SAXSdb — 5ek0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chimera of bacterial Ion transport protein and human Sodium channel protein type 9 subunit alpha

Arcobacter butzleri, Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 4	1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 21 3-cyano-4-[2-[2-(1-ethylazetidin-3-yl)pyrazol-3-yl]-4-(trifluoromethyl)phenoxy]-~{N}-(1,2,4-thiadiazol-5-yl)benzenesulfonamide × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A8EVM5_ARCB4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 19–41； UniProt 1–23 作者链 A； PDB构建体 75–95； UniProt 58–78 作者链 A； PDB构建体 138–296； UniProt 109–267 作者链 B； PDB构建体 19–41； UniProt 1–23 作者链 B； PDB构建体 75–95； UniProt 58–78 作者链 B； PDB构建体 138–296； UniProt 109–267 作者链 C； PDB构建体 19–41； UniProt 1–23 作者链 C； PDB构建体 75–95； UniProt 58–78 作者链 C； PDB构建体 138–296； UniProt 109–267 作者链 D； PDB构建体 19–41； UniProt 1–23 作者链 D； PDB构建体 75–95； UniProt 58–78 作者链 D； PDB构建体 138–296； UniProt 109–267

Chimera of bacterial Ion transport protein and human Sodium channel protein type 9 subunit alpha

Arcobacter butzleri, Homo sapiens

UniProt Q15858

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 4	1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 21 3-cyano-4-[2-[2-(1-ethylazetidin-3-yl)pyrazol-3-yl]-4-(trifluoromethyl)phenoxy]-~{N}-(1,2,4-thiadiazol-5-yl)benzenesulfonamide × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SCN9A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 42–74； UniProt 1527–1559 作者链 A； PDB构建体 96–137； UniProt 1581–1622 作者链 B； PDB构建体 42–74； UniProt 1527–1559 作者链 B； PDB构建体 96–137； UniProt 1581–1622 作者链 C； PDB构建体 42–74； UniProt 1527–1559 作者链 C； PDB构建体 96–137； UniProt 1581–1622 作者链 D； PDB构建体 42–74； UniProt 1527–1559 作者链 D； PDB构建体 96–137； UniProt 1581–1622

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ek0
沉积日期 deposition_date	2015-11-03
结构标题 title	Human Nav1.7-VSD4-NavAb in complex with GX-936.
关键词 keywords	membrane protein, ion channel, voltage-gated sodium channel, small molecule antagonist, METAL TRANSPORT; METAL TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ek0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ek0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ek0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.44 Å
Rg（电子密度）	34.55 Å
总 Rg	34.97 Å
原子数	8571
残基数	979
排除体积	159470 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5ek0__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chimera of bacterial Ion transport protein and human Sodium channel protein type 9 subunit alpha
分子量 formula_weight	34618.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	8571

MDYKDDDDKGSLVPRGSHMYLRITNIVESSFFTKFIIYLIVLNMVTMMVEKEGQSQHMTEVLYWINVVFIILFTIEIILRIYVHRISFFKDPWSLFDFVVVIISIVGMFLADLIETYFVSPTLFRVIRLARIGRILRLVTAVPQMRKIVSALISVIPGMLSVIALMTLFFYIFAIMATQLFGERFPEWFGTLGESFYTLFQVMTLESWSMGIVRPLMEVYPYAWVFFIPFIFVVTFVMINLVVAIIVDAMAILNQKEEQHIIDEVQSHEDNINNEIIKLREEIVELKELIKTSLKN

来源 Source

来源生物 organism	Arcobacter butzleri, Homo sapiens
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	678.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	21

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	3-cyano-4-[2-[2-(1-ethylazetidin-3-yl)pyrazol-3-yl]-4-(trifluoromethyl)phenoxy]-~{N}-(1,2,4-thiadiazol-5-yl)benzenesulfonamide
分子量 formula_weight	575.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5ek0A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 — Voltage-gated potassium channels. Chain C

结构域编号 domain_id	5ek0A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	5ek0B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 — Voltage-gated potassium channels. Chain C

结构域编号 domain_id	5ek0B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	5ek0C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 — Voltage-gated potassium channels. Chain C

结构域编号 domain_id	5ek0C02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	5ek0D01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 — Voltage-gated potassium channels. Chain C

结构域编号 domain_id	5ek0D02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

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晶胞边长 a length_a	169.420 Å
晶胞边长 b length_b	188.830 Å
晶胞边长 c length_c	171.130 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.530 Å
最低分辨率 resolution_low	26.590 Å
R 因子 r_factor	0.2442
R_work r_work	0.2427
R_free r_free	0.2719

Human Nav1.7-VSD4-NavAb in complex with GX-936.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chimera of bacterial Ion transport protein and human Sodium channel protein type 9 subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Chimera of bacterial Ion transport protein and human Sodium channel protein type 9 subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ek0__assembly_1__model_1

5ek0__assembly_1__model_1 | I(q)

5ek0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Human Nav1.7-VSD4-NavAb in complex with GX-936.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chimera of bacterial Ion transport protein and human Sodium channel protein type 9 subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Chimera of bacterial Ion transport protein and human Sodium channel protein type 9 subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ek0__assembly_1__model_1

5ek0__assembly_1__model_1 | I(q)

5ek0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)