5fml

Crystal structure of the endonuclease from the PA subunit of influenza B virus bound to the PB2 subunit NLS peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 58.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PB2 SUBUNIT OF INFLUENZA B POLYMERASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 742–770	片段：NLS PEPTIDE RESIDUES 742-770	PA SUBUNIT OF INFLUENZA B POLYMERASE × 1 （Q5V8Z9） MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；0.1 M MES PH 6.5, 25% PEG6000	分辨率 1.70 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5FML	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4WRT Crystal structure of Influenza B polymerase with bound vRNA promoter (form FluB2) 提交 2014-10-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 C 1–770（770 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；281 K；1 M LiCl, 10% PEG 6000 and 0.1 M bicine pH 9.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.211
4WSA Crystal structure of Influenza B polymerase bound to the vRNA promoter (FluB1 form) 提交 2014-10-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 C 1–770（770 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；281 K；FluB polymerase was concentrated to 9 mg per ml (37 microM) in a buffer containing 500 mM NaCl, 50 mM Hepes pH 7.5, 5% glycerol and 2mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP), and mixed with 40 microM vRNA for crystallization in hanging drops at 4 C. A trigonal crystal form (FluB1) was obtained by mixing polymerase with nucleotides 5-18 of the 3 prime end and 1-14 of the 5 prime end of the vRNA in a condition containing 0.1 M bicine pH 9.0, 10% MPD.	分辨率 3.40 Å R-free 0.265
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–770（770 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD	分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 G 1–770（770 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD	分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 K 1–770（770 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD	分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 O 1–770（770 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD	分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 S 1–770（770 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD	分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 W 1–770（770 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD	分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5FMZ Crystal structure of Influenza B polymerase with bound 5' vRNA 提交 2015-11-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 F 1–770（770 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M KCL, 10 MM MGCL2, 50 MM TRIS-HCL PH 8.5 AND 30% PEG400	分辨率 3.40 Å R-free 0.277
5FMZ Crystal structure of Influenza B polymerase with bound 5' vRNA 提交 2015-11-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–770（770 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M KCL, 10 MM MGCL2, 50 MM TRIS-HCL PH 8.5 AND 30% PEG400	分辨率 3.40 Å R-free 0.277
5M3J Influenza B polymerase bound to four heptad repeats of serine 5 phosphorylated Pol II CTD 提交 2016-10-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 C 1–770（770 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277 K；FluB polymerase in a buffer containing 500 mM NaCl, 50 mM Hepes pH 7.5, 5% glycerol and 2mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP) was mixed with 5' and 3' ends of vRNA promoter and CTD peptide. Reservoir solution contained 0.1 M bicine pH 9.0, 10% MPD.	分辨率 3.50 Å R-free 0.268
5MSG Influenza B polymerase bound to vRNA promoter and capped RNA primer 提交 2017-01-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 C 1–770（770 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；35 microM of FluB polymerase was mixed with 40 microM of the vRNA promoter and 40 microM 13-mer capped RNA primer in a buffer containing 500 mM NaCl, 50 mM HEPES pH 7.5, 5% glycerol and 2 mM TCEP. The best diffracting crystals appeared in 100 mM sodium acetate pH 3.8 - 4.0 and 150 mM di-ammonium phosphate	分辨率 3.80 Å R-free 0.267
6EUX Structure of the midlink and cap-binding domains of influenza B polymerase PB2 subunit with a bound azaindazole cap-binding inhibitor 提交 2017-10-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 249–540（292 aa）片段：cap-midlink double domain (residues 249-540)	未记录	BYB (2~{S},3~{S})-3-[[5-fluoranyl-2-(5-fluoranyl-1~{H}-pyrazolo[3,4-b]pyridin-3-yl)pyrimidin-4-yl]amino]bicyclo[2.2.2]octane-2-carboxylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；Crystals were obtained by mixing FluB double domain at 15 mg/ml in 50 mM Tris pH 7.5 and 10% glycerol and 5 mM of VX-787 with 0.1 M PTCP and 25% PEG1500.	分辨率 2.05 Å R-free 0.254
6F5O A mechanism for the activation of the influenza virus transcriptase 提交 2017-12-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 C 1–770（770 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.80 Å
6QCS Influenza B polymerase pre-initiation complex 提交 2018-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 C 1–770（770 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
6QCT Influenza B polymerase elongation complex 提交 2018-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 C 1–770（770 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
6QCV Crystal structure of influenza B polymerase initiation state with capped 14-mer RNA primer and CTP 提交 2018-12-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 C 1–770（770 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；277 K；Influenza B polymerase at 9 mg per ml in was mixed with 40 microM vRNA 5 prime end 14-mer, 40 microM vRNA 3 prime end 21-mer and 80 microM 14-mer capped RNA. The mother liquor contained 200 mM di-ammonium phosphate and 100 mM sodium acetate between pH 4.0 and 4.4. CTP was soaked for 18 hours into grown crystals at a final concentration of 5 mM in the drop.	分辨率 3.24 Å R-free 0.234
6QCW Crystal structure of influenza B polymerase initiation state with capped 14-mer RNA primer 提交 2018-12-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 C 1–770（770 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；277 K；Influenza B polymerase at 9 mg per ml in was mixed with 40 microM vRNA 5 prime end 14-mer, 40 microM vRNA 3 prime end 21-mer and 80 microM 14-mer capped RNA. The mother liquor contained 200 mM di-ammonium phosphate and 100 mM sodium acetate between pH 4.0 and 4.4.	分辨率 2.88 Å R-free 0.234
6QCX Crystal structure of influenza B polymerase initiation state with capped 15-mer RNA primer 提交 2018-12-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 C 1–770（770 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；277 K；Influenza B polymerase at 9 mg per ml in was mixed with 40 microM vRNA 5 prime end 14-mer, 40 microM vRNA 3 prime end 21-mer and 80 microM 15-mer capped RNA. The mother liquor contained 200 mM di-ammonium phosphate and 100 mM sodium acetate between pH 4.0 and 4.4.	分辨率 3.08 Å R-free 0.226
7R1F Early transcription elongation state of influenza B polymerase backtracked due to double incoproation of nucleotide analogue T1106 提交 2022-02-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 C 1–770（770 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.58 Å
7Z42 Influenza B polymerase with Pol II pSer5 CTD peptide mimic bound in site 2B 提交 2022-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric	链 C 1–770（770 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；FluPolB PA mutant K135A at 9 mg per ml was mixed with 40 microM of nucleotides 1-13 vRNA 5prime end, 5-pAGUAGUAACAAGA-3, and 1.8 mM 28-mer CTD peptide, YSPTpSPS x 4 in a buffer containing 50 mM HEPES pH 7.5, 500 mM NaCl, 5% glycerol, 2 mM TCEP. Hanging drops for crystallization were set up at 20 C.	分辨率 2.42 Å R-free 0.257
7Z42 Influenza B polymerase with Pol II pSer5 CTD peptide mimic bound in site 2B 提交 2022-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric	链 F 1–770（770 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；FluPolB PA mutant K135A at 9 mg per ml was mixed with 40 microM of nucleotides 1-13 vRNA 5prime end, 5-pAGUAGUAACAAGA-3, and 1.8 mM 28-mer CTD peptide, YSPTpSPS x 4 in a buffer containing 50 mM HEPES pH 7.5, 500 mM NaCl, 5% glycerol, 2 mM TCEP. Hanging drops for crystallization were set up at 20 C.	分辨率 2.42 Å R-free 0.257
7Z43 Influenza B polymerase with Pol II pSer5 CTD peptide mimic bound in site 1B and 2B 提交 2022-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric	链 CCC 1–770（770 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 IC5 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；277 K；200 mM di-ammonium phosphate, and 100 mM sodium acetate at pH 4.4	分辨率 3.12 Å R-free 0.272
8BDR Early transcription elongation state of influenza B/Mem polymerase backtracked due to double incoproation of nucleotide analogue T1106 and with singly incoporated T1106 at the U +1 position 提交 2022-10-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 C 1–770（770 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8BE0 Early transcription elongation state of influenza B/Mem polymerase backtracked due to double incoproation of nucleotide analogue T1106 and with singly incoporated T1106 at the C +1 position 提交 2022-10-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 C 1–770（770 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.34 Å
8BF5 Early transcription elongation state of influenza A/H7N9 polymerase stalled with incoming GTP analogue 提交 2022-10-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 C 1–770（770 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.96 Å
8RN1 Influenza B polymerase, monomeric encapsidase with 5' cRNA hook bound 提交 2024-01-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–770（770 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.64 Å
8RN2 Monomeric apo-influenza B polymerase, encapsidase conformation 提交 2024-01-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–770（770 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.89 Å
8RN3 Pseudo-symmetrical influenza B polymerase apo-dimer, encapsidase moiety (from "Influenza B polymerase pseudo-symmetrical dimer" \| Local refinement) 提交 2024-01-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–770（770 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.78 Å
8RN4 Pseudo-symmetrical influenza B polymerase apo-dimer, ENDO(T) moiety (from "Influenza B polymerase pseudo-symmetrical dimer" \| Local refinement) 提交 2024-01-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–770（770 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
8RN5 Pseudo-symmetrical influenza B polymerase apo-dimer, ENDO(R) moiety (from "Influenza B polymerase pseudo-symmetrical dimer" \| Local refinement) 提交 2024-01-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–770（770 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.88 Å
8RN6 Pseudo-symmetrical influenza B polymerase apo-dimer, ENDO(E) moiety (from "Influenza B polymerase pseudo-symmetrical dimer" \| Local refinement) 提交 2024-01-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–770（770 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.82 Å
8RN7 Pseudo-symmetrical influenza B polymerase apo-dimer, core-only moeity (from "Influenza B polymerase pseudo-symmetrical dimer" \| Local refinement) 提交 2024-01-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–770（770 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
8RN8 Influenza B polymerase pseudo-symmetrical apo-dimer (FluPol(E)\|FluPol(S)) 提交 2024-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–770（770 aa）链 F 1–770（770 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.92 Å
8RN9 Influenza B polymerase, replicase (from "Influenza B polymerase apo-trimer" \| Local refinement) 提交 2024-01-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–770（770 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.31 Å
8RNA Influenza B polymerase apo-trimer 提交 2024-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 C 1–770（770 aa）链 F 1–770（770 aa）链 Z 1–770（770 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.57 Å
8RNB Influenza B polymerase, encapsidase plus 627(R) / human ANP32A (from "Influenza B polymerase apo-trimer" \| Local refinement) 提交 2024-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–770（770 aa）链 F 1–770（770 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.31 Å
8RNC Influenza B polymerase, replication complex, an asymmetric polymerase dimer bound to human ANP32A (from "Influenza B polymerase apo-trimer" \| Local refinement) 提交 2024-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–770（770 aa）链 F 1–770（770 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.52 Å

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UniProt名称	Q5V8X3_9INFB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–29； UniProt 742–770

PA SUBUNIT OF INFLUENZA B POLYMERASE

INFLUENZA B VIRUS

UniProt Q5V8Z9

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–197	片段：ENDONUCLEASE DOMAIN RESIDUES 1-197	PB2 SUBUNIT OF INFLUENZA B POLYMERASE × 1 （Q5V8X3） MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；0.1 M MES PH 6.5, 25% PEG6000	分辨率 1.70 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5FML	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4WRT Crystal structure of Influenza B polymerase with bound vRNA promoter (form FluB2) 提交 2014-10-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–726（726 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；281 K；1 M LiCl, 10% PEG 6000 and 0.1 M bicine pH 9.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.211
4WSA Crystal structure of Influenza B polymerase bound to the vRNA promoter (FluB1 form) 提交 2014-10-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–726（726 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；281 K；FluB polymerase was concentrated to 9 mg per ml (37 microM) in a buffer containing 500 mM NaCl, 50 mM Hepes pH 7.5, 5% glycerol and 2mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP), and mixed with 40 microM vRNA for crystallization in hanging drops at 4 C. A trigonal crystal form (FluB1) was obtained by mixing polymerase with nucleotides 5-18 of the 3 prime end and 1-14 of the 5 prime end of the vRNA in a condition containing 0.1 M bicine pH 9.0, 10% MPD.	分辨率 3.40 Å R-free 0.265
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–726（726 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD	分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–726（726 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD	分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 I 1–726（726 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD	分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 M 1–726（726 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD	分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 Q 1–726（726 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD	分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5EPI CRYSTAL STRUCTURE OF INFLUENZA B POLYMERASE WITH BOUND 5' CRNA EXHIBITS A NOVEL DOMAIN ARRANGEMENT 提交 2015-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 U 1–726（726 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；100 MM TRI SODIUM CITRATE PH 5.6, 10 OR 100 MM NACL AND 12% MPD	分辨率 4.10 Å R-free 0.287
5FMZ Crystal structure of Influenza B polymerase with bound 5' vRNA 提交 2015-11-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–726（726 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M KCL, 10 MM MGCL2, 50 MM TRIS-HCL PH 8.5 AND 30% PEG400	分辨率 3.40 Å R-free 0.277
5FMZ Crystal structure of Influenza B polymerase with bound 5' vRNA 提交 2015-11-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–726（726 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1 M KCL, 10 MM MGCL2, 50 MM TRIS-HCL PH 8.5 AND 30% PEG400	分辨率 3.40 Å R-free 0.277
5M3J Influenza B polymerase bound to four heptad repeats of serine 5 phosphorylated Pol II CTD 提交 2016-10-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–726（726 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277 K；FluB polymerase in a buffer containing 500 mM NaCl, 50 mM Hepes pH 7.5, 5% glycerol and 2mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine (TCEP) was mixed with 5' and 3' ends of vRNA promoter and CTD peptide. Reservoir solution contained 0.1 M bicine pH 9.0, 10% MPD.	分辨率 3.50 Å R-free 0.268
5MSG Influenza B polymerase bound to vRNA promoter and capped RNA primer 提交 2017-01-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 A 1–726（726 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；35 microM of FluB polymerase was mixed with 40 microM of the vRNA promoter and 40 microM 13-mer capped RNA primer in a buffer containing 500 mM NaCl, 50 mM HEPES pH 7.5, 5% glycerol and 2 mM TCEP. The best diffracting crystals appeared in 100 mM sodium acetate pH 3.8 - 4.0 and 150 mM di-ammonium phosphate	分辨率 3.80 Å R-free 0.267
6F5O A mechanism for the activation of the influenza virus transcriptase 提交 2017-12-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–726（726 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.80 Å
6FS8 Influenza B/Memphis/13/03 endonuclease with bound inhibitor, baloxavir acid (BXA) 提交 2018-02-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–197（197 aa）	未记录	E4Z Baloxavir acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；Protein, at 15-17 mg/ml, was incubated with 10-fold molar excess of BXA for 30 min at RT, mixtures were centrifuged at RT for 5 minutes at 12000 g, and soluble fraction was used for crystallization trials (final protein concentration 8-10 mg/ml). Mother liquor was 0.2 M NaCl, 0.1 M Na(CH3)2AsO2 pH 6.5, 2 M (NH4)2SO4	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
6FS8 Influenza B/Memphis/13/03 endonuclease with bound inhibitor, baloxavir acid (BXA) 提交 2018-02-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–197（197 aa）	未记录	E4Z Baloxavir acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；Protein, at 15-17 mg/ml, was incubated with 10-fold molar excess of BXA for 30 min at RT, mixtures were centrifuged at RT for 5 minutes at 12000 g, and soluble fraction was used for crystallization trials (final protein concentration 8-10 mg/ml). Mother liquor was 0.2 M NaCl, 0.1 M Na(CH3)2AsO2 pH 6.5, 2 M (NH4)2SO4	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
6FS9 Influenza B/Memphis/13/03 endonuclease with I38T mutation with bound inhibitor, baloxavir acid (BXA) 提交 2018-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–197（197 aa）	突变：I38T	MN MANGANESE (II) ION × 2 E4Z Baloxavir acid × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Protein, at 15-17 mg/ml, was incubated with 10-fold molar excess of BXA for 30 min at RT, mixtures were centrifuged at RT for 5 minutes at 12000 g, and soluble fraction was used for crystallization trials (final protein concentration 8-10 mg/ml). Mother liquor was 0.2 M CaCl2, 0.1 M MES pH 6.0, 20% (w/v) PEG6000	分辨率 2.28 Å R-free 0.235
6FSB Influenza B/Memphis/13/03 endonuclease with I38T mutation 提交 2018-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–197（197 aa）	突变：I38T	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Protein, at 15-17 mg/ml, was incubated with 10-fold molar excess of BXA for 30 min at RT, mixtures were centrifuged at RT for 5 minutes at 12000 g, and soluble fraction was used for crystallization trials (final protein concentration 8-10 mg/ml). Mother liquor was	分辨率 1.80 Å R-free 0.236
6FSB Influenza B/Memphis/13/03 endonuclease with I38T mutation 提交 2018-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–197（197 aa）	突变：I38T	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Protein, at 15-17 mg/ml, was incubated with 10-fold molar excess of BXA for 30 min at RT, mixtures were centrifuged at RT for 5 minutes at 12000 g, and soluble fraction was used for crystallization trials (final protein concentration 8-10 mg/ml). Mother liquor was	分辨率 1.80 Å R-free 0.236
6QCS Influenza B polymerase pre-initiation complex 提交 2018-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 A 1–726（726 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
6QCT Influenza B polymerase elongation complex 提交 2018-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 A 1–726（726 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
6QCV Crystal structure of influenza B polymerase initiation state with capped 14-mer RNA primer and CTP 提交 2018-12-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 A 1–726（726 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；277 K；Influenza B polymerase at 9 mg per ml in was mixed with 40 microM vRNA 5 prime end 14-mer, 40 microM vRNA 3 prime end 21-mer and 80 microM 14-mer capped RNA. The mother liquor contained 200 mM di-ammonium phosphate and 100 mM sodium acetate between pH 4.0 and 4.4. CTP was soaked for 18 hours into grown crystals at a final concentration of 5 mM in the drop.	分辨率 3.24 Å R-free 0.234
6QCW Crystal structure of influenza B polymerase initiation state with capped 14-mer RNA primer 提交 2018-12-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 A 1–726（726 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；277 K；Influenza B polymerase at 9 mg per ml in was mixed with 40 microM vRNA 5 prime end 14-mer, 40 microM vRNA 3 prime end 21-mer and 80 microM 14-mer capped RNA. The mother liquor contained 200 mM di-ammonium phosphate and 100 mM sodium acetate between pH 4.0 and 4.4.	分辨率 2.88 Å R-free 0.234
6QCX Crystal structure of influenza B polymerase initiation state with capped 15-mer RNA primer 提交 2018-12-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 A 1–726（726 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；277 K；Influenza B polymerase at 9 mg per ml in was mixed with 40 microM vRNA 5 prime end 14-mer, 40 microM vRNA 3 prime end 21-mer and 80 microM 15-mer capped RNA. The mother liquor contained 200 mM di-ammonium phosphate and 100 mM sodium acetate between pH 4.0 and 4.4.	分辨率 3.08 Å R-free 0.226
6T0W Human Influenza B polymerase recycling complex 提交 2019-10-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–726（726 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
7R1F Early transcription elongation state of influenza B polymerase backtracked due to double incoproation of nucleotide analogue T1106 提交 2022-02-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 A 1–726（726 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.58 Å
7Z42 Influenza B polymerase with Pol II pSer5 CTD peptide mimic bound in site 2B 提交 2022-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric	链 A 1–726（726 aa）	突变：K135A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；FluPolB PA mutant K135A at 9 mg per ml was mixed with 40 microM of nucleotides 1-13 vRNA 5prime end, 5-pAGUAGUAACAAGA-3, and 1.8 mM 28-mer CTD peptide, YSPTpSPS x 4 in a buffer containing 50 mM HEPES pH 7.5, 500 mM NaCl, 5% glycerol, 2 mM TCEP. Hanging drops for crystallization were set up at 20 C.	分辨率 2.42 Å R-free 0.257
7Z42 Influenza B polymerase with Pol II pSer5 CTD peptide mimic bound in site 2B 提交 2022-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric	链 D 1–726（726 aa）	突变：K135A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；FluPolB PA mutant K135A at 9 mg per ml was mixed with 40 microM of nucleotides 1-13 vRNA 5prime end, 5-pAGUAGUAACAAGA-3, and 1.8 mM 28-mer CTD peptide, YSPTpSPS x 4 in a buffer containing 50 mM HEPES pH 7.5, 500 mM NaCl, 5% glycerol, 2 mM TCEP. Hanging drops for crystallization were set up at 20 C.	分辨率 2.42 Å R-free 0.257
7Z43 Influenza B polymerase with Pol II pSer5 CTD peptide mimic bound in site 1B and 2B 提交 2022-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric	链 AAA 1–726（726 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 IC5 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphono hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；277 K；200 mM di-ammonium phosphate, and 100 mM sodium acetate at pH 4.4	分辨率 3.12 Å R-free 0.272
8BDR Early transcription elongation state of influenza B/Mem polymerase backtracked due to double incoproation of nucleotide analogue T1106 and with singly incoporated T1106 at the U +1 position 提交 2022-10-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 A 1–726（726 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8BE0 Early transcription elongation state of influenza B/Mem polymerase backtracked due to double incoproation of nucleotide analogue T1106 and with singly incoporated T1106 at the C +1 position 提交 2022-10-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 A 1–726（726 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.34 Å
8BF5 Early transcription elongation state of influenza A/H7N9 polymerase stalled with incoming GTP analogue 提交 2022-10-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：hexameric	链 A 1–726（726 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 G2P PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.96 Å
8RN1 Influenza B polymerase, monomeric encapsidase with 5' cRNA hook bound 提交 2024-01-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–726（726 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.64 Å
8RN2 Monomeric apo-influenza B polymerase, encapsidase conformation 提交 2024-01-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–726（726 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.89 Å
8RN3 Pseudo-symmetrical influenza B polymerase apo-dimer, encapsidase moiety (from "Influenza B polymerase pseudo-symmetrical dimer" \| Local refinement) 提交 2024-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–726（726 aa）链 D 1–726（726 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.78 Å
8RN4 Pseudo-symmetrical influenza B polymerase apo-dimer, ENDO(T) moiety (from "Influenza B polymerase pseudo-symmetrical dimer" \| Local refinement) 提交 2024-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–726（726 aa）链 D 1–726（726 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
8RN5 Pseudo-symmetrical influenza B polymerase apo-dimer, ENDO(R) moiety (from "Influenza B polymerase pseudo-symmetrical dimer" \| Local refinement) 提交 2024-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–726（726 aa）链 E 1–726（726 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.88 Å
8RN6 Pseudo-symmetrical influenza B polymerase apo-dimer, ENDO(E) moiety (from "Influenza B polymerase pseudo-symmetrical dimer" \| Local refinement) 提交 2024-01-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–726（726 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.82 Å
8RN7 Pseudo-symmetrical influenza B polymerase apo-dimer, core-only moeity (from "Influenza B polymerase pseudo-symmetrical dimer" \| Local refinement) 提交 2024-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–726（726 aa）链 E 1–726（726 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
8RN8 Influenza B polymerase pseudo-symmetrical apo-dimer (FluPol(E)\|FluPol(S)) 提交 2024-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–726（726 aa）链 D 1–726（726 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.92 Å
8RN9 Influenza B polymerase, replicase (from "Influenza B polymerase apo-trimer" \| Local refinement) 提交 2024-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–726（726 aa）链 E 1–726（726 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.31 Å
8RNA Influenza B polymerase apo-trimer 提交 2024-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–726（726 aa）链 D 1–726（726 aa）链 X 1–726（726 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.57 Å
8RNB Influenza B polymerase, encapsidase plus 627(R) / human ANP32A (from "Influenza B polymerase apo-trimer" \| Local refinement) 提交 2024-01-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–726（726 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.31 Å
8RNC Influenza B polymerase, replication complex, an asymmetric polymerase dimer bound to human ANP32A (from "Influenza B polymerase apo-trimer" \| Local refinement) 提交 2024-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–726（726 aa）链 D 1–726（726 aa）链 X 1–726（726 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.52 Å

共 34 个其他 PDB 条目、43 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5V8Z9_9INFB
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 6–202； UniProt 1–197

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5fml
沉积日期 deposition_date	2015-11-06
结构标题 title	Crystal structure of the endonuclease from the PA subunit of influenza B virus bound to the PB2 subunit NLS peptide
关键词 keywords	VIRAL PROTEIN, ENDONUCLEASE; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.09 Å
零角强度 I(0) i0	11486100.00
分子量 molecular_weight	24982.0 kDa
排除体积 excluded_volume	31222 Å³
包络体积 envelope_volume	36147 Å³
水化壳体积 shell_volume	17559 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.8 Å
壳层 Rg shell_rg	23.33 Å
包络 Rg envelope_rg	17.39 Å
形状 Rg shape_rg	17.09 Å
总 Rg total_rg	18.12 Å
总原子数 total_atoms	1749
残基数 n_residues	215
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.7 Å
Rg (实空间) rg_real	18.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1490e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2560e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11490000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8854
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.171
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.358
角度范围 angular_range	— – 0.4350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3141000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.850; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.964

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PB2 SUBUNIT OF INFLUENZA B POLYMERASE
分子量 formula_weight	3318.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1918

KRYSALSNDISQGIKRQRMTVESMGWALS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PA SUBUNIT OF INFLUENZA B POLYMERASE
分子量 formula_weight	23333.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGSMAMDTFITRNFQTTIIQKAKNTMAEFSEDPELQPAMLFNICVHLEVCYVISDMNFLDEEGKSYTALEGQGKEQNLRPQYEVIEGMPRTIAWMVQRSLAQEHGIETPKYLADLFDYKTKRFIEVGITKGLADDYFWKKKEKLGNSMELMIFSYNQDYSLSNESSLDEEGKGRVLSRLTELQAELSLKNLWQVLIGEEDVE

来源 Source

来源生物 organism	INFLUENZA B VIRUS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11520
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	101

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	35.380 Å
晶胞边长 b length_b	80.850 Å
晶胞边长 c length_c	37.910 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.15 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	40.420 Å
R 因子 r_factor	0.2268
R_work r_work	0.2243
R_free r_free	0.2756

fit	/app/data/saxs_computation/fm/5fml/5fml.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fm/5fml/5fml.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fm/5fml/5fml.dat

Crystal structure of the endonuclease from the PA subunit of influenza B virus bound to the PB2 subunit NLS peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PB2 SUBUNIT OF INFLUENZA B POLYMERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PA SUBUNIT OF INFLUENZA B POLYMERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)