5fr1

Double acetylated RhoGDI-alpha in complex with RhoA-GDP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRANSFORMING PROTEIN RHOA

HOMO SAPIENS

UniProt P61586

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–193 未记录 RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1 × 1 (P19803) GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 4.5;4 M SODIUM FORMATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5 分辨率 2.75 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 129 个其他 PDB 条目、165 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RHOA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–196; UniProt 1–193

RHO GDP-DISSOCIATION INHIBITOR 1

BOS TAURUS

UniProt P19803

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–204 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) TRANSFORMING PROTEIN RHOA × 1 (P61586) GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 4.5;4 M SODIUM FORMATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5 分辨率 2.75 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GDIR1_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 10–213; UniProt 1–204

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5fr1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5fr1
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5fr1
沉积日期 deposition_date2015-12-15
结构标题 titleDouble acetylated RhoGDI-alpha in complex with RhoA-GDP
关键词 keywords;SIGNALING PROTEIN, RAS-SUPERFAMILY, GUANINE-NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN, MOLECULAR SWITCH, ACTIN-CYTOSKELETON RHOGDI-ALPHA, NUCLEOTIDE DISSOCIATION, PRENYLATION, LYSINE-ACETYLATION ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.37
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.59
零角强度 I(0) i028573400.00
分子量 molecular_weight40759.0 kDa
排除体积 excluded_volume50985 ų
包络体积 envelope_volume62409 ų
水化壳体积 shell_volume22877 ų
包络直径 envelope_diameter88.5
壳层 Rg shell_rg29.79
包络 Rg envelope_rg24.01
形状 Rg shape_rg23.56
总 Rg total_rg24.44
总原子数 total_atoms5690
残基数 n_residues349
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.0
Rg (实空间) rg_real24.49
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.54
I(0) (实空间) i0_real2.8570e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.7630e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.46
I(0) (倒空间) i0_reciprocal28570000.0000
解质量估计 total_estimate0.8593
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.0
偏度 Skewness skewness0.478
峰度 Kurtosis kurtosis-0.217
角度范围 angular_range— – 0.3250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7971000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.777; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.850; Smooth: 0.988

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5fr1a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5fr1b_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.18 — E set domains
家族 Family familyb.1.18.8 — RhoGDI-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5fr1A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id5fr1B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Coagulation Factor XIII, subunit A, domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)