5fhx

CRYSTAL STRUCTURE OF CODV IN COMPLEX WITH IL4 AT 2.55 Ang. RESOLUTION.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 124.2 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-4

Homo sapiens

UniProt P05112

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 30–153 未记录 antibody fragment heavy-chain × 1 Antibody fragment light chain × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;292 K;PEG 3350 20%, K-Acetate 0.20M 分辨率 2.55 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IL4_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–124; UniProt 30–153

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5fhx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5fhx
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5fhx
沉积日期 deposition_date2015-12-22
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF CODV IN COMPLEX WITH IL4 AT 2.55 Ang. RESOLUTION.
关键词 keywordscross-over dual variable immunoglobulin multifunctional biotherapeutic drug, CODV, immune system; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.04
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.80
零角强度 I(0) i0123425000.00
分子量 molecular_weight87234.0 kDa
排除体积 excluded_volume108540 ų
包络体积 envelope_volume151350 ų
水化壳体积 shell_volume37276 ų
包络直径 envelope_diameter127.1
壳层 Rg shell_rg39.78
包络 Rg envelope_rg35.18
形状 Rg shape_rg35.75
总 Rg total_rg36.26
总原子数 total_atoms6135
残基数 n_residues796
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax124.2
Rg (实空间) rg_real36.14
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.31
I(0) (实空间) i0_real1.2340e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.08
I(0) (倒空间) i0_reciprocal123400000.0000
解质量估计 total_estimate0.6508
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary50.8
偏度 Skewness skewness0.354
峰度 Kurtosis kurtosis-0.286
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14710000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.817; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.101; Positv: 1.000; Valcen: 0.899; Smooth: 0.805

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd5fhxa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamilya.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family familya.26.1.2 — Short-chain cytokines
结构域编号 domain_idd5fhxl1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5fhxl2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5fhxl3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id5fhxA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id5fhxH03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5fhxL01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5fhxL02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5fhxL03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)