5h1c

Human RAD51 post-synaptic complexes

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 111.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein RAD51 homolog 1

Homo sapiens

UniProt Q06609

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–339 链 B; UniProt 1–339 链 C; UniProt 1–339 未记录 ;DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3') ; × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;25mM Tris-HCl, pH 7.5, 50mM KCl, 1mM dithiothreitol, 1mM AMP-PNP and 2mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 50 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAD51_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–339; UniProt 1–339 作者链 B; PDB构建体 1–339; UniProt 1–339 作者链 C; PDB构建体 1–339; UniProt 1–339

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5h1c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5h1c
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5h1c
沉积日期 deposition_date2016-10-08
结构标题 titleHuman RAD51 post-synaptic complexes
关键词 keywordsDNA repair, ATPase, homologous recombination, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.96
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.60
零角强度 I(0) i0209012000.00
分子量 molecular_weight108900.0 kDa
排除体积 excluded_volume133680 ų
包络体积 envelope_volume173000 ų
水化壳体积 shell_volume45522 ų
包络直径 envelope_diameter119.3
壳层 Rg shell_rg38.58
包络 Rg envelope_rg31.86
形状 Rg shape_rg31.60
总 Rg total_rg32.14
总原子数 total_atoms7602
残基数 n_residues951
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax111.4
Rg (实空间) rg_real32.04
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.91
I(0) (实空间) i0_real2.0900e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.00
I(0) (倒空间) i0_reciprocal209000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8481
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary37.9
偏度 Skewness skewness0.523
峰度 Kurtosis kurtosis0.090
角度范围 angular_range— – 0.2500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha51640000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.703; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.917

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)