SAXSdb — 5hbe

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent kinase 8

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cyclin-C × 1 （P24863） 8-[3-chloranyl-5-[1-methyl-2,2-bis(oxidanylidene)-3~{H}-2,1-benzothiazol-5-yl]pyridin-4-yl]-1-oxa-3,8-diazaspiro[4.5]decan-2-one × 1 DIMETHYL SULFOXIDE × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 FORMIC ACID × 4 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDK8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–364； UniProt 1–362

Cyclin-C

Homo sapiens

UniProt P24863

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cyclin-dependent kinase 8 × 1 （P49336） 8-[3-chloranyl-5-[1-methyl-2,2-bis(oxidanylidene)-3~{H}-2,1-benzothiazol-5-yl]pyridin-4-yl]-1-oxa-3,8-diazaspiro[4.5]decan-2-one × 1 DIMETHYL SULFOXIDE × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 FORMIC ACID × 4 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCNC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–266； UniProt 1–264

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5hbe
沉积日期 deposition_date	2015-12-31
结构标题 title	CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 8-[3-Chloro-5-(1-methyl-2,2-dioxo-2, 3-dihydro-1H-2l6-benzo[c]isothiazol-5-yl)-pyridin- 4-yl]-1-oxa-3,8-diaza-spiro[4.5]decan-2-one
关键词 keywords	CDK8 KINASE / CYCLIN C, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5hbe__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5hbe__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5hbe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.06 Å
Rg（电子密度）	28.11 Å
总 Rg	28.92 Å
原子数	5105
残基数	610
排除体积	91998 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5hbe__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cyclin-dependent kinase 8
分子量 formula_weight	42552.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.22,2.7.11.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5201

DKMDYDFKVKLSSERERVEDLFEYEGCKVGRGTYGHVYKAKRKDGKDDKDYALKQIEGTGISMSACREIALLRELKHPNVISLQKVFLSHADRKVWLLFDYAEHDLWHIIKFHRASKANKKPVQLPRGMVKSLLYQILDGIHYLHANWVLHRDLKPANILVMGEGPERGRVKIADMGFARLFNSPLKPLADLDPVVVTFWYRAPELLLGARHYTKAIDIWAIGCIFAELLTSEPIFHCRQEDIKTSNPYHHDQLDRIFNVMGFPADKDWEDIKKMPEHSTLMKDFRRNTYTNCSLIKYMEKHKVKPDSKAFHLLQKLLTMDPIKRITSEQAMQDPYFLEDPLPTSDVFAGCQIPYPKREFLTEE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cyclin-C
分子量 formula_weight	31541.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

KAMAGNFWQSSHYLQWILDKQDLLKERQKDLKFLSEEEYWKLQIFFTNVIQALGEHLKLRQQVIATATVYFKRFYARYSLKSIDPVLMAPTCVFLASKVEEFGVVSNTRLIAAATSVLKTRFSYAFPKEFPYRMNHILECEFYLLELMDCCLIVYHPYRPLLQYVQDMGQEDMLLPLAWRIVNDTYRTDLCLLYPPFMIALACLHVACVVQQKDARQWFAELSVDMEKILEIIRVILKLYEQWKNFDERKEMATILSKMPKPKPPP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	8-[3-chloranyl-5-[1-methyl-2,2-bis(oxidanylidene)-3~{H}-2,1-benzothiazol-5-yl]pyridin-4-yl]-1-oxa-3,8-diazaspiro[4.5]decan-2-one
分子量 formula_weight	448.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	55

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5hbeA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	5hbeA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	5hbeB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	5hbeB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

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晶胞边长 a length_a	71.007 Å
晶胞边长 b length_b	71.115 Å
晶胞边长 c length_c	173.152 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.380 Å
最低分辨率 resolution_low	86.580 Å
R 因子 r_factor	0.2296
R_work r_work	0.2287
R_free r_free	0.2555

CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 8-[3-Chloro-5-(1-methyl-2,2-dioxo-2, 3-dihydro-1H-2l6-benzo[c]isothiazol-5-yl)-pyridin- 4-yl]-1-oxa-3,8-diaza-spiro[4.5]decan-2-one

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent kinase 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cyclin-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5hbe__assembly_1__model_1

5hbe__assembly_1__model_1 | I(q)

5hbe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 8-[3-Chloro-5-(1-methyl-2,2-dioxo-2, 3-dihydro-1H-2l6-benzo[c]isothiazol-5-yl)-pyridin- 4-yl]-1-oxa-3,8-diaza-spiro[4.5]decan-2-one

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent kinase 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cyclin-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5hbe__assembly_1__model_1

5hbe__assembly_1__model_1 | I(q)

5hbe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)