SAXSdb — 5gq9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thermus thermophilus Argonaute

Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 4	;DNA (5'-D(PCPGPAPGPGPTPAPGPTPAPGPGPTPTPGPT)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(PAPCPAPAPCPCPTPAPCPTPAPCPCPTPCPG)-3') ; × 2 MAGNESIUM ION × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q746M7_THET2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–685； UniProt 1–685 作者链 B； PDB构建体 1–685； UniProt 1–685

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5gq9
沉积日期 deposition_date	2016-08-06
结构标题 title	Crystal structure of Thermus thermophilus Argonaute in complex with g1C siDNA and DNA target
关键词 keywords	Argonaute, Complex, Guide DNA, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5gq9__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5gq9__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5gq9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.57 Å
Rg（电子密度）	35.27 Å
总 Rg	35.74 Å
原子数	11601
残基数	1375
排除体积	202740 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5gq9__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thermus thermophilus Argonaute
分子量 formula_weight	76728.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	11609

MNHLGKTEVFLNRFALRPLNPEELRPWRLEVVLDPPPGREEVYPLLAQVARRAGGVTVRMGDGLASWSPPEVLVLEGTLARMGQTYAYRLYPKGRRPLDPKDPGERSVLSALARRLLQERLRRLEGVWVEGLAVYRREHARGPGWRVLGGAVLDLWVSDSGAFLLEVDPAYRILCEMSLEAWLAQGHPLPKRVRNAYDRRTWELLRLGEEDPKELPLPGGLSLLDYHASKGRLQGREGGRVAWVADPKDPRKPIPHLTGLLVPVLTLEDLHEEEGSLALSLPWEERRRRTREIASWIGRRLGLGTPEAVRAQAYRLSIPKLMGRRAVSKPADALRVGFYRAQETALALLRLDGAQGWPEFLRRALLRAFGASGASLRLHTLHAHPSQGLAFREALRKAKEEGVQAVLVLTPPMAWEDRNRLKALLLREGLPSQILNVPLREEERHRWENALLGLLAKAGLQVVALSGAYPAELAVGFDAGGRESFRFGGAACAVGGDGGHLLWTLPEAQAGERIPQEVVWDLLEETLWAFRRKAGRLPSRVLLLRDGRVPQDEFALALEALAREGIAYDLVSVRKSGGGRVYPVQGRLADGLYVPLEDKTFLLLTVHRDFRGTPRPLKLVHEAGDTPLEALAHQIFHLTRLYPASGFAFPRLPAPLHLADRLVKEVGRLGIRHLKEVDREKLFFV

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	262724
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPGPAPGPGPTPAPGPTPAPGPGPTPTPGPT)-3') ;
分子量 formula_weight	6573.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,E

CGAGGTAGTAGGTTGTATAGT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPCPAPAPCPCPTPAPCPTPAPCPCPTPCPG)-3') ;
分子量 formula_weight	4787.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,F

ACAACCTACTACCTCG

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5gq9A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	530 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	5gq9A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2620 —

结构域编号 domain_id	5gq9A04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

结构域编号 domain_id	5gq9A05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	5gq9B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	530 — Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	5gq9B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2620 —

结构域编号 domain_id	5gq9B04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	5gq9B05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

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晶胞边长 a length_a	111.831 Å
晶胞边长 b length_b	116.503 Å
晶胞边长 c length_c	161.024 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	39.130 Å
R 因子 r_factor	0.1919
R_work r_work	0.1893
R_free r_free	0.2366

Crystal structure of Thermus thermophilus Argonaute in complex with g1C siDNA and DNA target

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thermus thermophilus Argonaute

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5gq9__assembly_1__model_1

5gq9__assembly_1__model_1 | I(q)

5gq9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Thermus thermophilus Argonaute in complex with g1C siDNA and DNA target

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thermus thermophilus Argonaute

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5gq9__assembly_1__model_1

5gq9__assembly_1__model_1 | I(q)

5gq9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)