SAXSdb — 5h7u

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 36–163	片段：UNP RESIDUES 36-163	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）170；压力 1 NMR样品组成：0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] eIF3c 36-163, 20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5H7U	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3JAP Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in closed conformation 提交 2015-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric	链 p 193–206（14 aa）链 p 251–812（562 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 81 ZN ZINC ION × 4 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT；pH 6.5；20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT cryo-EM玻璃化条件 Blot for 2.5 to 3 seconds before plunging；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5 to 3 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I).	分辨率 4.90 Å
4U1C Crystal structure of the eIF3a/eIF3c PCI-domain heterodimer 提交 2014-07-15	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：Dimeric	链 C 247–812（566 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；PEG 6000, KSCN, Bis-Tris-propane	分辨率 3.50 Å R-free 0.293
6FYX Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C1) 提交 2018-03-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric	链 q 251–812（562 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 117 ZN ZINC ION × 5 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
6FYY Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C2) 提交 2018-03-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric	链 q 251–812（562 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 117 ZN ZINC ION × 5 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
6GSM Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in open conformation. 提交 2018-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric	链 q 96–794（699 aa）	未记录	7NO [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-2-(phosphonooxymethyl)oxolan-3-yl] (2~{S})-2-azanyl-4-methylsulfanyl-butanoate × 1 MG MAGNESIUM ION × 82 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.15 Å
6GSN Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in closed conformation 提交 2018-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric	链 q 96–794（699 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 81 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.75 Å
6ZCE Structure of a yeast ABCE1-bound 43S pre-initiation complex 提交 2020-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：45-meric	链 q 1–812（812 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.30 Å
6ZU9 Structure of a yeast ABCE1-bound 48S initiation complex 提交 2020-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：44-meric	链 q 1–812（812 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.20 Å
8S8E Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-3.1) 提交 2024-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：43-meric	链 p 1–812（812 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 116 ZN ZINC ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.85 Å
8S8K Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in swivelled conformation (model py48S-AUC-swiv-eIF1) 提交 2024-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：43-meric	链 n 1–812（812 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 96 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EIF3C_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–128； UniProt 36–163

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5h7u
沉积日期 deposition_date	2016-11-21
结构标题 title	NMR structure of eIF3 36-163
关键词 keywords	translation, initiation factor, eukaryotic initiation factor; TRANSLATION
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	60.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	61.89 Å
零角强度 I(0) i0	1453580000.00
分子量 molecular_weight	291280.0 kDa
排除体积 excluded_volume	352170 Å³
包络体积 envelope_volume	782340 Å³
水化壳体积 shell_volume	92179 Å³
包络直径 envelope_diameter	357.8 Å
壳层 Rg shell_rg	57.73 Å
包络 Rg envelope_rg	89.45 Å
形状 Rg shape_rg	62.10 Å
总 Rg total_rg	61.15 Å
总原子数 total_atoms	39040
残基数 n_residues	2560
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	271.1 Å
Rg (实空间) rg_real	63.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	5.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4530e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7960e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	58.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1439000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6151
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	4
主峰位置 r_peak_primary	10.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.836
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.083
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0017
最高正则化参数 α highest_alpha	995300.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.000; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.000; Smooth: 0.993

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
分子量 formula_weight	14598.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	39040

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/h7/5h7u/5h7u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h7/5h7u/5h7u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h7/5h7u/5h7u.dat

NMR structure of eIF3 36-163

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)