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5hck

HUMAN HCK SH3 DOMAIN, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE

Method: SOLUTION NMR Dmax: 41.2 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEMATOPOIETIC CELL KINASE

Homo sapiens

UniProt P08631

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 72–143 片段：SH3 DOMAIN 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.25；298 K 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5HCK Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AD5 SRC FAMILY KINASE HCK-AMP-PNP COMPLEX 提交 1997-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 79–526（448 aa） 片段：SH3-SH2-KINASE-REGULATORY TAIL
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion - hanging drop and seeding；pH 6.5；292 K；HANGING DROPS (1UL) OF 50MG/ML PROTEIN AND 10MM AMP-PNP WERE MIXED WITH EQUAL VOLUMES OF RESERVOIR BUFFER CONTAINING 150 MM CALCIUM ACETATE, 100MM CACODYLATE (PH 6.5), 7% PEG 8000 AND 16% V/V ETHYLENE GLYCOL. THE MIXED DROPS WERE THEN SEEDED AND STORED AT 19 DEGREES C., vapor diffusion - hanging drop and seeding, temperature 292K
分辨率 2.60 Å R-free 0.307
1AD5 SRC FAMILY KINASE HCK-AMP-PNP COMPLEX 提交 1997-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 79–526（448 aa） 片段：SH3-SH2-KINASE-REGULATORY TAIL
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion - hanging drop and seeding；pH 6.5；292 K；HANGING DROPS (1UL) OF 50MG/ML PROTEIN AND 10MM AMP-PNP WERE MIXED WITH EQUAL VOLUMES OF RESERVOIR BUFFER CONTAINING 150 MM CALCIUM ACETATE, 100MM CACODYLATE (PH 6.5), 7% PEG 8000 AND 16% V/V ETHYLENE GLYCOL. THE MIXED DROPS WERE THEN SEEDED AND STORED AT 19 DEGREES C., vapor diffusion - hanging drop and seeding, temperature 292K
分辨率 2.60 Å R-free 0.307
1BU1 SRC FAMILY KINASE HCK SH3 DOMAIN 提交 1998-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 81–137（57 aa） 片段：SH3
链 B 81–137（57 aa） 片段：SH3
链 C 81–137（57 aa） 片段：SH3
链 D 81–137（57 aa） 片段：SH3
链 E 81–137（57 aa） 片段：SH3
链 F 81–137（57 aa） 片段：SH3
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.3；294 K；HANGING DROPS (2UL) OF 4.3MG/ML PROTEIN WERE MIXED WITH EQUAL VOLUMES OF RESERVOIR BUFFER CONTAINING 3.7 M SODIUM FORMATE, 2% PEG 3000, 100 MM BICINE (PH 9.3). THE MIXED DROPS WERE STORED AT 21 DEGREES, vapor diffusion - hanging drop, temperature 294K
分辨率 2.60 Å R-free 0.297
1QCF CRYSTAL STRUCTURE OF HCK IN COMPLEX WITH A SRC FAMILY-SELECTIVE TYROSINE KINASE INHIBITOR 提交 1999-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 81–526（446 aa） 片段：SH3-SH2-KINASE-HIGH AFFINITY TAIL
突变：Q528E, Q529E, Q530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PP1 1-TER-BUTYL-3-P-TOLYL-1H-PYRAZOLO[3,4-D]PYRIMIDIN-4-YLAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG 10000, DIMETHYL SULFOXIDE, N-(2-HYDROXYETHYL)PIPERAZINE-N-(2- ETHANESULFONIC ACID), pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.257
2C0I Src family kinase Hck with bound inhibitor A-420983 提交 2005-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 80–525（446 aa） 片段：SH3-SH2-SH1, RESIDUES 80-525
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） L1G N-(4-{4-AMINO-1-[4-(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)-TRANS-CYCLOHEXYL]-1H-PYRAZOLO[3,4-D]PYRIMIDIN-3-YL}-2-METHOXYPHENYL)-1-METHYL-1H-INDOLE-2-CARBOXAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；HCK (10 MG/ML IN 150 MM NACL, 20 MM TRIS.HCL PH 8.0) WAS MIXED WITH A-420983 [100 MM STOCK SOLUTION OF THE BIS-MALEIC ACID SALT IN DMSO) TO GIVE A FINAL A-420983 CONCENTRATION OF 1 MM. HCK/A-420983 WAS THEN MIXED WITH RESERVOIR SOLUTION (12% PEG 6000, 3% 1, 5-DIAMINOPENTANE, 20% GLYCEROL, 200 MM CA(OAC)2, 100 MM TRIS.HCL PH 8.0) AND EQUILBRATED AGAINST THE RESERVOIR SOLUTION BY VAPOR DIFFUSION (SITTING DROPS) AT 277 K.
分辨率 2.30 Å R-free 0.274
2C0I Src family kinase Hck with bound inhibitor A-420983 提交 2005-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 80–525（446 aa） 片段：SH3-SH2-SH1, RESIDUES 80-525
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） L1G N-(4-{4-AMINO-1-[4-(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)-TRANS-CYCLOHEXYL]-1H-PYRAZOLO[3,4-D]PYRIMIDIN-3-YL}-2-METHOXYPHENYL)-1-METHYL-1H-INDOLE-2-CARBOXAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；HCK (10 MG/ML IN 150 MM NACL, 20 MM TRIS.HCL PH 8.0) WAS MIXED WITH A-420983 [100 MM STOCK SOLUTION OF THE BIS-MALEIC ACID SALT IN DMSO) TO GIVE A FINAL A-420983 CONCENTRATION OF 1 MM. HCK/A-420983 WAS THEN MIXED WITH RESERVOIR SOLUTION (12% PEG 6000, 3% 1, 5-DIAMINOPENTANE, 20% GLYCEROL, 200 MM CA(OAC)2, 100 MM TRIS.HCL PH 8.0) AND EQUILBRATED AGAINST THE RESERVOIR SOLUTION BY VAPOR DIFFUSION (SITTING DROPS) AT 277 K.
分辨率 2.30 Å R-free 0.274
2C0O Src family kinase Hck with bound inhibitor A-770041 提交 2005-09-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 80–525（446 aa） 片段：SH3-SH2-SH1, RESIDUES 80-525
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） L2G N-(4-{1-[4-(4-ACETYLPIPERAZIN-1-YL)-TRANS-CYCLOHEXYL]-4-AMINO-1H-PYRAZOLO[3,4-D]PYRIMIDIN-3-YL}-2-METHOXYPHENYL)-1-METHYL-1H-INDOLE-2-CARBOXAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；HCK (10 MG/ML IN 150 MM NACL, 20 MM TRIS.HCL PH 8.0) WAS MIXED WITH A-770041 [100 MM STOCK SOLUTION IN DMSO) TO GIVE A FINAL A-770041 CONCENTRATION OF 1 MM. HCK/A-770041 WAS THEN MIXED WITH RESERVOIR SOLUTION (12% PEG 6000, 3% 1,5-DIAMINOPENTANE, 20% GLYCEROL, 200 MM CA(OAC)2, 100 MM TRIS.HCL PH 8.0) AND EQUILBRATED AGAINST THE RESERVOIR SOLUTION BY VAPOR DIFFUSION (SITTING DROPS) AT 277 K.
分辨率 2.85 Å R-free 0.273
2C0O Src family kinase Hck with bound inhibitor A-770041 提交 2005-09-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 80–525（446 aa） 片段：SH3-SH2-SH1, RESIDUES 80-525
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） L2G N-(4-{1-[4-(4-ACETYLPIPERAZIN-1-YL)-TRANS-CYCLOHEXYL]-4-AMINO-1H-PYRAZOLO[3,4-D]PYRIMIDIN-3-YL}-2-METHOXYPHENYL)-1-METHYL-1H-INDOLE-2-CARBOXAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；HCK (10 MG/ML IN 150 MM NACL, 20 MM TRIS.HCL PH 8.0) WAS MIXED WITH A-770041 [100 MM STOCK SOLUTION IN DMSO) TO GIVE A FINAL A-770041 CONCENTRATION OF 1 MM. HCK/A-770041 WAS THEN MIXED WITH RESERVOIR SOLUTION (12% PEG 6000, 3% 1,5-DIAMINOPENTANE, 20% GLYCEROL, 200 MM CA(OAC)2, 100 MM TRIS.HCL PH 8.0) AND EQUILBRATED AGAINST THE RESERVOIR SOLUTION BY VAPOR DIFFUSION (SITTING DROPS) AT 277 K.
分辨率 2.85 Å R-free 0.273
2C0T Src family kinase Hck with bound inhibitor A-641359 提交 2005-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 80–525（446 aa） 片段：SH3-SH2-SH1, RESIDUES 80-525
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） L3G N-(4-{4-AMINO-1-[1-(TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL)PIPERIDIN-4-YL]-1H-PYRAZOLO[3,4-D]PYRIMIDIN-3-YL}-2-METHOXYPHENYL)-1-METHYL-1H-INDOLE-2-CARBOXAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: HCK (10 MG/ML IN 150 MM NACL, 20 MM TRIS.HCL PH 8.0) WAS MIXED WITH A-641359 [100 MM STOCK SOLUTION OF THE MALEIC ACID SALT IN DMSO) TO GIVE A FINAL A-641359 CONCENTRATION OF 1 MM. HCK/A-641359 WAS THEN MIXED WITH RESERVOIR SOLUTION (12% PEG 6000, 3% 1, 5-DIAMINOPENTANE, 20% GLYCEROL, 200 MM CA(OAC)2, 100 MM TRIS.HCL PH 8.0) AND EQUILBRATED AGAINST THE RESERVOIR SOLUTION BY VAPOR DIFFUSION (SITTING DROPS) AT 277 K.
分辨率 2.15 Å R-free 0.253
2C0T Src family kinase Hck with bound inhibitor A-641359 提交 2005-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 80–525（446 aa） 片段：SH3-SH2-SH1, RESIDUES 80-525
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） L3G N-(4-{4-AMINO-1-[1-(TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL)PIPERIDIN-4-YL]-1H-PYRAZOLO[3,4-D]PYRIMIDIN-3-YL}-2-METHOXYPHENYL)-1-METHYL-1H-INDOLE-2-CARBOXAMIDE × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: HCK (10 MG/ML IN 150 MM NACL, 20 MM TRIS.HCL PH 8.0) WAS MIXED WITH A-641359 [100 MM STOCK SOLUTION OF THE MALEIC ACID SALT IN DMSO) TO GIVE A FINAL A-641359 CONCENTRATION OF 1 MM. HCK/A-641359 WAS THEN MIXED WITH RESERVOIR SOLUTION (12% PEG 6000, 3% 1, 5-DIAMINOPENTANE, 20% GLYCEROL, 200 MM CA(OAC)2, 100 MM TRIS.HCL PH 8.0) AND EQUILBRATED AGAINST THE RESERVOIR SOLUTION BY VAPOR DIFFUSION (SITTING DROPS) AT 277 K.
分辨率 2.15 Å R-free 0.253
2HCK SRC FAMILY KINASE HCK-QUERCETIN COMPLEX 提交 1997-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 79–526（448 aa） 片段：SH3-SH2-KINASE-REGULATORY TAIL
链 B 79–526（448 aa） 片段：SH3-SH2-KINASE-REGULATORY TAIL
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 2 QUE 3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；292 K；HANGING DROPS (1UL) OF 50MG/ML PROTEIN AND 10MM QUERCETIN WERE MIXED WITH EQUAL VOLUMES OF RESERVOIR BUFFER CONTAINING 150 MM CALCIUM ACETATE, 100MM CACODYLATE (PH 6.5), 7% PEG 8000 AND 16% V/V ETHYLENE GLYCOL. THE MIXED DROPS WERE THEN SEEDED AND STORED AT 19 DEGREES C., temperature 292K
分辨率 3.00 Å R-free 0.311
2HK5 Hck Kinase in Complex with Lck targetted Inhibitor PG-1009247 提交 2006-07-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 247–514（268 aa） 片段：Kinase Domian (Residues 246-513)
未记录 1BM 3-{[2-(1H-BENZIMIDAZOL-1-YL)-6-{[2-(DIETHYLAMINO)ETHYL]AMINO}PYRIMIDIN-4-YL]AMINO}-4-METHYLPHENOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；288 K；0.5-3.0M Ammonium Sulfate or Sodium Formate or 18 - 28% PEG 10K + 0.1M HEPES or Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.00 Å R-free 0.250
2OI3 NMR Structure Analysis of the Hematopoetic Cell Kinase SH3 Domain complexed with an artificial high affinity ligand (PD1) 提交 2007-01-10 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 60–140（81 aa） 片段：SH3 domain, residues 60-140
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM KPO4, 20mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 1.3mM Hck-SH3 U-13C, U-15N: 1.3mM PD1, 20mM KPO4, 20mM NaCl, pH 6.7, 93% H2O, 7% D2O | 93% H2O/7% D2O
分辨率未提供
2OJ2 NMR Structure Analysis of the Hematopoetic Cell Kinase SH3 Domain complexed with an artificial high affinity ligand (PD1) 提交 2007-01-12 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 60–140（81 aa） 片段：SH3
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM KPO4, 20mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 1.3mM Hck-SH3 U-13C, U-15N: 1.3mM PD1, 20mM KPO4, 20mM NaCl, pH=6.7 | 93% H2O/7% D2O
分辨率未提供
3HCK NMR ensemble of the uncomplexed human HCK SH2 domain, 20 structures 提交 1997-03-31 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 140–245（106 aa） 片段：SH2, RESIDUES 119 - 224 OF HUMAN HCK
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.4；301 K
分辨率未提供
3NHN Crystal structure of the SRC-family kinase HCK SH3-SH2-linker regulatory region 提交 2010-06-14 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 72–256（185 aa） 片段：UNP residues 72-256, Hck-SH3-SH2-Linker fragment
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；25% (v/v) polyethylene glycol 3,350, 0.15 M KSCN, 0.05 M NaCl, and 1:100 dilution of Hck-SH3-SH2-linker crystal seeds (grown in 25% v/v polyethylene glycol 3,350, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.61 Å R-free 0.176
3RBB HIV-1 NEF protein in complex with engineered HCK SH3 domain 提交 2011-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 79–138（60 aa）
突变：E90Y, A91S, I92P, H93F, H94S, E95W EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes, 8% ethylene glycol, 22% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.35 Å R-free 0.245
3RBB HIV-1 NEF protein in complex with engineered HCK SH3 domain 提交 2011-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 79–138（60 aa）
突变：E90Y, A91S, I92P, H93F, H94S, E95W EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes, 8% ethylene glycol, 22% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.35 Å R-free 0.245
3REA HIV-1 Nef protein in complex with engineered Hck-SH3 domain 提交 2011-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 79–138（60 aa）
突变：E90V, A91S, I92W, H93S, H94P, E95D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；285 K；100 mM Tris buffer, 5% ethylne glycol, 10% PEG 8000, 0.2 M MgCl2, 15 mM MnCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
分辨率 2.00 Å R-free 0.205
3REA HIV-1 Nef protein in complex with engineered Hck-SH3 domain 提交 2011-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 79–138（60 aa）
突变：E90V, A91S, I92W, H93S, H94P, E95D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；285 K；100 mM Tris buffer, 5% ethylne glycol, 10% PEG 8000, 0.2 M MgCl2, 15 mM MnCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
分辨率 2.00 Å R-free 0.205
3REB HIV-1 Nef protein in complex with engineered Hck-SH3 domain 提交 2011-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 79–138（60 aa）
突变：E90V, A91S, I92W, H93S, H94P, E95D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；285 K；100 mM Hepes, 0.05 M sodium citrate, 15% isopropanol, 30% glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
分辨率 3.45 Å R-free 0.243
3REB HIV-1 Nef protein in complex with engineered Hck-SH3 domain 提交 2011-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 79–138（60 aa）
突变：E90V, A91S, I92W, H93S, H94P, E95D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；285 K；100 mM Hepes, 0.05 M sodium citrate, 15% isopropanol, 30% glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K
分辨率 3.45 Å R-free 0.243
3VRY Crystal structure of HCK complexed with a pyrrolo-pyrimidine inhibitor 4-Amino-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl-cyclopentane 提交 2012-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 81–526（446 aa） 片段：UNP residues 81-526
突变：Q528E, Q529E, Q530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） B43 4-Amino-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl-cyclopentane × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；21% PEG 6000, 180mM calcium acetate, 18% glycerol, 100mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.48 Å R-free 0.281
3VRY Crystal structure of HCK complexed with a pyrrolo-pyrimidine inhibitor 4-Amino-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl-cyclopentane 提交 2012-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 81–526（446 aa） 片段：UNP residues 81-526
突变：Q528E, Q529E, Q530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） B43 4-Amino-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl-cyclopentane × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；21% PEG 6000, 180mM calcium acetate, 18% glycerol, 100mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.48 Å R-free 0.281
3VRZ Crystal structure of HCK complexed with a pyrrolo-pyrimidine inhibitor 1-[4-(4-amino-7-cyclopentyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)phenyl]-3-benzylurea 提交 2012-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 81–526（446 aa） 片段：UNP residues 81-526
突变：Q528E, Q529E, Q530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 VRZ 1-[4-(4-amino-7-cyclopentyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)phenyl]-3-benzylurea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；288 K；0.1M Tris, 0.1M calcium acetate, 20% glycerol, 21% PEG6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
分辨率 2.22 Å R-free 0.267
3VRZ Crystal structure of HCK complexed with a pyrrolo-pyrimidine inhibitor 1-[4-(4-amino-7-cyclopentyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)phenyl]-3-benzylurea 提交 2012-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 81–526（446 aa） 片段：UNP residues 81-526
突变：Q528E, Q529E, Q530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 VRZ 1-[4-(4-amino-7-cyclopentyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)phenyl]-3-benzylurea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；288 K；0.1M Tris, 0.1M calcium acetate, 20% glycerol, 21% PEG6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
分辨率 2.22 Å R-free 0.267
3VS0 Crystal structure of HCK complexed with a pyrrolo-pyrimidine inhibitor N-[4-(4-amino-7-cyclopentyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)phenyl]benzamide 提交 2012-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 81–526（446 aa） 片段：UNP residues 81-526
突变：Q528E, Q529E, Q530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 VS0 N-[4-(4-amino-7-cyclopentyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)phenyl]benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.1M Tris, 0.1M calcium acetate, 20% glycerol, 21% PEG6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.93 Å R-free 0.295
3VS0 Crystal structure of HCK complexed with a pyrrolo-pyrimidine inhibitor N-[4-(4-amino-7-cyclopentyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)phenyl]benzamide 提交 2012-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 81–526（446 aa） 片段：UNP residues 81-526
突变：Q528E, Q529E, Q530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 VS0 N-[4-(4-amino-7-cyclopentyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)phenyl]benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.1M Tris, 0.1M calcium acetate, 20% glycerol, 21% PEG6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.93 Å R-free 0.295
3VS1 Crystal structure of HCK complexed with a pyrrolo-pyrimidine inhibitor 1-[4-(4-amino-7-cyclopentyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)phenyl]-3-phenylurea 提交 2012-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 81–526（446 aa） 片段：UNP residues 81-526
突变：Q528E, Q529E, Q530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 VSA 1-[4-(4-amino-7-cyclopentyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)phenyl]-3-phenylurea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；288 K；0.1M Tris, 0.1M calcium acetate, 20% glycerol, 21% PEG6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
分辨率 2.46 Å R-free 0.281
3VS1 Crystal structure of HCK complexed with a pyrrolo-pyrimidine inhibitor 1-[4-(4-amino-7-cyclopentyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)phenyl]-3-phenylurea 提交 2012-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 81–526（446 aa） 片段：UNP residues 81-526
突变：Q528E, Q529E, Q530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 VSA 1-[4-(4-amino-7-cyclopentyl-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)phenyl]-3-phenylurea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；288 K；0.1M Tris, 0.1M calcium acetate, 20% glycerol, 21% PEG6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
分辨率 2.46 Å R-free 0.281
3VS2 Crystal structure of HCK complexed with a pyrrolo-pyrimidine inhibitor 7-[cis-4-(4-methylpiperazin-1-yl)cyclohexyl]-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine 提交 2012-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 81–526（446 aa） 片段：UNP residues 81-526
突变：Q528E, Q529E, Q530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） VSB 7-[cis-4-(4-methylpiperazin-1-yl)cyclohexyl]-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；288 K；0.1M Tris, 0.1M calcium acetate, 20% glycerol, 21% PEG6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
分辨率 2.61 Å R-free 0.279
3VS2 Crystal structure of HCK complexed with a pyrrolo-pyrimidine inhibitor 7-[cis-4-(4-methylpiperazin-1-yl)cyclohexyl]-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine 提交 2012-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 81–526（446 aa） 片段：UNP residues 81-526
突变：Q528E, Q529E, Q530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） VSB 7-[cis-4-(4-methylpiperazin-1-yl)cyclohexyl]-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；288 K；0.1M Tris, 0.1M calcium acetate, 20% glycerol, 21% PEG6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
分辨率 2.61 Å R-free 0.279
3VS3 Crystal structure of HCK complexed with a pyrrolo-pyrimidine inhibitor 7-[trans-4-(4-methylpiperazin-1-yl)cyclohexyl]-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine 提交 2012-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 81–526（446 aa） 片段：UNP residues 81-526
突变：Q528E, Q529E, Q530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） VSE 7-[trans-4-(4-methylpiperazin-1-yl)cyclohexyl]-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；288 K；0.1M Tris, 0.1M calcium acetate, 20% glycerol, 21% PEG6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
分辨率 2.17 Å R-free 0.279
3VS3 Crystal structure of HCK complexed with a pyrrolo-pyrimidine inhibitor 7-[trans-4-(4-methylpiperazin-1-yl)cyclohexyl]-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine 提交 2012-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 81–526（446 aa） 片段：UNP residues 81-526
突变：Q528E, Q529E, Q530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） VSE 7-[trans-4-(4-methylpiperazin-1-yl)cyclohexyl]-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；288 K；0.1M Tris, 0.1M calcium acetate, 20% glycerol, 21% PEG6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
分辨率 2.17 Å R-free 0.279
3VS4 Crystal structure of HCK complexed with a pyrrolo-pyrimidine inhibitor 5-(4-phenoxyphenyl)-7-(tetrahydro-2H-pyran-4-yl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine 提交 2012-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 81–526（446 aa） 片段：UNP residues 81-526
突变：Q528E, Q529E, Q530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 VSF 5-(4-phenoxyphenyl)-7-(tetrahydro-2H-pyran-4-yl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.1M Tris, 0.1M calcium acetate, 20% glycerol, 21% PEG6000, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.75 Å R-free 0.265
3VS4 Crystal structure of HCK complexed with a pyrrolo-pyrimidine inhibitor 5-(4-phenoxyphenyl)-7-(tetrahydro-2H-pyran-4-yl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine 提交 2012-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 81–526（446 aa） 片段：UNP residues 81-526
突变：Q528E, Q529E, Q530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 VSF 5-(4-phenoxyphenyl)-7-(tetrahydro-2H-pyran-4-yl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.1M Tris, 0.1M calcium acetate, 20% glycerol, 21% PEG6000, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.75 Å R-free 0.265
3VS5 Crystal structure of HCK complexed with a pyrrolo-pyrimidine inhibitor 7-(1-methylpiperidin-4-yl)-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine 提交 2012-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 81–526（446 aa） 片段：UNP residues 81-526
突变：Q528E, Q529E, Q530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） VSG 7-(1-methylpiperidin-4-yl)-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.1M Tris, 0.1M calcium acetate, 20% glycerol, 21% PEG6000, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.85 Å R-free 0.309
3VS5 Crystal structure of HCK complexed with a pyrrolo-pyrimidine inhibitor 7-(1-methylpiperidin-4-yl)-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine 提交 2012-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 81–526（446 aa） 片段：UNP residues 81-526
突变：Q528E, Q529E, Q530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） VSG 7-(1-methylpiperidin-4-yl)-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.1M Tris, 0.1M calcium acetate, 20% glycerol, 21% PEG6000, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.85 Å R-free 0.309
3VS6 Crystal structure of HCK complexed with a pyrazolo-pyrimidine inhibitor tert-butyl {4-[4-amino-1-(propan-2-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-yl]-2-methoxyphenyl}carbamate 提交 2012-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 81–526（446 aa） 片段：UNP residues 81-526
突变：Q528E, Q529E, Q530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 VSH tert-butyl {4-[4-amino-1-(propan-2-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-yl]-2-methoxyphenyl}carbamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277 K；0.1M Tris, 0.1M calcium acetate, 20% glycerol, 21% PEG6000, pH 9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.37 Å R-free 0.280
3VS6 Crystal structure of HCK complexed with a pyrazolo-pyrimidine inhibitor tert-butyl {4-[4-amino-1-(propan-2-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-yl]-2-methoxyphenyl}carbamate 提交 2012-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 81–526（446 aa） 片段：UNP residues 81-526
突变：Q528E, Q529E, Q530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 VSH tert-butyl {4-[4-amino-1-(propan-2-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-yl]-2-methoxyphenyl}carbamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277 K；0.1M Tris, 0.1M calcium acetate, 20% glycerol, 21% PEG6000, pH 9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.37 Å R-free 0.280
3VS7 Crystal structure of HCK complexed with a pyrazolo-pyrimidine inhibitor 1-cyclopentyl-3-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine 提交 2012-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 81–526（446 aa） 片段：UNP residues 81-526
突变：Q528E, Q529E, Q530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） KS1 1-cyclopentyl-3-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.1M Tris, 0.1M calcium acetate, 20% glycerol, 21% PEG6000, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.290
3VS7 Crystal structure of HCK complexed with a pyrazolo-pyrimidine inhibitor 1-cyclopentyl-3-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine 提交 2012-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 81–526（446 aa） 片段：UNP residues 81-526
突变：Q528E, Q529E, Q530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） KS1 1-cyclopentyl-3-(1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine × 1 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.1M Tris, 0.1M calcium acetate, 20% glycerol, 21% PEG6000, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.290
4HCK HUMAN HCK SH3 DOMAIN, NMR, 25 STRUCTURES 提交 1998-03-09 当前字段一致 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 72–143（72 aa） 片段：SH3 DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.25；298 K
分辨率未提供
4LUD Crystal Structure of HCK in complex with the fluorescent compound SKF86002 提交 2013-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 81–526（446 aa） 片段：UNP residues 81-526
突变：Q502E/Q503E/Q504I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 2 SK8 6-(4-fluorophenyl)-5-(pyridin-4-yl)-2,3-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazole × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；288 K；0.1M Tris, 0.1M Calcium Acetate, 20% Glycerol, 24% PEG 6000, 2mM SKF86002, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
分辨率 2.85 Å R-free 0.261
4LUD Crystal Structure of HCK in complex with the fluorescent compound SKF86002 提交 2013-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 81–526（446 aa） 片段：UNP residues 81-526
突变：Q502E/Q503E/Q504I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 1 SK8 6-(4-fluorophenyl)-5-(pyridin-4-yl)-2,3-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazole × 1 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；288 K；0.1M Tris, 0.1M Calcium Acetate, 20% Glycerol, 24% PEG 6000, 2mM SKF86002, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
分辨率 2.85 Å R-free 0.261
4LUE Crystal Structure of HCK in complex with 7-[trans-4-(4-methylpiperazin-1-yl)cyclohexyl]-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine (resulting from displacement of SKF86002) 提交 2013-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 81–526（446 aa） 片段：UNP residues 81-526
突变：Q502E/Q503E/Q504I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 1 VSE 7-[trans-4-(4-methylpiperazin-1-yl)cyclohexyl]-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；288 K；0.1M Tris, 0.1M Calcium Acetate, 20% Glycerol, 24% PEG 6000, 2mM SKF86002, soaked with 2mM inhibitor in DMSO., pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
分辨率 3.04 Å R-free 0.256
4LUE Crystal Structure of HCK in complex with 7-[trans-4-(4-methylpiperazin-1-yl)cyclohexyl]-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine (resulting from displacement of SKF86002) 提交 2013-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 81–526（446 aa） 片段：UNP residues 81-526
突变：Q502E/Q503E/Q504I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 1 VSE 7-[trans-4-(4-methylpiperazin-1-yl)cyclohexyl]-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 IMD IMIDAZOLE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；288 K；0.1M Tris, 0.1M Calcium Acetate, 20% Glycerol, 24% PEG 6000, 2mM SKF86002, soaked with 2mM inhibitor in DMSO., pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
分辨率 3.04 Å R-free 0.256
4ORZ HIV-1 Nef protein in complex with single domain antibody sdAb19 and an engineered Hck SH3 domain 提交 2014-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 77–138（62 aa） 片段：SH3 domain, UNP residues 77-138
突变：E90Y, A91S, I92P, H93F, H94S, E95W 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；About 0.1 micro L of protein solution at 10 mg/ml concentration was mixed with 0.1 micro L of reservoir solution from a 70 L reservoir in 96-well Hampton 3553 crystallization plates. Initial crystals of NefSF2 sdAb19 SH3B6 could be obtained in 0.2 M potassium formate and 20% polyethylene glycol (PEG) 3350. Crystal conditions were optimized to 0.2 M potassium formate, 17.5% polyethylene glycol (PEG) 3350 and 0.35 M ammonium chloride grown by hanging-drop vapor diffusion in Linbro crystallization plates. , pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.236
4U5W Crystal Structure of HIV-1 Nef-SF2 Core Domain in Complex with the Src Family Kinase Hck SH3-SH2 Tandem Regulatory Domains 提交 2014-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 72–242（171 aa） 片段：SH3-SH2 domain, UNP residues 72-242
链 D 72–242（171 aa） 片段：SH3-SH2 domain, UNP residues 72-242
未记录 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 IOD IODIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.09 M ADA, pH 6.5, 10.8% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 100 mM NaI
分辨率 1.86 Å R-free 0.195
5H09 Crystal structure of HCK complexed with a pyrrolo-pyrimidine inhibitor (S)-ethyl2-(((1r,4S)-4-(4-amino-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl)cyclohexyl)amino)-4-methylpentanoate 提交 2016-10-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 81–526（446 aa） 片段：UNP RESIDUES 81-526
突变：Q523E, Q524E, Q525I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） OOO ethyl (2~{S})-2-[[4-[4-azanyl-5-(4-phenoxyphenyl)pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl]cyclohexyl]amino]-4-methyl-pentanoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.22-0.25 M ammonium formate, 12-22 % PEG 3350
分辨率 1.95 Å R-free 0.223
5H0B Crystal structure of HCK complexed with a pyrrolo-pyrimidine inhibitor (S)-2-(((1r,4S)-4-(4-amino-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl)cyclohexyl)amino)-4-methylpentanoic acid 提交 2016-10-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 81–526（446 aa） 片段：UNP RESIDUES 81-526
突变：Q523E, Q524E, Q525I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） OOQ (2~{S})-2-[[4-[4-azanyl-5-(4-phenoxyphenyl)pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl]cyclohexyl]azaniumyl]-4-methyl-pentanoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.22-0.25 M ammonium formate, 12-22 % PEG 3350
分辨率 1.65 Å R-free 0.205
5H0E Crystal structure of HCK complexed with a pyrrolo-pyrimidine inhibitor (S)-2-(((1r,4S)-4-(4-amino-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl)cyclohexyl)amino)-4-methylpentanamide 提交 2016-10-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 81–526（446 aa） 片段：UNP RESIDUES 81-526
突变：Q523E, Q524E, Q525I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） OOS (2~{S})-2-[[4-[4-azanyl-5-(4-phenoxyphenyl)pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl]cyclohexyl]amino]-4-methyl-pentanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.22-0.25M ammonium formate, 12-22% PEG 3350
分辨率 2.10 Å R-free 0.226
5H0G Crystal structure of HCK complexed with a pyrrolo-pyrimidine inhibitor (S)-2-(((1r,4S)-4-(4-amino-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl)cyclohexyl)amino)-N,4-dimethylpentanamide 提交 2016-10-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 81–526（446 aa） 片段：UNP RESIDUES 81-526
突变：Q523E, Q524E, Q525I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） OOU (2~{S})-2-[[4-[4-azanyl-5-(4-phenoxyphenyl)pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl]cyclohexyl]amino]-~{N},4-dimethyl-pentanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.22-0.25 M ammonium formate, 12-22 % PEG 3350
分辨率 1.80 Å R-free 0.224
5H0H Crystal structure of HCK complexed with a pyrrolo-pyrimidine inhibitor (S)-2-(((1r,4S)-4-(4-amino-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl)cyclohexyl)amino)-N,N,4-trimethylpentanamide 提交 2016-10-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 81–526（446 aa） 片段：UNP RESIDUES 81-526
突变：Q523E, Q524E, Q525I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） OOV (2~{S})-2-[[4-[4-azanyl-5-(4-phenoxyphenyl)pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl]cyclohexyl]amino]-~{N},~{N},4-trimethyl-pentanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.22-0.25 M ammonium formate, 12-22 % PEG 3350
分辨率 1.72 Å R-free 0.224
5NUH Crystal structure of SIVmac239 Nef bound to an engineered Hck SH3 domain 提交 2017-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 78–90（13 aa）
链 D 96–138（43 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；12% PEG 3350, 0.15 M tri-lithium-citrat, 1% 1.6 hexandiol
分辨率 2.78 Å R-free 0.229
5NUH Crystal structure of SIVmac239 Nef bound to an engineered Hck SH3 domain 提交 2017-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 78–90（13 aa）
链 C 96–138（43 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；12% PEG 3350, 0.15 M tri-lithium-citrat, 1% 1.6 hexandiol
分辨率 2.78 Å R-free 0.229
5ZJ6 Crystal structure of HCK kinase complexed with a pyrrolo-pyrimidine inhibitor 7-[trans-4-(4-methylpiperazin-1-yl)cyclohexyl]-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine 提交 2018-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 242–521（280 aa）
链 B 242–521（280 aa）
未记录 VSE 7-[trans-4-(4-methylpiperazin-1-yl)cyclohexyl]-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；288 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5) 25 % (v/v) PEG 10,000
分辨率 1.70 Å R-free 0.240
8F2P Nef SF2 dimerization mutant bound to Hck SH3 提交 2022-11-08 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 77–140（64 aa） 片段：Hck SH3 domain (UNP residues 77-140)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.1 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 12% v/v MPD
分辨率 2.63 Å R-free 0.252
9BYJ Crystal Structure of Hck in complex with the Src-family kinase inhibitor A-419259 提交 2024-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 81–526（446 aa）
突变：Q523E,Q524E,Q525I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） VSE 7-[trans-4-(4-methylpiperazin-1-yl)cyclohexyl]-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 SCN THIOCYANATE ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10 mM Tris-HCl, pH 8.3, 75 mM NaCl, 5% glycerol, 2 mM TCEP, 0.1 M sodium thiocyanate, 10% w/v PEG 3350, 0.095 mM 7-[trans-4-(4-Methyl-1-piperazinyl)cyclohexyl]-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-Pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine, 0.5 mM N~2~-{[2-(2,4-difluorophenoxy)pyridin-3-yl]methyl}-N~4~-isopropylpyrimidine-2,4-diamine,1 % DMSO
分辨率 1.80 Å R-free 0.219

共 39 个其他 PDB 条目、59 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HCK_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–72； UniProt 72–143

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5hck

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5hck
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5hck
沉积日期 deposition_date1998-03-09
结构标题 titleHUMAN HCK SH3 DOMAIN, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
关键词 keywordsSH3, PROTEIN TYROSINE KINASE, SIGNAL TRANSDUCTION, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron10.85 Å
零角强度 I(0) i01165460.00
分子量 molecular_weight7023.0 kDa
排除体积 excluded_volume8741 ų
包络体积 envelope_volume9774 ų
水化壳体积 shell_volume7949 ų
包络直径 envelope_diameter39.5 Å
壳层 Rg shell_rg16.07 Å
包络 Rg envelope_rg11.28 Å
形状 Rg shape_rg10.83 Å
总 Rg total_rg12.32 Å
总原子数 total_atoms966
残基数 n_residues61
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax41.2 Å
Rg (实空间) rg_real12.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1650e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1710e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1165000.0000
解质量估计 total_estimate0.7015
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary16.2 Å
偏度 Skewness skewness0.152
峰度 Kurtosis kurtosis-0.243
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha192400.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.792; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.256; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.974
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd5hcka_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.2 — SH3-domain
家族 Family familyb.34.2.1 — SH3-domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5hckA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)