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5fws

Wnt modulator Kremen crystal form I at 1.90A

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 65.1 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KREMEN PROTEIN 1

HOMO SAPIENS

UniProt Q96MU8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 29–373 片段：ECD, RESIDUES 29-373 SO4 SULFATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；2.0 M AMMONIUM SULFATE, 5 %V/V ISO-PROPANOL, pH 7.5 分辨率 1.90 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5FWS Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5FWT Wnt modulator Kremen crystal form I at 2.10A 提交 2016-02-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 29–373（345 aa） 片段：ECD, RESIDUES 1-473
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；1.000 M (NH4)H2PO4 0.100 M NA3CITRATE PH 5.6
分辨率 2.10 Å R-free 0.232
5FWU Wnt modulator Kremen crystal form II at 2.8A 提交 2016-02-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 29–373（345 aa） 片段：ECD, RESIDUES 29-373
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；0.1 M NA3CITRATE, 1.0 M MGSO4, FINAL PH 5.6
分辨率 2.80 Å R-free 0.307
5FWV Wnt modulator Kremen crystal form III at 3.2A 提交 2016-02-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 29–373（345 aa） 片段：ECD, RESIDUES 29-373
未记录 CL CHLORIDE ION × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M HEPES/MOPS 7.5 30 % P550MME_P20K DRIED OUT
分辨率 3.20 Å R-free 0.265
5FWW Wnt modulator Kremen in complex with DKK1 (CRD2) and LRP6 (PE3PE4) 提交 2016-02-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 30–322（293 aa） 片段：ECD, RESIDUES 30-322
未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；20 %W/V PEG3350 0.2 M NA/K-PHOSPHATE, pH 7.5
分辨率 3.50 Å R-free 0.355
6SNW Structure of Coxsackievirus A10 complexed with its receptor KREMEN1 提交 2019-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 300 PDB 声明：300-meric
链 E 23–375（353 aa）
未记录 SPH SPHINGOSINE × 60 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 120 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
9VFR Structure of mature Coxsackievirus A6 virion complexed with its receptor KREMEN1 提交 2025-06-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 300 PDB 声明：300-meric
链 G 30–322（293 aa）
未记录 STE STEARIC ACID × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 120 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.55 Å
9VFR Structure of mature Coxsackievirus A6 virion complexed with its receptor KREMEN1 提交 2025-06-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 G 30–322（293 aa）
未记录 STE STEARIC ACID × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.55 Å
9VFR Structure of mature Coxsackievirus A6 virion complexed with its receptor KREMEN1 提交 2025-06-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric
链 G 30–322（293 aa）
未记录 STE STEARIC ACID × 5 MYR MYRISTIC ACID × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.55 Å
9VFR Structure of mature Coxsackievirus A6 virion complexed with its receptor KREMEN1 提交 2025-06-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 G 30–322（293 aa）
未记录 STE STEARIC ACID × 6 MYR MYRISTIC ACID × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.55 Å
9VFR Structure of mature Coxsackievirus A6 virion complexed with its receptor KREMEN1 提交 2025-06-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 G 30–322（293 aa）
未记录 STE STEARIC ACID × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.55 Å

共 6 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KREM1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 40–395； UniProt 29–373

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5fws

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5fws
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5fws
沉积日期 deposition_date2016-02-21
结构标题 titleWnt modulator Kremen crystal form I at 1.90A
关键词 keywordsSIGNALING PROTEIN, WNT, CELL SURFACE, SIGNALLING, MEMBRANE PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.14 Å
零角强度 I(0) i019726200.00
分子量 molecular_weight32845.0 kDa
排除体积 excluded_volume40520 ų
包络体积 envelope_volume46621 ų
水化壳体积 shell_volume19585 ų
包络直径 envelope_diameter66.6 Å
壳层 Rg shell_rg26.08 Å
包络 Rg envelope_rg20.28 Å
形状 Rg shape_rg20.15 Å
总 Rg total_rg20.86 Å
总原子数 total_atoms2308
残基数 n_residues288
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax65.1 Å
Rg (实空间) rg_real20.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9730e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6650e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal19730000.0000
解质量估计 total_estimate0.9111
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.5 Å
偏度 Skewness skewness0.131
峰度 Kurtosis kurtosis-0.607
角度范围 angular_range— – 0.3800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3190000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.991
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5fwsA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — Plasminogen Kringle 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Plasminogen Kringle 4
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)