4-6 seconds, wait time 30 seconds. 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GLPA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–150; UniProt 1–150 作者链 D; PDB构建体 1–150; UniProt 1–150

Band 3 anion transport protein

物种未注明

UniProt P02730

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–911 链 E; UniProt 1–911 未记录 Glycophorin-A × 2 (P02724) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CLR CHOLESTEROL × 2 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4;Final gel filtration buffer contained 0.05% w/v digitonin, 130 mM KCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, 1 mM ATP, 1 mM MgCl2, 1 mM PMSF. Peak fractions were concentrated to 8 mg/mL, and 0.01% w/v glycyrrhizic acid was added immediately prior to vitrification. cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;4-6 seconds, wait time 30 seconds. 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 53 个其他 PDB 条目、56 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B3AT_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–911; UniProt 1–911 作者链 E; PDB构建体 1–911; UniProt 1–911

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7v19

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7v19
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7v19
沉积日期 deposition_date2022-05-11
结构标题 titleLocal refinement of Band 3-II transmembrane domains, class 1 of erythrocyte ankyrin-1 complex
关键词 keywordsMembrane Protein, ankyrin complex, Erythrocyte, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.82
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.97
零角强度 I(0) i0188758000.00
分子量 molecular_weight126560.0 kDa
排除体积 excluded_volume164960 ų
包络体积 envelope_volume207660 ų
水化壳体积 shell_volume47242 ų
包络直径 envelope_diameter142.0
壳层 Rg shell_rg42.19
包络 Rg envelope_rg37.61
形状 Rg shape_rg38.00
总 Rg total_rg38.14
总原子数 total_atoms8936
残基数 n_residues1114
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax131.0
Rg (实空间) rg_real38.06
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.16
I(0) (实空间) i0_real1.8880e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4930e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.91
I(0) (倒空间) i0_reciprocal188700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8655
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary40.5
偏度 Skewness skewness0.496
峰度 Kurtosis kurtosis-0.197
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha17690000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.804; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.872

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)