5eod

Human Plasma Coagulation FXI with peptide LP2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 82.4 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coagulation factor XI

Homo sapiens

UniProt P03951

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 20–625 未记录 LP2 × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293.15 K;0.1M HEPES pH7.5, 20% PEG1500, 分辨率 3.10 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 113 个其他 PDB 条目、120 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FA11_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–606; UniProt 20–625

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5eod

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5eod
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5eod
沉积日期 deposition_date2015-11-10
结构标题 titleHuman Plasma Coagulation FXI with peptide LP2
关键词 keywordsHuman, plasma, Coagulation Factor XI, complex, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.46
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.53
零角强度 I(0) i076218700.00
分子量 molecular_weight67003.0 kDa
排除体积 excluded_volume83377 ų
包络体积 envelope_volume104530 ų
水化壳体积 shell_volume32502 ų
包络直径 envelope_diameter86.7
壳层 Rg shell_rg34.23
包络 Rg envelope_rg26.67
形状 Rg shape_rg26.53
总 Rg total_rg27.33
总原子数 total_atoms4698
残基数 n_residues592
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax82.4
Rg (实空间) rg_real27.32
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.48
I(0) (实空间) i0_real7.6220e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0450e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.36
I(0) (倒空间) i0_reciprocal76220000.0000
解质量估计 total_estimate0.9159
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.1
偏度 Skewness skewness0.132
峰度 Kurtosis kurtosis-0.624
角度范围 angular_range— – 0.2900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13540000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.980; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.965

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id5eodA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology4 — Hepatocyte Growth Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Hepatocyte Growth Factor
结构域编号 domain_id5eodA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology4 — Hepatocyte Growth Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Hepatocyte Growth Factor
结构域编号 domain_id5eodA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology4 — Hepatocyte Growth Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Hepatocyte Growth Factor
结构域编号 domain_id5eodA04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology4 — Hepatocyte Growth Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Hepatocyte Growth Factor
结构域编号 domain_id5eodA05
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)