← 返回搜索
5ejo

Crystal structure of the winged helix domain in Chromatin assembly factor 1 subunit p90

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 45.4 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromatin assembly factor 1 subunit p90

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt Q12495

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 519–606 片段：UNP residues 519-606 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1 M NaCl, 1.5 M (NH4)2SO4, 0.1 M BIS-Tris 分辨率 2.75 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5EJO Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5JBM Crystal structgure of Cac1 C-terminus 提交 2016-04-13 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 457–606（150 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.3；291 K；0.2 M sodium formate, 14% PEG 3350, 0.1 M Tris, pH 8.3
分辨率 3.00 Å R-free 0.275
8DEI Structure of the Cac1 KER domain 提交 2022-06-20 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 136–225（90 aa） 片段：KER domain, residues 136-225
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；0.1 M Phosphate/citrate pH 4.2 and 30 % PEG 300
分辨率 2.81 Å R-free 0.282
8DEI Structure of the Cac1 KER domain 提交 2022-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 136–225（90 aa） 片段：KER domain, residues 136-225
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；0.1 M Phosphate/citrate pH 4.2 and 30 % PEG 300
分辨率 2.81 Å R-free 0.282
8DEI Structure of the Cac1 KER domain 提交 2022-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 136–225（90 aa） 片段：KER domain, residues 136-225
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；0.1 M Phosphate/citrate pH 4.2 and 30 % PEG 300
分辨率 2.81 Å R-free 0.282
8DEI Structure of the Cac1 KER domain 提交 2022-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 136–225（90 aa） 片段：KER domain, residues 136-225
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；0.1 M Phosphate/citrate pH 4.2 and 30 % PEG 300
分辨率 2.81 Å R-free 0.282
8THW Cac1 PIP motif bound to PCNA 提交 2023-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 222–240（19 aa）
链 B 222–240（19 aa）
链 C 222–240（19 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M magnesium acetate tetrahydrate (Mg Ac4H) and 11% w/v PEG3350
分辨率 2.60 Å R-free 0.267

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RLF2_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 7–94； UniProt 519–606

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5ejo

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5ejo
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5ejo
沉积日期 deposition_date2015-11-02
结构标题 titleCrystal structure of the winged helix domain in Chromatin assembly factor 1 subunit p90
关键词 keywordsChromatin assembly factor 1, Winged helix domain, Nucleosome assembly, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier13.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron12.59 Å
零角强度 I(0) i01769750.00
分子量 molecular_weight8967.0 kDa
排除体积 excluded_volume11220 ų
包络体积 envelope_volume12704 ų
水化壳体积 shell_volume9098 ų
包络直径 envelope_diameter45.6 Å
壳层 Rg shell_rg17.61 Å
包络 Rg envelope_rg12.98 Å
形状 Rg shape_rg12.56 Å
总 Rg total_rg13.89 Å
总原子数 total_atoms631
残基数 n_residues79
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax45.4 Å
Rg (实空间) rg_real13.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7700e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7820e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal13.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1770000.0000
解质量估计 total_estimate0.8867
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary16.1 Å
偏度 Skewness skewness0.248
峰度 Kurtosis kurtosis-0.266
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha236400.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.856; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.955
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)