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5f0q

Crystal structure of C-terminal domain of the human DNA primase large subunit with bound DNA template/RNA primer

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA primase large subunit

Homo sapiens

UniProt P49643

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 单体 蛋白 1 DNA 1 RNA 1 ;RNA (5'-R(P*GP*GP*CP*GP*GP*C)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*CP*AP*TP*A)-3') ; × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 3 与全部聚合物一致
2 其他组合 单体 蛋白 1 DNA 1 RNA 1 ;RNA (5'-R(P*GP*GP*CP*GP*GP*C)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*GP*CP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*CP*AP*TP*A)-3') ; × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 3 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
3q36 3q36 4bpu 4bpu 4bpw 4bpw

共 6 个 assembly

同源二聚体
3l9q 5dqo 5dqo 5i7m 6dhw 6dhw

共 6 个 assembly

同源四聚体
3l9q

共 1 个 assembly

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
4bpx 4bpx 4rr2 4rr2 5exr 5exr 5f0q 5f0q 5f0s 5f0s 7opl 7u5c

共 20 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRI2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–191； UniProt 266–456 作者链 B； PDB构建体 1–191； UniProt 266–456

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5f0q
沉积日期 deposition_date2015-11-28
结构标题 titleCrystal structure of C-terminal domain of the human DNA primase large subunit with bound DNA template/RNA primer
关键词 keywords;Tranferase-DNA-RNA complex, DNA primase, large subunit, iron-sulfur cluster, RNA, DNA, primer, template, triphosphate, initiation site ;; Tranferase/DNA/RNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5f0q__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5f0q__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5f0q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）19.48 Å
Rg（电子密度）18.38 Å
总 Rg19.19 Å
原子数1916
残基数204
排除体积32796 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5f0q__assembly_1__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 5f0q__assembly_2__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 引用文献 (1)