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5ejc

Crystal structural of the TSC1-TBC1D7 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 110.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TBC1 domain family member 7

Homo sapiens

UniProt Q9P0N9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 18–293 片段：UNP residues 18-293 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Hamartin × 2 （Q92574） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；200 mM NaCl, 20mM CaCl2 and 15% PEG-3350 分辨率 3.10 Å R-free 0.239
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 18–293 片段：UNP residues 18-293 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Hamartin × 2 （Q92574） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；200 mM NaCl, 20mM CaCl2 and 15% PEG-3350 分辨率 3.10 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5EJC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3QWL Crystal structure of human TBC1 domain family member 7 提交 2011-02-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–293（293 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；20% PEG-1500, 0.2M magnesium chloride, 0.1M TRIS. 1:10 dispase-1 added in situ., pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 289K
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；Selenomethionyl derivative protein. 30% PEG-1500, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES. 1:10 dispase-1 added in situ., pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 289K
分辨率 1.90 Å R-free 0.259
4Z6Y Structure of the TBC1D7-TSC1 complex 提交 2015-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 21–293（273 aa） 片段：UNP RESIDUES 21-293
链 E 21–293（273 aa） 片段：UNP RESIDUES 21-293
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；287 K；8% PEG 6000, 4% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1M HEPES, pH7.5
分辨率 2.81 Å R-free 0.255
4Z6Y Structure of the TBC1D7-TSC1 complex 提交 2015-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 21–293（273 aa） 片段：UNP RESIDUES 21-293
链 G 21–293（273 aa） 片段：UNP RESIDUES 21-293
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；287 K；8% PEG 6000, 4% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1M HEPES, pH7.5
分辨率 2.81 Å R-free 0.255
7DL2 Cryo-EM structure of human TSC complex 提交 2020-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 21–287（267 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
9CE3 Structure of the TSC:WIPI3 lysosomal recruitment complex 提交 2024-06-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 1–293（293 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES (pH 7.6), 250 mM NaCl, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBCD7_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–276； UniProt 18–293 作者链 B； PDB构建体 1–276； UniProt 18–293

Hamartin

Homo sapiens

UniProt Q92574

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 939–992 链 F； UniProt 939–992 片段：UNP residues 939-992 TBC1 domain family member 7 × 1 （Q9P0N9） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；200 mM NaCl, 20mM CaCl2 and 15% PEG-3350 分辨率 3.10 Å R-free 0.239
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 939–992 链 D； UniProt 939–992 片段：UNP residues 939-992 TBC1 domain family member 7 × 1 （Q9P0N9） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；200 mM NaCl, 20mM CaCl2 and 15% PEG-3350 分辨率 3.10 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5EJC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4Z6Y Structure of the TBC1D7-TSC1 complex 提交 2015-04-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 938–993（56 aa） 片段：UNP RESIDUES 938-993
链 F 938–993（56 aa） 片段：UNP RESIDUES 938-993
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；287 K；8% PEG 6000, 4% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1M HEPES, pH7.5
分辨率 2.81 Å R-free 0.255
4Z6Y Structure of the TBC1D7-TSC1 complex 提交 2015-04-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 938–993（56 aa） 片段：UNP RESIDUES 938-993
链 H 938–993（56 aa） 片段：UNP RESIDUES 938-993
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；287 K；8% PEG 6000, 4% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1M HEPES, pH7.5
分辨率 2.81 Å R-free 0.255
7DL2 Cryo-EM structure of human TSC complex 提交 2020-11-25 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–1164（1164 aa）
链 D 1–1164（1164 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
9C9I Structure of the TSC1:WIPI3 complex 提交 2024-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 648–681（34 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2 M ammonium tartrate, 20 % PEG3350, and 0.25 M sodium acetate.
分辨率 3.18 Å R-free 0.255
9C9I Structure of the TSC1:WIPI3 complex 提交 2024-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 648–681（34 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2 M ammonium tartrate, 20 % PEG3350, and 0.25 M sodium acetate.
分辨率 3.18 Å R-free 0.255
9C9I Structure of the TSC1:WIPI3 complex 提交 2024-06-14 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 648–681（34 aa）
链 X 648–681（34 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2 M ammonium tartrate, 20 % PEG3350, and 0.25 M sodium acetate.
分辨率 3.18 Å R-free 0.255
9C9I Structure of the TSC1:WIPI3 complex 提交 2024-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 648–681（34 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2 M ammonium tartrate, 20 % PEG3350, and 0.25 M sodium acetate.
分辨率 3.18 Å R-free 0.255
9CE3 Structure of the TSC:WIPI3 lysosomal recruitment complex 提交 2024-06-26 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 C 1–1164（1164 aa）
链 D 1–1164（1164 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES (pH 7.6), 250 mM NaCl, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TSC1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 2–55； UniProt 939–992 作者链 D； PDB构建体 2–55； UniProt 939–992 作者链 E； PDB构建体 2–55； UniProt 939–992 作者链 F； PDB构建体 2–55； UniProt 939–992

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5ejc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5ejc
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5ejc
沉积日期 deposition_date2015-11-01
结构标题 titleCrystal structural of the TSC1-TBC1D7 complex
关键词 keywordsTSC1, TBC1D7, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.03 Å
零角强度 I(0) i091475900.00
分子量 molecular_weight78452.0 kDa
排除体积 excluded_volume98808 ų
包络体积 envelope_volume134080 ų
水化壳体积 shell_volume33786 ų
包络直径 envelope_diameter113.2 Å
壳层 Rg shell_rg40.00 Å
包络 Rg envelope_rg33.12 Å
形状 Rg shape_rg33.94 Å
总 Rg total_rg34.81 Å
总原子数 total_atoms5467
残基数 n_residues655
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax110.7 Å
Rg (实空间) rg_real34.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real9.1480e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4410e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal91470000.0000
解质量估计 total_estimate0.8911
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary31.3 Å
偏度 Skewness skewness0.292
峰度 Kurtosis kurtosis-0.735
角度范围 angular_range— – 0.2300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14310000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.905; Smooth: 0.930
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id5ejcA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily750 — Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p, domain 1
结构域编号 domain_id5ejcA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily680 — Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p, domain 2
结构域编号 domain_id5ejcA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p, domain 3
结构域编号 domain_id5ejcB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily750 — Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p, domain 1
结构域编号 domain_id5ejcB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily680 — Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p, domain 2
结构域编号 domain_id5ejcB03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p, domain 3
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)