SAXSdb — 5fkw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA POLYMERASE III ALPHA

ESCHERICHIA COLI K-12

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA POLYMERASE III BETA × 2 （P0A988） DNA POLYMERASE III EPSILON × 1 （P03007） PRIMER-TEMPLATE DUPLEX DNA × 1 PRIMER-TEMPLATE DUPLEX DNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPO3A_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1160； UniProt 1–1160

DNA POLYMERASE III BETA

ESCHERICHIA COLI K-12

UniProt P0A988

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA POLYMERASE III ALPHA × 1 （P10443） DNA POLYMERASE III EPSILON × 1 （P03007） PRIMER-TEMPLATE DUPLEX DNA × 1 PRIMER-TEMPLATE DUPLEX DNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPO3B_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–366； UniProt 1–366 作者链 C； PDB构建体 1–366； UniProt 1–366

DNA POLYMERASE III EPSILON

ESCHERICHIA COLI K-12

UniProt P03007

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA POLYMERASE III ALPHA × 1 （P10443） DNA POLYMERASE III BETA × 2 （P0A988） PRIMER-TEMPLATE DUPLEX DNA × 1 PRIMER-TEMPLATE DUPLEX DNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPO3E_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–243； UniProt 1–243

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5fkw
沉积日期 deposition_date	2015-10-20
结构标题 title	cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase complex bound to DNA (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon)
关键词 keywords	TRANSFERASE, DNA REPLICATION, DNA POLYMERASE III ALPHA, DNA POLYMERASE III BETA, DNA POLYMERASE III EPSILON; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5fkw__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5fkw__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5fkw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.79 Å
Rg（电子密度）	43.92 Å
总 Rg	44.09 Å
原子数	15726
残基数	1929
排除体积	276970 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5fkw__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA POLYMERASE III ALPHA
分子量 formula_weight	130088.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	15726

MSEPRFVHLRVHSDYSMIDGLAKTAPLVKKAAALGMPALAITDFTNLCGLVKFYGAGHGAGIKPIVGADFNVQCDLLGDELTHLTVLAANNTGYQNLTLLISKAYQRGYGAAGPIIDRDWLIELNEGLILLSGGRMGDVGRSLLRGNSALVDECVAFYEEHFPDRYFLELIRTGRPDEESYLHAAVELAEARGLPVVATNDVRFIDSSDFDAHEIRVAIHDGFTLDDPKRPRNYSPQQYMRSEEEMCELFADIPEALANTVEIAKRCNVTVRLGEYFLPQFPTGDMSTEDYLVKRAKEGLEERLAFLFPDEEERLKRRPEYDERLETELQVINQMGFPGYFLIVMEFIQWSKDNGVPVGPGRGSGAGSLVAYALKITDLDPLEFDLLFERFLNPERVSMPDFDVDFCMEKRDQVIEHVADMYGRDAVSQIITFGTMAAKAVIRDVGRVLGHPYGFVDRISKLIPPDPGMTLAKAFEAEPQLPEIYEADEEVKALIDMARKLEGVTRNAGKHAGGVVIAPTKITDFAPLYCDEEGKHPVTQFDKSDVEYAGLVKFDFLGLRTLTIINWALEMINKRRAKNGEPPLDIAAIPLDDKKSFDMLQRSETTAVFQLESRGMKDLIKRLQPDCFEDMIALVALFRPGPLQSGMVDNFIDRKHGREEISYPDVQWQHESLKPVLEPTYGIILYQEQVMQIAQVLSGYTLGGADMLRRAMGKKKPEEMAKQRSVFAEGAEKNGINAELAMKIFDLVEKFAGYGFNKSHSAAYALVSYQTLWLKAHYPAEFMAAVMTADMDNTEKVVGLVDECWRMGLKILPPDINSGLYHFHVNDDGEIVYGIGAIKGVGEGPIEAIIEARNKGGYFRELFDLCARTDTKKLNRRVLEKLIMSGAFDRLGPHRAALMNSLGDALKAADQHAKAEAIGQLDLFGVLAEEPEQIEQSYASCQPWPEQVVLDGERETLGLYLTGHPINQYLKEIERYVGGVRLKDMHPTERGKVITAAGLVVAARVMVTKRGNRIGICTLDDRSGRLEVMLFTDALDKYQQLLEKDRILIVSGQVSFDDFSGGLKMTAREVMDIDEAREKYARGLAISLTDRQIDDQLLNRLRQSLEPHRSGTIPVHLYYQRADARARLRFGATWRVSPSDRLLNDLRGLIGSEQVELEFD

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA POLYMERASE III BETA
分子量 formula_weight	40630.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

MKFTVEREHLLKPLQQVSGPLGGRPTLPILGNLLLQVADGTLSLTGTDLEMEMVARVALVQPHEPGATTVPARKFFDICRGLPEGAEIAVQLEGERMLVRSGRSRFSLSTLPAADFPNLDDWQSEVEFTLPQATMKRLIEATQFSMAHQDVRYYLNGMLFETEGEELRTVATDGHRLAVCSMPIGQSLPSHSVIVPRKGVIELMRMLDGGDNPLRVQIGSNNIRAHVGDFIFTSKLVDGRFPDYRRVLPKNPDKHLEAGCDLLKQAFARAAILSNEKFRGVRLYVSENQLKITANNPEQEEAEEILDVTYSGAEMEIGFNVSYVLDVLNALKCENVRMMLTDSVSSVQIEDAASQSAAYVVMPMRL

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA POLYMERASE III EPSILON
分子量 formula_weight	27119.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MSTAITRQIVLDTETTGMNQIGAHYEGHKIIEIGAVEVVNRRLTGNNFHVYLKPDRLVDPEAFGVHGIADEFLLDKPTFAEVADEFMDYIRGAELVIHNAAFDIGFMDYEFSLLKRDIPKTNTFCKVTDSLAVARKMFPGKRNSLDALCARYEIDNSKRTLHGALLDAQILAEVYLAMTGGQLSLPLAMEGETQQQQGEATIQRIVRQASKLRVVFATDEEIAAHEARLDLVQKKGGSCLWRA

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	PRIMER-TEMPLATE DUPLEX DNA
分子量 formula_weight	7797.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

GGAGTAGTACTAGGACGAAGGACTC

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	PRIMER-TEMPLATE DUPLEX DNA
分子量 formula_weight	8796.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

TCAGGAGTCCTTCGTCCTAGTACTACTCC

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	7.300 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	7.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	40582

cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase complex bound to DNA (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA POLYMERASE III ALPHA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA POLYMERASE III BETA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA POLYMERASE III EPSILON

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5fkw__assembly_1__model_1

5fkw__assembly_1__model_1 | I(q)

5fkw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

cryo-EM structure of the E. coli replicative DNA polymerase complex bound to DNA (DNA polymerase III alpha, beta, epsilon)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA POLYMERASE III ALPHA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA POLYMERASE III BETA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA POLYMERASE III EPSILON

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5fkw__assembly_1__model_1

5fkw__assembly_1__model_1 | I(q)

5fkw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)