SAXSdb — 5hbv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-bungarotoxin isoform V31

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 1	Acetylcholine receptor subunit alpha 1 × 1 （P04756） Fab35, Light Chain × 1 Fab35, Heavy Chain × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	3L21V_BUNMU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–74； UniProt 22–95

Acetylcholine receptor subunit alpha 1

Mus musculus

UniProt P04756

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 1	Alpha-bungarotoxin isoform V31 × 1 （P60616） Fab35, Light Chain × 1 Fab35, Heavy Chain × 1 ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACHA_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–212； UniProt 22–231

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5hbv
沉积日期 deposition_date	2016-01-02
结构标题 title	Complex structure of Fab35 and mouse nAChR alpha1
关键词 keywords	Nicotinic acetylcholine receptor alpha1, Fab35, Complex, Myasthenia gravis, TRANSPORT PROTEIN-TOXIN complex; TRANSPORT PROTEIN/TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5hbv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5hbv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5hbv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.88 Å
Rg（电子密度）	39.39 Å
总 Rg	39.70 Å
原子数	5659
残基数	716
排除体积	100360 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5hbv__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Alpha-bungarotoxin isoform V31
分子量 formula_weight	8033.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5705

IVCHTTATSPISAVTCPPGENLCYRKMWCDVFCSSRGKVVELGCAATCPSKKPYEEVTCCSTDKCNPHPKQRPG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Acetylcholine receptor subunit alpha 1
分子量 formula_weight	24729.0 kDa
突变 mutation	V8E, W149R, V155A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

KSEHETRLEAKLFEDYSSVVRPVEDHREIVQVTVGLQLIQLINVDEVNQIVTTNVRLKQQWVDYNLKWNPDDYGGVKKIHIPSEKIWRPDVVLYNNADGDFAIVKFTKVLLDYTGHITWTPPAIFKSYCEIIVTHFPFDEQNCSMKLGTRTYDGSAVAINPESDQPDLSNFMESGEWVIKEARGWKHWVFYSCCPTTPYLDITYHFVMQRLP

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Pichia

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Fab35, Light Chain
分子量 formula_weight	23393.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

DIVITQSPSLLSASVGDRVTLTCKGSQNIDNYLAWYQQKLGEAPKLLIYKTNSLQTGIPSRFSGSGSGTDYTLTISSLHSEDLATYYCYQYINGYTFGTGTKLELKRADAAPTVSIFPPSTEQLATGGASVVCLMNNFYPRDISVKWKIDGTERRDGVLDSVTDQDSKDSTYSMSSTLSLTKADYESHNLYTCEVVHKTSSSPVVKSFNRNEC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Fab35, Heavy Chain
分子量 formula_weight	23879.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

EVQLQESGPGLVQPSETLSLTCTVSGFSLTSYSVSWLRQPSGKGPEWMGRMWDDGGTVYNSGLKSRLSISRDTSKNQVFLKMNSLQTDDTGTYYCTRDERIRAINWFAYWGQGTLVTVSSAETTAPSVYPLAPGTALKSNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGALSSGVHTFPAVLQSGLYTLTSSVTVPSSTWPSQTVTCNVAHPGQQHQRWTRKLC

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1559.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	46

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d5hbva_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.7 — Snake toxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.7.1 — Snake toxin-like
家族 Family family	g.7.1.1 — Snake venom toxins

结构域编号 domain_id	d5hbvb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family family	b.96.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5hbvb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5hbvc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5hbvc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	5hbvA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CD59

结构域编号 domain_id	5hbvB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	5hbvC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5hbvC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5hbvD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	159.905 Å
晶胞边长 b length_b	42.024 Å
晶胞边长 c length_c	137.583 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	116.46 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	50.010 Å
R 因子 r_factor	0.2294
R_work r_work	0.2274
R_free r_free	0.2680

Complex structure of Fab35 and mouse nAChR alpha1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-bungarotoxin isoform V31

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Acetylcholine receptor subunit alpha 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5hbv__assembly_1__model_1

5hbv__assembly_1__model_1 | I(q)

5hbv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

Complex structure of Fab35 and mouse nAChR alpha1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-bungarotoxin isoform V31

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Acetylcholine receptor subunit alpha 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5hbv__assembly_1__model_1

5hbv__assembly_1__model_1 | I(q)

5hbv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)