5fen

Crystal structure of the Q108K:K40L:T53C mutant of human Cellular Retinol Binding Protein II in complex with All-trans-Retinal after 24 hours of incubation at 1.55 Angstrom Resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinol-binding protein 2

Homo sapiens

UniProt P50120

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–134 突变:Q108K, K40L, T53C RET RETINAL × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.5;298 K;30% PEG4000, 0.1M Ammonium Acetate, 0.1 M Sodium Acetate pH 4.5 分辨率 1.55 Å R-free 0.241
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–134 突变:Q108K, K40L, T53C RET RETINAL × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4.5;298 K;30% PEG4000, 0.1M Ammonium Acetate, 0.1 M Sodium Acetate pH 4.5 分辨率 1.55 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 101 个其他 PDB 条目、199 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RET2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–133; UniProt 2–134 作者链 B; PDB构建体 1–133; UniProt 2–134

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5fen

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5fen
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5fen
沉积日期 deposition_date2015-12-17
结构标题 titleCrystal structure of the Q108K:K40L:T53C mutant of human Cellular Retinol Binding Protein II in complex with All-trans-Retinal after 24 hours of incubation at 1.55 Angstrom Resolution
关键词 keywordsall-trans retinal, retinal light absorbing pigment, wavelength regulation, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.83
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.93
零角强度 I(0) i017608400.00
分子量 molecular_weight31730.0 kDa
排除体积 excluded_volume39698 ų
包络体积 envelope_volume46712 ų
水化壳体积 shell_volume19421 ų
包络直径 envelope_diameter71.1
壳层 Rg shell_rg26.38
包络 Rg envelope_rg21.05
形状 Rg shape_rg20.95
总 Rg total_rg21.60
总原子数 total_atoms2233
残基数 n_residues266
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.0
Rg (实空间) rg_real21.89
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.38
I(0) (实空间) i0_real1.7610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0270e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.88
I(0) (倒空间) i0_reciprocal17610000.0000
解质量估计 total_estimate0.8835
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.3
偏度 Skewness skewness0.414
峰度 Kurtosis kurtosis-0.379
角度范围 angular_range— – 0.3650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3938000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.846; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.985

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5fena_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like
结构域编号 domain_idd5fenb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5fenA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Calycin beta-barrel core domain
结构域编号 domain_id5fenB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Calycin beta-barrel core domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)