5fe3

Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment MB360 (fragment 4)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 59.7 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone acetyltransferase KAT2B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 715–831	片段：PCAF bromodomain, UNP Residues 715-831	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 5WX 4-methoxy-1,2-benzoxazol-3-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.12 Å R-free 0.237
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 715–831	片段：PCAF bromodomain, UNP Residues 715-831	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 5WX 4-methoxy-1,2-benzoxazol-3-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.12 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5FE3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CM0 CRYSTAL STRUCTURE OF THE PCAF/COENZYME-A COMPLEX 提交 1999-05-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 491–658（168 aa）片段：HISTONE ACETYLTRANSFERASE DOMAIN	未记录	COA COENZYME A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；5MG/ML OF P/CAF WITH 2 M EXCESS COFACTOR, 100MM TRIS, 1.5 M LITHIUM SULFATE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.268
1CM0 CRYSTAL STRUCTURE OF THE PCAF/COENZYME-A COMPLEX 提交 1999-05-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 491–658（168 aa）片段：HISTONE ACETYLTRANSFERASE DOMAIN	未记录	COA COENZYME A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；5MG/ML OF P/CAF WITH 2 M EXCESS COFACTOR, 100MM TRIS, 1.5 M LITHIUM SULFATE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.268
1JM4 NMR Structure of P/CAF Bromodomain in Complex with HIV-1 Tat Peptide 提交 2001-07-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 448–561（114 aa）片段：Bromodomain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM；压力 Ambient NMR样品组成 0.5 mM Bromodomain (U-15N)/Tat Peptide; 100 mM Phosphate Buffer of pH 6.5, 5 mM Perdeuterated DTT and 0.5 mM EDTA \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5 mM Bromodomain (U-13C,15N)/Tat Peptide; 100 mM Phosphate Buffer of pH 6.5, 5 mM Perdeuterated DTT and 0.5 mM EDTA \| 99.5% D2O NMR样品组成 0.5 mM Bromodomain (U-13C,15N, 75%-2H)/Tat Peptide; 100 mM Phosphate Buffer of pH 6.5, 5 mM Perdeuterated DTT and 0.5 mM EDTA \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1N72 Structure and Ligand of a Histone Acetyltransferase Bromodomain 提交 2002-11-12	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 719–832（114 aa）片段：Bromodomain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 1 NMR样品组成 1mM Bromodomain, 100mM Sodium phosphate, 5mM DTT-d10, 0.5mM EDTA, pH 6.5 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1WUG complex structure of PCAF bromodomain with small chemical ligand NP1 提交 2004-12-07	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 719–832（114 aa）片段：BROMODOMAIN	未记录	NP1 N-(3-AMINOPROPYL)-4-METHYL-2-NITROBENZENAMINE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K NMR样品组成 0.5mM sample in 100mM phosphate buffer containing 5mM perdeuterated DTT \| 10% D2O	分辨率未提供
1WUM Complex structure of PCAF bromodomain with small chemical ligand NP2 提交 2004-12-08	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 719–832（114 aa）片段：BROMODOMAIN	未记录	NP2 N-(3-AMINOPROPYL)-2-NITROBENZENAMINE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K NMR样品组成 0.5mM sample in 100mM phosphate buffer containing 5mM perdeuterated DTT \| 10% D2O	分辨率未提供
1ZS5 Structure-based evaluation of selective and non-selective small molecules that block HIV-1 TAT and PCAF association 提交 2005-05-23	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 719–832（114 aa）片段：BROMODOMAIN	未记录	MIB (3E)-4-(1-METHYL-1H-INDOL-3-YL)BUT-3-EN-2-ONE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K NMR样品组成 0.5mM sample in 100mM phosphate buffer containing 5mM perdeuterated DTT, 10% D2O \| 10% D2O NMR样品组成 0.5mM sample in 100mM phosphate buffer containing 5mM perdeuterated DTT, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2RNW The Structural Basis for Site-Specific Lysine-Acetylated Histone Recognition by the Bromodomains of the Human Transcriptional Co-Activators PCAf and CBP 提交 2008-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 719–832（114 aa）片段：UNP residues 719-832	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2RNX The Structural Basis for Site-Specific Lysine-Acetylated Histone Recognition by the Bromodomains of the HUman Transcriptional Co-Activators PCAF and CBP 提交 2008-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 719–832（114 aa）片段：UNP residues 719-832	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] potassium phosphate, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3GG3 Crystal Structure of the Bromodomain of Human PCAF 提交 2009-02-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–831（117 aa）片段：UNP residues 715-831	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；277 K；20% PEG10K, 4% Ethylene Glycol, 0.1M HEPES pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.245
3GG3 Crystal Structure of the Bromodomain of Human PCAF 提交 2009-02-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 715–831（117 aa）片段：UNP residues 715-831	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；277 K；20% PEG10K, 4% Ethylene Glycol, 0.1M HEPES pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.245
4NSQ Crystal structure of PCAF 提交 2013-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 493–658（166 aa）片段：UNP Residues 493-658 链 D 493–658（166 aa）片段：UNP Residues 493-658	未记录	COA COENZYME A × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.4；298 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M HEPES pH7.4, 1.2M Ammonium Sulfate and 10mM Trimethylamine HCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.31 Å R-free 0.275
4NSQ Crystal structure of PCAF 提交 2013-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 493–658（166 aa）片段：UNP Residues 493-658 链 C 493–658（166 aa）片段：UNP Residues 493-658	未记录	COA COENZYME A × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.4；298 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M HEPES pH7.4, 1.2M Ammonium Sulfate and 10mM Trimethylamine HCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.31 Å R-free 0.275
5FDZ Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with compound BDOMB00091a (compound 14) 提交 2015-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP Residues 715-831 链 B 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP Residues 715-831	未记录	5X0 ~{N}-methyl-2-(oxan-4-yloxy)-5-(2-oxidanylidene-2-phenylazanyl-ethoxy)benzamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.40 Å R-free 0.244
5FE0 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with acetyllysine 提交 2015-12-16	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP residues 715-831	未记录	ALY N(6)-ACETYLLYSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
5FE0 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with acetyllysine 提交 2015-12-16	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP residues 715-831	未记录	ALY N(6)-ACETYLLYSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
5FE1 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment BR004 (fragment 1) 提交 2015-12-16	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP residues 715-831	未记录	12Q 1-METHYLQUINOLIN-2(1H)-ONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.22 Å R-free 0.241
5FE1 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment BR004 (fragment 1) 提交 2015-12-16	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP residues 715-831	未记录	12Q 1-METHYLQUINOLIN-2(1H)-ONE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.22 Å R-free 0.241
5FE2 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment BR013 (fragment 3) 提交 2015-12-16	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP Residues 715-831	未记录	5WV 2-methyl-3~{H}-isoindol-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.25 Å R-free 0.237
5FE2 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment BR013 (fragment 3) 提交 2015-12-16	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP Residues 715-831	未记录	5WV 2-methyl-3~{H}-isoindol-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.25 Å R-free 0.237
5FE4 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment MB364 (fragment 5) 提交 2015-12-16	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP Residues 715-831	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 5WY 2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.15 Å R-free 0.232
5FE4 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment MB364 (fragment 5) 提交 2015-12-16	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP Residues 715-831	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 5WY 2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.15 Å R-free 0.232
5FE5 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment MB093 (fragment 7) 提交 2015-12-16	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP Residues 715-831	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.12 Å R-free 0.251
5FE5 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment MB093 (fragment 7) 提交 2015-12-16	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP Residues 715-831	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 2QC 1-[4-(1,2,3-thiadiazol-4-yl)phenyl]methanamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.12 Å R-free 0.251
5FE6 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment ZB1916 (fragment 10) 提交 2015-12-16	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP Residues 715-831	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 5WZ (4-azanylpiperidin-1-yl)-cyclopropyl-methanone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 1.77 Å R-free 0.212
5FE6 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment ZB1916 (fragment 10) 提交 2015-12-16	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP Residues 715-831	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 1.77 Å R-free 0.212
5FE7 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment ZB2216 (fragment 11) 提交 2015-12-16	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP residues 715-831	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 5WU 1-(2-hydroxyethyl)-3-methyl-6,7-dihydro-5~{H}-indazol-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.08 Å R-free 0.213
5FE7 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment ZB2216 (fragment 11) 提交 2015-12-16	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP residues 715-831	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.08 Å R-free 0.213
5FE8 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with compound SL1126 (compound 12) 提交 2015-12-16	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP residues 715-831	未记录	5WT ~{N}-(1,4-dimethyl-2-oxidanylidene-quinolin-7-yl)ethanamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.10 Å R-free 0.233
5FE8 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with compound SL1126 (compound 12) 提交 2015-12-16	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP residues 715-831	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.10 Å R-free 0.233
5FE9 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with compound SL1122 (compound 13) 提交 2015-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 715–831（117 aa）片段：UNP residues 715-831 链 B 715–831（117 aa）片段：UNP residues 715-831	未记录	5WS ~{N}-(1,4-dimethyl-2-oxidanylidene-quinolin-7-yl)methanesulfonamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.35 Å R-free 0.258
5LVQ Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with compound-D (CPD-D), N-methyl-2-(tetrahydro-2H-pyran-4-yloxy)benzamide 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–831（117 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 2LX N-methyl-2-(tetrahydro-2H-pyran-4-yloxy)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.05 Å R-free 0.218
5LVQ Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with compound-D (CPD-D), N-methyl-2-(tetrahydro-2H-pyran-4-yloxy)benzamide 提交 2016-09-14	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 715–831（117 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.05 Å R-free 0.218
5LVR Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with compound-E (CPD-E) 提交 2016-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 715–831（117 aa）链 B 715–831（117 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 78Y 5-methyl-2-phenyl-1,2,3-triazole-4-carboxamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.05 Å R-free 0.204
5MKX 1.68A STRUCTURE PCAF BROMODOMAIN WITH 4-chloro-2-methyl-5-(methylamino)pyridazin-3(2H)-one 提交 2016-12-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–831（117 aa）	未记录	82I 4-chloranyl-2-methyl-5-(methylamino)pyridazin-3-one × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；Morpheus condition 37	分辨率 1.68 Å R-free 0.206
5MKX 1.68A STRUCTURE PCAF BROMODOMAIN WITH 4-chloro-2-methyl-5-(methylamino)pyridazin-3(2H)-one 提交 2016-12-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 715–831（117 aa）	未记录	82I 4-chloranyl-2-methyl-5-(methylamino)pyridazin-3-one × 1 BU1 1,4-BUTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；Morpheus condition 37	分辨率 1.68 Å R-free 0.206
6J3O Crystal structure of the human PCAF bromodomain in complex with compound 12 提交 2019-01-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–831（117 aa）	未记录	B4L 3-methyl-2-[[(3~{R})-1-methylpiperidin-3-yl]amino]-5~{H}-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100 mM HEPES pH 8.2, 26% PEG10000 (v/v), 4% glycol	分辨率 2.11 Å R-free 0.257
6J3O Crystal structure of the human PCAF bromodomain in complex with compound 12 提交 2019-01-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 715–831（117 aa）	未记录	B4L 3-methyl-2-[[(3~{R})-1-methylpiperidin-3-yl]amino]-5~{H}-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100 mM HEPES pH 8.2, 26% PEG10000 (v/v), 4% glycol	分辨率 2.11 Å R-free 0.257

共 24 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KAT2B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–119； UniProt 715–831 作者链 B； PDB构建体 3–119； UniProt 715–831

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5fe3
沉积日期 deposition_date	2015-12-16
结构标题 title	Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment MB360 (fragment 4)
关键词 keywords	;SIGNALING PROTEIN, bromodomain, Histone acetyltransferase KAT2B, histone, acetylation, acetyllysine, epigenetics, structural genomics consortium (SGC) ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.99 Å
零角强度 I(0) i0	11636400.00
分子量 molecular_weight	26552.0 kDa
排除体积 excluded_volume	33722 Å³
包络体积 envelope_volume	38987 Å³
水化壳体积 shell_volume	18114 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.6 Å
壳层 Rg shell_rg	24.11 Å
包络 Rg envelope_rg	18.19 Å
形状 Rg shape_rg	17.96 Å
总 Rg total_rg	19.06 Å
总原子数 total_atoms	1869
残基数 n_residues	218
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.7 Å
Rg (实空间) rg_real	19.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1640e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3700e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11640000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9040
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.183
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.458
角度范围 angular_range	— – 0.4150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3463000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone acetyltransferase KAT2B
分子量 formula_weight	14172.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2145

SMGKEKSKEPRDPDQLYSTLKSILQQVKSHQSAWPFMEPVKRTEAPGYYEVIRFPMDLKTMSERLKNRYYVSKKLFMADLQRVFTNCKEYNPPESEYYKCANILEKFFFSKIKEAGLID

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4-methoxy-1,2-benzoxazol-3-amine
分子量 formula_weight	164.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	256

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5fe3a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.2 — Bromodomain
家族 Family family	a.29.2.1 — Bromodomain

结构域编号 domain_id	d5fe3b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.2 — Bromodomain
家族 Family family	a.29.2.1 — Bromodomain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5fe3A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

结构域编号 domain_id	5fe3B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	99.721 Å
晶胞边长 b length_b	99.721 Å
晶胞边长 c length_c	100.742 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.120 Å
最低分辨率 resolution_low	28.790 Å
R 因子 r_factor	0.2000
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	0.2369

fit	/app/data/saxs_computation/fe/5fe3/5fe3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fe/5fe3/5fe3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fe/5fe3/5fe3.dat