SAXSdb — 5fwu

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KREMEN PROTEIN 1

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 29–373	片段：ECD, RESIDUES 29-373	CL CHLORIDE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.6；0.1 M NA3CITRATE, 1.0 M MGSO4, FINAL PH 5.6	分辨率 2.80 Å R-free 0.307

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5FWU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5FWS Wnt modulator Kremen crystal form I at 1.90A 提交 2016-02-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–373（345 aa）片段：ECD, RESIDUES 29-373	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；2.0 M AMMONIUM SULFATE, 5 %V/V ISO-PROPANOL, pH 7.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.227
5FWT Wnt modulator Kremen crystal form I at 2.10A 提交 2016-02-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–373（345 aa）片段：ECD, RESIDUES 1-473	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；1.000 M (NH4)H2PO4 0.100 M NA3CITRATE PH 5.6	分辨率 2.10 Å R-free 0.232
5FWV Wnt modulator Kremen crystal form III at 3.2A 提交 2016-02-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–373（345 aa）片段：ECD, RESIDUES 29-373	未记录	CL CHLORIDE ION × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M HEPES/MOPS 7.5 30 % P550MME_P20K DRIED OUT	分辨率 3.20 Å R-free 0.265
5FWW Wnt modulator Kremen in complex with DKK1 (CRD2) and LRP6 (PE3PE4) 提交 2016-02-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 30–322（293 aa）片段：ECD, RESIDUES 30-322	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；20 %W/V PEG3350 0.2 M NA/K-PHOSPHATE, pH 7.5	分辨率 3.50 Å R-free 0.355
6SNW Structure of Coxsackievirus A10 complexed with its receptor KREMEN1 提交 2019-08-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 300 PDB 声明：300-meric	链 E 23–375（353 aa）	未记录	SPH SPHINGOSINE × 60 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 120	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9VFR Structure of mature Coxsackievirus A6 virion complexed with its receptor KREMEN1 提交 2025-06-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 300 PDB 声明：300-meric	链 G 30–322（293 aa）	未记录	STE STEARIC ACID × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 120	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.55 Å
9VFR Structure of mature Coxsackievirus A6 virion complexed with its receptor KREMEN1 提交 2025-06-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 G 30–322（293 aa）	未记录	STE STEARIC ACID × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.55 Å
9VFR Structure of mature Coxsackievirus A6 virion complexed with its receptor KREMEN1 提交 2025-06-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric	链 G 30–322（293 aa）	未记录	STE STEARIC ACID × 5 MYR MYRISTIC ACID × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.55 Å
9VFR Structure of mature Coxsackievirus A6 virion complexed with its receptor KREMEN1 提交 2025-06-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 G 30–322（293 aa）	未记录	STE STEARIC ACID × 6 MYR MYRISTIC ACID × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.55 Å
9VFR Structure of mature Coxsackievirus A6 virion complexed with its receptor KREMEN1 提交 2025-06-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 G 30–322（293 aa）	未记录	STE STEARIC ACID × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.55 Å

共 6 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KREM1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 40–395； UniProt 29–373

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5fwu
沉积日期 deposition_date	2016-02-21
结构标题 title	Wnt modulator Kremen crystal form II at 2.8A
关键词 keywords	SIGNALING PROTEIN, WNT, CELL SURFACE, SIGNALLING, MEMBRANE PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.91 Å
零角强度 I(0) i0	16793900.00
分子量 molecular_weight	30334.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37495 Å³
包络体积 envelope_volume	43794 Å³
水化壳体积 shell_volume	18746 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.0 Å
壳层 Rg shell_rg	25.69 Å
包络 Rg envelope_rg	20.01 Å
形状 Rg shape_rg	19.92 Å
总 Rg total_rg	20.63 Å
总原子数 total_atoms	2132
残基数 n_residues	271
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.2 Å
Rg (实空间) rg_real	20.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6790e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8780e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	16790000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9146
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.153
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.626
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3536000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.964; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.993

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	KREMEN PROTEIN 1
分子量 formula_weight	44551.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2132

MGILPSPGMPALLSLVSLLSVLLMGCVAETGAPSPGLGPGPECFTANGADYRGTQNWTALQGGKPCLFWNETFQHPYNTLKYPNGEGGLGEHNYCRNPDGDVSPWCYVAEHEDGVYWKYCEIPACQMPGNLGCYKDHGNPPPLTGTSKTSNKLTIQTCISFCRSQRFKFAGMESGYACFCGNNPDYWKYGEAASTECNSVCFGDHTQPCGGDGRIILFDTLVGACGGNYSAMSSVVYSPDFPDTYATGRVCYWTIRVPGASHIHFSFPLFDIRDSADMVELLDGYTHRVLARFHGRSRPPLSFNVSLDFVILYFFSDRINQAQGFAVLYQAVKEEGSENLYFQGGSLPQERPAVNQTVAEVITEQANLSVSAARSSKVLYVITTSPSHPPQTVPGTHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	HOMO SAPIENS

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5fwuA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — Plasminogen Kringle 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Plasminogen Kringle 4

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	65.780 Å
晶胞边长 b length_b	65.780 Å
晶胞边长 c length_c	75.014 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 43
空间群编号 int_tables_number	78
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	65.780 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2157
R_free r_free	0.3071

fit	/app/data/saxs_computation/fw/5fwu/5fwu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fw/5fwu/5fwu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fw/5fwu/5fwu.dat

Wnt modulator Kremen crystal form II at 2.8A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KREMEN PROTEIN 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction