5fq8

Crystal structure of the SusCD complex BT2261-2264 from Bacteroides thetaiotaomicron

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PUTATIVE LIPOPROTEIN

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	OUTER MEMBRANE PROTEIN OMP121 × 2 （Q8A5H5） UNCHARACTERIZED PROTEIN × 2 （Q8A5H8） BT_2262 (UNCHARACTERISED LIPOPROTEIN) × 1 （Q8A5H7） UNCHARACTERISED PROTEIN, BOUND PEPTIDE × 1 UNCHARACTERISED PROTEIN, BOUND PEPTIDE × 1 MAGNESIUM ION × 4 3-decanoyloxypropyl decanoate × 2 CALCIUM ION × 4 (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 4 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8A5H6_BACTN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–480； UniProt 19–498 作者链 C； PDB构建体 1–480； UniProt 19–498

OUTER MEMBRANE PROTEIN OMP121

物种未注明

UniProt Q8A5H5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	PUTATIVE LIPOPROTEIN × 2 （Q8A5H6） UNCHARACTERIZED PROTEIN × 2 （Q8A5H8） BT_2262 (UNCHARACTERISED LIPOPROTEIN) × 1 （Q8A5H7） UNCHARACTERISED PROTEIN, BOUND PEPTIDE × 1 UNCHARACTERISED PROTEIN, BOUND PEPTIDE × 1 MAGNESIUM ION × 4 3-decanoyloxypropyl decanoate × 2 CALCIUM ION × 4 (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 4 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8A5H5_BACTN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–984； UniProt 1–984 作者链 D； PDB构建体 1–984； UniProt 1–984

UNCHARACTERIZED PROTEIN

物种未注明

UniProt Q8A5H8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	PUTATIVE LIPOPROTEIN × 2 （Q8A5H6） OUTER MEMBRANE PROTEIN OMP121 × 2 （Q8A5H5） BT_2262 (UNCHARACTERISED LIPOPROTEIN) × 1 （Q8A5H7） UNCHARACTERISED PROTEIN, BOUND PEPTIDE × 1 UNCHARACTERISED PROTEIN, BOUND PEPTIDE × 1 MAGNESIUM ION × 4 3-decanoyloxypropyl decanoate × 2 CALCIUM ION × 4 (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 4 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8A5H8_BACTN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–148； UniProt 19–166 作者链 F； PDB构建体 1–148； UniProt 19–166

BT_2262 (UNCHARACTERISED LIPOPROTEIN)

物种未注明

UniProt Q8A5H7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	PUTATIVE LIPOPROTEIN × 2 （Q8A5H6） OUTER MEMBRANE PROTEIN OMP121 × 2 （Q8A5H5） UNCHARACTERIZED PROTEIN × 2 （Q8A5H8） UNCHARACTERISED PROTEIN, BOUND PEPTIDE × 1 UNCHARACTERISED PROTEIN, BOUND PEPTIDE × 1 MAGNESIUM ION × 4 3-decanoyloxypropyl decanoate × 2 CALCIUM ION × 4 (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE × 4 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8A5H7_BACTN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–212； UniProt 19–230

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5fq8
沉积日期 deposition_date	2015-12-07
结构标题 title	Crystal structure of the SusCD complex BT2261-2264 from Bacteroides thetaiotaomicron
关键词 keywords	MEMBRANE PROTEIN, OUTER MEMBRANE NUTRIENT IMPORTER SUSCD COMPLEX; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5fq8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5fq8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5fq8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	48.38 Å
Rg（电子密度）	48.50 Å
总 Rg	48.72 Å
原子数	26287
残基数	3367
排除体积	464040 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5fq8__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PUTATIVE LIPOPROTEIN
分子量 formula_weight	53145.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	27220

CDLNINDDPNYPMNDQVTADLIFPSISASIASAVGGEIYNYAGFFAQYYEQKPESNQYNTLCEYTFTESSQQMDYSYRILFAGALEDAKQVLEKTTNPADRFATTILRAYAFQIMVDNTSDSPYSEALQGNANATPKWDTGETVYKGILGEIDAAEAALDGSGMDVPDLIFNKNIAQWKGFANALRLRMYLRFIDANIDAASYTEKVKTLVQNNEFFTGDVKLDCFLDETDKRNPWYNTNAVGLTGNHCAAYPLVSYLSSTGDPRIAYGISKTDADGKYVGQLPGGKTHMQSILGTDNWKNKNVSAIDYSIGATKPVYFFTQAELQFLIAEVYARFHNDDANAKSAYEAGVTADFAVRGFAGQENTILEGACAWSAASTQADKLNLIYMQKWVSLFYMDHMEAWSEIRRTDCPKLSSYSAAQIQASESVYTPGELVAPWTNGLEAGGLMKRMTYPLSARQQNVNTPAGVPGSTPVWWDIK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	OUTER MEMBRANE PROTEIN OMP121
分子量 formula_weight	108954.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MQTQEVAIKPNLKVVLRSDAQQIDEVVVTAMGIKRSEKALGYAATSVGGEKIAESRTSDVMSSLAGKIAGVQISSTSSDPGASNSVIIRGVSSLSGTNQPLYVVDGVPLNNSTVYSTDGLNSGYDFGNGANAINPDDVANMTILKGAAATALYGSRAANGVVMITTKSGRKEKGVGIEYNGGVQWSTVLRLPEFQNEFGMGWNGNHTELENGSWGPRFDGSMQLWGNVYNNSQKLKPYVAMPDNIKDFFDAGFRYSNSLSFNGATDKSDYYVSFSQISDDGMIPTDADSYDKYTFSARGSHKAGALTFSSSLNYAYQKNNFATTGQGLSMLNSLYQTPRDISIIGLEDQNDPFNTPGYYYTPYGVMNPYYILNNYLNEYESERFYGKFQLDYEFLKYFKFTYRMGLDTTTGQSDKGKPNLYALYYEGTPNGEGQGSSSPFSGETGQYSEQITRRREINQDIMVNFNMPVNDFNINALVGFNGNERKVSYQYSEVNDLTIPTWFNLKNSGKTPIVEQHMELRRLMGVFGQFEGSWKNMLYLTVTARNDWSSTLPKENRSFFYPGITGSFIFSELLNDNLQDVITFGKIRASWGKTGNDADVYMVNPVYAQSSNRIPFGSLTFPLGGVNAYSAGNVLGSNTLSPEMTTESEVGLNMAFFKNRLSFDVSYYNRNTDKQIFSLAMDPASGYTAQNMNLGKIRNRGIELLISGTPIRTKDFSWELTWNFTKNWSKVISLPEELGGITTIYGLNGGTSMYAITGMPVGVFKAQVAERDPQGRIVVNSSTGLPVEASEFGICGDMNNKYQMGVSTNLKYKGISLGIDFDIRQGGVMYSRTKDINYFTGNAIQTAYNDRNPLIVPNSVNKIVNGENVTYVENTTPITSSNIYKYWGDGGSDMGSCFLVDKSYVKLRSVVLGWDLPKRWLAKTPFQAVKVSAYGNNLFVWTPSSNTFIDPEMTSFGNDLEGNYGEYTANPSSRRFGFNLMVKF

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	UNCHARACTERIZED PROTEIN
分子量 formula_weight	16429.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

CDNDTEPGGTAVEKMAGDWWVTVNAFIDGKEVEDPFGAGHLQMSTYNTASNSETEMWLDDLGNFWEYKLKVNVNYAARTFSTTGFVDNVTYESKVKITDGKVLEKAATTPSGMPADSIVYMVQFDDDEDGLTYKVSGFRRTGFPADDF

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	BT_2262 (UNCHARACTERISED LIPOPROTEIN)
分子量 formula_weight	23399.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

CDKSTDDTSKVTYFVTLEREGDEKIVLEKGQPFVEPGYYAEMNGEDITESVQIKGSVDVNTPGIYNLVYAAYNEDGFAKTFTRTVYVADNTASPLKSGIYTVAEGSKRTAPSVVAFSGYEIVIFQMEPGIFYISDFLGGWYDQRAGYGPDYAMVGKFELNDDNTITPLESYVAGWGDSMDQMTNTLLDPATGTLKWTVAYAGQLSFDIIVKQ

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	UNCHARACTERISED PROTEIN, BOUND PEPTIDE
分子量 formula_weight	588.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

GGGGGGGGGG

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	UNCHARACTERISED PROTEIN, BOUND PEPTIDE
分子量 formula_weight	531.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

GGGGGGGGG

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	3-decanoyloxypropyl decanoate
分子量 formula_weight	384.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	(HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE
分子量 formula_weight	306.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	928

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5fq8A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 —

结构域编号 domain_id	5fq8C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 —

结构域编号 domain_id	5fq8E00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 —

结构域编号 domain_id	5fq8F00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 —

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晶胞边长 a length_a	92.110 Å
晶胞边长 b length_b	122.743 Å
晶胞边长 c length_c	122.830 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	111.41 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.33 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	98.51 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	52.933 Å
R 因子 r_factor	0.2079
R_work r_work	0.2052
R_free r_free	0.2592

Crystal structure of the SusCD complex BT2261-2264 from Bacteroides thetaiotaomicron

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PUTATIVE LIPOPROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

OUTER MEMBRANE PROTEIN OMP121

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

UNCHARACTERIZED PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

BT_2262 (UNCHARACTERISED LIPOPROTEIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5fq8__assembly_1__model_1

5fq8__assembly_1__model_1 | I(q)

5fq8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)