8pbc

RAD51 filament on ssDNA bound by the BRCA2 c-terminus

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 211.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8pbc
沉积日期 deposition_date	2023-06-09
最后修订 last_revision	2023-11-15
结构标题 title	RAD51 filament on ssDNA bound by the BRCA2 c-terminus
关键词 keywords	RAD51, BRCA2, Filament, Complex, RECOMBINATION; RECOMBINATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	60.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	61.51 Å
零角强度 I(0) i0	2548220000.00
分子量 molecular_weight	407240.0 kDa
排除体积 excluded_volume	503220 Å³
包络体积 envelope_volume	717020 Å³
水化壳体积 shell_volume	100240 Å³
包络直径 envelope_diameter	240.0 Å
壳层 Rg shell_rg	60.22 Å
包络 Rg envelope_rg	60.59 Å
形状 Rg shape_rg	61.52 Å
总 Rg total_rg	61.46 Å
总原子数 total_atoms	28447
残基数 n_residues	3611
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	211.2 Å
Rg (实空间) rg_real	61.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.15 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5480e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5020e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	60.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2544000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8221
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	81.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.549
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.016
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0006
最高正则化参数 α highest_alpha	205500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.757; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.427

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA repair protein RAD51 homolog 1
分子量 formula_weight	37009.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	11

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K
原子数 atom_count	28447

MAMQMQLEANADTSVEEESFGPQPISRLEQCGINANDVKKLEEAGFHTVEAVAYAPKKELINIKGISEAKADKILAEAAKLVPMGFTTATEFHQRRSEIIQITTGSKELDKLLQGGIETGSITEMFGEFRTGKTQICHTLAVTCQLPIDRGGGEGKAMYIDTEGTFRPERLLAVAERYGLSGSDVLDNVAYARAFNTDHQTQLLYQASAMMVESRYALLIVDSATALYRTDYSGRGELSARQMHLARFLRMLLRLADEFGVAVVITNQVVAQVDGAAMFAADPKKPIGGNIIAHASTTRLYLRKGRGETRICKIYDSPCLPEAEAMFAINADGVGDAKD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Breast cancer type 2 susceptibility protein
分子量 formula_weight	5483.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U

DDQKNCKKRRALDFLSRLPLPPPVSPICTFVSPAAQKAFQPPRSCGTKY

Entity 3 polymer

描述 description	DNA (30-MER)
分子量 formula_weight	9671.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	V

GGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGA

Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.61 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1

fit	/app/data/saxs_computation/pb/8pbc/8pbc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pb/8pbc/8pbc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pb/8pbc/8pbc.dat

RAD51 filament on ssDNA bound by the BRCA2 c-terminus

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)