SAXSdb — 5fw9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SPECTRIN ALPHA CHAIN, NON-ERYTHROCYTIC 1

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 965–1025	片段：SH3 DOMAIN, RESIDUES 965-1025 突变：YES	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 1.55 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5FW9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2FOT Crystal structure of the complex between calmodulin and alphaII-spectrin 提交 2006-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1172–1211（40 aa）片段：Calmodulin binding domain	突变：L1211R	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；50mM Tris,pH 8.00, 30% PEG 8000, 0.1M ammonium-sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.45 Å R-free 0.269
3F31 Crystal Structure of the N-terminal region of AlphaII-spectrin Tetramerization Domain 提交 2008-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–147（147 aa）链 B 1–147（147 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；PEG8000:PEG1000 (1:2), 4% 1,4-butane-diol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.280
3F31 Crystal Structure of the N-terminal region of AlphaII-spectrin Tetramerization Domain 提交 2008-10-30	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–147（147 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；PEG8000:PEG1000 (1:2), 4% 1,4-butane-diol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.280
3F31 Crystal Structure of the N-terminal region of AlphaII-spectrin Tetramerization Domain 提交 2008-10-30	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–147（147 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；PEG8000:PEG1000 (1:2), 4% 1,4-butane-diol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.280
3FB2 Crystal structure of the human brain alpha spectrin repeats 15 and 16. Northeast Structural Genomics Consortium target HR5563a. 提交 2008-11-18	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1337–1544（208 aa）片段：Repeats 15 and 16	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 microbatch crystallization under oil；pH 5；277 K；12% PEG 20000, 0.1M magnesium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 5.0, microbatch crystallization under oil, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
3FB2 Crystal structure of the human brain alpha spectrin repeats 15 and 16. Northeast Structural Genomics Consortium target HR5563a. 提交 2008-11-18	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1337–1544（208 aa）片段：Repeats 15 and 16	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 microbatch crystallization under oil；pH 5；277 K；12% PEG 20000, 0.1M magnesium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 5.0, microbatch crystallization under oil, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
5FWB Human Spectrin SH3 domain D48G, E7F, K60F 提交 2016-02-12	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 965–1022（58 aa）片段：SH3, UNP RESIDUES 965-1025	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å R-free 0.236
5FWC Human Spectrin SH3 domain D48G, E7A, K60A 提交 2016-02-12	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 965–1022（58 aa）片段：SH3, RESIDUES 965-1022	突变：YES	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 NH4 AMMONIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.40 Å R-free 0.238
6ZEH Structure of PP1-spectrin alpha II chimera [PP1(7-304) + linker (G/S)x9 + spectrin alpha II (1025-1039)] bound to Phactr1 (516-580) 提交 2020-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1025–1039（15 aa）	突变：N-terminal Vector derived sequence GHMGS	MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2 M NaI and 0.1 M BIS-Tris propane pH 8.5	分辨率 1.30 Å R-free 0.169
6ZEH Structure of PP1-spectrin alpha II chimera [PP1(7-304) + linker (G/S)x9 + spectrin alpha II (1025-1039)] bound to Phactr1 (516-580) 提交 2020-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1025–1039（15 aa）	突变：N-terminal Vector derived sequence GHMGS	MN MANGANESE (II) ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.2 M NaI and 0.1 M BIS-Tris propane pH 8.5	分辨率 1.30 Å R-free 0.169

共 6 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPTN1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–62； UniProt 965–1025

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5fw9
沉积日期 deposition_date	2016-02-12
结构标题 title	Human Spectrin SH3 domain D48G, E7Y, K60Y
关键词 keywords	SPECTRIN, SPECTRIN SH3, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	11.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	10.42 Å
零角强度 I(0) i0	940981.00
分子量 molecular_weight	6682.0 kDa
排除体积 excluded_volume	8555 Å³
包络体积 envelope_volume	9256 Å³
水化壳体积 shell_volume	7747 Å³
包络直径 envelope_diameter	35.6 Å
壳层 Rg shell_rg	15.85 Å
包络 Rg envelope_rg	10.84 Å
形状 Rg shape_rg	10.38 Å
总 Rg total_rg	12.16 Å
总原子数 total_atoms	473
残基数 n_residues	57
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	38.7 Å
Rg (实空间) rg_real	11.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.4100e+05
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.6990e+03
Rg (倒空间) rg_reciprocal	11.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	941000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8718
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	15.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.163
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.218
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	298700.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.796; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.946

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d5fw9a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.2 — SH3-domain
家族 Family family	b.34.2.1 — SH3-domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5fw9A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — SH3 Domains

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	33.234 Å
晶胞边长 b length_b	42.005 Å
晶胞边长 c length_c	50.336 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	32.250 Å
R 因子 r_factor	0.2052
R_work r_work	0.2032
R_free r_free	0.2489

描述 description	SPECTRIN ALPHA CHAIN, NON-ERYTHROCYTIC 1
分子量 formula_weight	7239.3 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	545

Human Spectrin SH3 domain D48G, E7Y, K60Y

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SPECTRIN ALPHA CHAIN, NON-ERYTHROCYTIC 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	65

fit	/app/data/saxs_computation/fw/5fw9/5fw9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fw/5fw9/5fw9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fw/5fw9/5fw9.dat