5hdy

The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 56.4 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Disks large homolog 4

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 302–402	片段：PDZ-3 domain (UNP residues 302-402)	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；289 K；Equal amounts (1.5 microliters) of protein (9 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against microliters of crystallization buffer (1.0 M sodium citrate) at 289 K. Diamond-shaped crystals appeared either spontaneously or with microseeding after 1-5 days and grew to 100-200 microns in length over several weeks.	分辨率 1.80 Å R-free 0.220

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5HDY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BE9 THE THIRD PDZ DOMAIN FROM THE SYNAPTIC PROTEIN PSD-95 IN COMPLEX WITH A C-TERMINAL PEPTIDE DERIVED FROM CRIPT. 提交 1998-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 295–420（126 aa）片段：THE THIRD PDZ DOMAIN OF PSD-95	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.8 M SODIUM CITRATE, 0.1 M HEPES, PH 7.5	分辨率 1.82 Å R-free 0.278
1BFE THE THIRD PDZ DOMAIN FROM THE SYNAPTIC PROTEIN PSD-95 提交 1998-05-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 302–402（101 aa）片段：THE THIRD PDZ DOMAIN OF PSD-95	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.8 M SODIUM CITRATE, 0.1 M HEPES, PH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.315
1IU0 The first PDZ domain of PSD-95 提交 2002-02-18	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 61–151（91 aa）片段：PDZ1 domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM KCl；压力 1 NMR样品组成 20mM KPi \| 10% D2O, 90% H2O NMR样品组成 20mM KPi \| 100% D2O	分辨率未提供
1IU2 The first PDZ domain of PSD-95 提交 2002-02-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 61–151（91 aa）片段：PDZ1 domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM KCl；压力 1 NMR样品组成 20mM KPi, 100mM KCl \| 10% D2O, 90% H2O NMR样品组成 20mM KPi, 100mM KCl \| 100% D2O	分辨率未提供
1JXM CRYSTAL STRUCTURE OF THE GMP BOUND SH3-HOOK-GK FRAGMENT OF PSD-95 提交 2001-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 430–724（295 aa）片段：SH3-HOOK-GK	未记录	5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 GAI GUANIDINE × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.7；277 K；2-methyl-2,4-pentanediol, HEPES buffer, guanidine, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.260
1JXO Crystal Structure of the SH3-HOOK-GK Fragment of PSD-95 提交 2001-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 430–724（295 aa）片段：SH3-HOOK-GK	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；277 K；2-methyl-2,4-pentanediol, MES buffer, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.264
1JXO Crystal Structure of the SH3-HOOK-GK Fragment of PSD-95 提交 2001-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 430–724（295 aa）片段：SH3-HOOK-GK	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；277 K；2-methyl-2,4-pentanediol, MES buffer, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.264
1KJW SH3-Guanylate Kinase Module from PSD-95 提交 2001-12-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 430–724（295 aa）片段：SH3 Domain/Guanylate Kinase Domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；288 K；Ammonium sulfate, PEG 4000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 15K	分辨率 1.80 Å R-free 0.250
1QLC Solution structure of the second PDZ domain of Postsynaptic Density-95 提交 1999-08-25	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 155–249（95 aa）片段：THE SECOND PDZ DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1	分辨率未提供
1RGR Cyclic Peptides Targeting PDZ Domains of PSD-95: Structural Basis for Enhanced Affinity and Enzymatic Stability 提交 2003-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 62–154（93 aa）片段：PDZ1 domain of PSD-95	未记录	BAL BETA-ALANINE × 1	SOLUTION NMR NMR样品组成 1mM PZ1 U-15N,13C, 3mM peptide, 10 mM phospate buffer 150 mM NaCl, pH 6.8 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1TP3 PDZ3 domain of PSD-95 protein complexed with KKETPV peptide ligand 提交 2004-06-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 302–402（101 aa）片段：PDZ 3; residues 302-402	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；295 K；1.0 M sodium citrate, 0.1 M HEPES, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.99 Å R-free 0.296
1TP5 Crystal structure of PDZ3 domain of PSD-95 protein complexed with a peptide ligand KKETWV 提交 2004-06-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 302–402（101 aa）片段：third PDZ domain (residues 302-402)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；288 K；1.0 M sodium citrate, 0.1 M HEPES, 10 mM sodium chloride, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 1.54 Å R-free 0.229
1TP5 Crystal structure of PDZ3 domain of PSD-95 protein complexed with a peptide ligand KKETWV 提交 2004-06-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 302–402（101 aa）片段：third PDZ domain (residues 302-402)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；288 K；1.0 M sodium citrate, 0.1 M HEPES, 10 mM sodium chloride, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 1.54 Å R-free 0.229
1TQ3 Higher resolution crystal structure of the third PDZ domain of post synaptic PSD-95 protein 提交 2004-06-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 302–402（101 aa）片段：third PDZ domain (residues 302-402)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；295 K；1.0 M sodium citrate, 0.1 M HEPES, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.89 Å R-free 0.296
2KA9 Solution structure of PSD-95 PDZ12 complexed with cypin peptide 提交 2008-11-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 61–249（189 aa）片段：N-terminal PDZ12 domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成 1mM [U-15N] PSD95 PDZ12, 1mM cypin peptide, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MHO Solution State Structure PSD-95 PDZ1 with 5HT2C Receptor peptide 提交 2013-11-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 60–155（96 aa）片段：PDZ 1, UNP residues 60-155	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] protein_1, 2.5 mM protein_2, 1 mM DTT, 0.01 w/v sodium azide, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2XKX Single particle analysis of PSD-95 in negative stain 提交 2010-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–724（724 aa）链 B 1–724（724 aa）	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	实验方法未声明 cryo-EM缓冲液 20MM TRIS/HCL, 5MM DTT, 1MM EDTA,；pH 7.5；20MM TRIS/HCL, 5MM DTT, 1MM EDTA,	分辨率 22.90 Å
3GSL Crystal structure of PSD-95 tandem PDZ domains 1 and 2 提交 2009-03-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 61–249（189 aa）片段：PDZ domains 1 and 2: UNP residues 61-249	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；35% v/v 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M Tris-HCl pH 7.0. 0.2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.05 Å R-free 0.281
3GSL Crystal structure of PSD-95 tandem PDZ domains 1 and 2 提交 2009-03-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 61–249（189 aa）片段：PDZ domains 1 and 2: UNP residues 61-249	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；35% v/v 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M Tris-HCl pH 7.0. 0.2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.05 Å R-free 0.281
3WP0 Crystal structure of Dlg GK in complex with a phosphor-Lgl2 peptide 提交 2014-01-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 531–713（183 aa）片段：UNP residues 533-713	未记录	GOL GLYCEROL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；0.2M lithium chloride, 20% PEG3350, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.04 Å R-free 0.202
3WP1 Phosphorylation-dependent interaction between tumor suppressors Dlg and Lgl 提交 2014-01-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 531–713（183 aa）片段：UNP residues 531-713	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
5D13 Third PDZ domain (PDZ3) of PSD-95 complexed with CFMOC-KKETEV peptide 提交 2015-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 302–402（101 aa）片段：unp residues 302-402	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；20 mM HEPES 100 mM NaCl 1.8 M tri-sodium citrate	分辨率 2.15 Å R-free 0.257
5D13 Third PDZ domain (PDZ3) of PSD-95 complexed with CFMOC-KKETEV peptide 提交 2015-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 302–402（101 aa）片段：unp residues 302-402	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；20 mM HEPES 100 mM NaCl 1.8 M tri-sodium citrate	分辨率 2.15 Å R-free 0.257
5D13 Third PDZ domain (PDZ3) of PSD-95 complexed with CFMOC-KKETEV peptide 提交 2015-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 302–402（101 aa）片段：unp residues 302-402	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；20 mM HEPES 100 mM NaCl 1.8 M tri-sodium citrate	分辨率 2.15 Å R-free 0.257
5D13 Third PDZ domain (PDZ3) of PSD-95 complexed with CFMOC-KKETEV peptide 提交 2015-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 302–402（101 aa）片段：unp residues 302-402	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；20 mM HEPES 100 mM NaCl 1.8 M tri-sodium citrate	分辨率 2.15 Å R-free 0.257
5GNV Structure of PSD-95/MAP1A complex reveals unique target recognition mode of MAGUK GK domain 提交 2016-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 531–713（183 aa）片段：UNP residues 531-713	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；289 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5 and 25%(w/v) polyethylene glycol 3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.257
5HEB The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 in complex with a C-terminal peptide derived from CRIPT 提交 2016-01-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 302–402（101 aa）片段：PDZ-3 domain (UNP residues 302-402)	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；Peptide was included in protein buffer to a final molar ratio of 2:1 relative to protein. Reservoir solution contained 1 M sodium citrate, pH 7.0. Equal amounts (1.5 microliters) of protein (9 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against 500 microliters of crystallization buffer.	分辨率 1.65 Å R-free 0.195
5HED The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 in complex with a mutant C-terminal peptide derived from CRIPT (T-2F) 提交 2016-01-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 302–402（101 aa）片段：PDZ-3 domain (UNP residues 302-402)	突变：T-2F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；289 K；Peptide was included in protein buffer to a final molar ratio of 2:1 relative to protein. Reservoir solution contained 1.125 M sodium citrate, pH 7.1. Equal amounts (1.5 microliters) of protein (9 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against 500 microliters of crystallization buffer.	分辨率 1.70 Å R-free 0.197
5HET The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 (G330T mutant) 提交 2016-01-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 302–402（101 aa）片段：PDZ-3 domain (UNP residues 302-402)	突变：G330T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；Reservoir solution contained 1.05 M sodium citrate, pH 7.0. Equal amounts (1.5 microliters) of protein (7 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against 500 microliters of crystallization buffer.	分辨率 2.00 Å R-free 0.213
5HEY The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 (G330T mutant) in complex with a C-terminal peptide derived from CRIPT 提交 2016-01-06	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 302–402（101 aa）片段：PDZ-3 domain (UNP residues 302-402)	突变：G330T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；Peptide was included in protein buffer to a final molar ratio of 2:1 relative to protein. Reservoir solution contained 1.2 M sodium citrate, pH 7.0. Equal amounts (1.5 microliters) of protein (8 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against 500 microliters of crystallization buffer.	分辨率 1.50 Å R-free 0.203
5HF1 The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 (G330T mutant) in complex with a mutant C-terminal peptide derived from CRIPT (T-2F) 提交 2016-01-06	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 302–402（101 aa）片段：PDZ-3 domain (UNP residues 302-402)	突变：G330T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；289 K；Peptide was included in protein buffer to a final molar ratio of 2:1 relative to protein. Reservoir solution contained 1.2 M sodium citrate, pH 6.8. Equal amounts (1.5 microliters) of protein (9 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against 500 microliters of crystallization buffer.	分辨率 1.75 Å R-free 0.218
5HF4 The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 (H372A mutant) 提交 2016-01-06	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 302–402（101 aa）片段：PDZ-3 domain (UNP residues 302-402)	突变：H372A	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；Reservoir solution contained 0.95 M sodium citrate, pH 7.0. Equal amounts (1.5 microliters) of protein (9 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against 500 microliters of crystallization buffer.	分辨率 1.75 Å R-free 0.221
5HFB The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 (H372A mutant) in complex with a C-terminal peptide derived from CRIPT 提交 2016-01-06	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 302–402（101 aa）片段：PDZ-3 domain (UNP residues 302-402)	突变：H372A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；Peptide was included in protein buffer to a final molar ratio of 2:1 relative to protein. Reservoir solution contained 1.2 M sodium citrate, pH 7.0. Equal amounts (1.5 microliters) of protein (8 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against 500 microliters of crystallization buffer.	分辨率 1.62 Å R-free 0.203
5HFC The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 (H372A mutant) in complex with a mutant C-terminal peptide derived from CRIPT (T-2F) 提交 2016-01-06	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 302–402（101 aa）片段：PDZ-3 domain (UNP residues 302-402)	突变：H372A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；Peptide was included in protein buffer to a final molar ratio of 2:1 relative to protein. Reservoir solution contained 1.05 M sodium citrate, pH 7.0. Equal amounts (1.5 microliters) of protein (7 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against 500 microliters of crystallization buffer.	分辨率 1.85 Å R-free 0.207
5HFD The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 (G330T, H372A double mutant) 提交 2016-01-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 302–402（101 aa）片段：PDZ-3 domain (UNP residues 302-402)	突变：G330T H372A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；Reservoir solution contained 1 M sodium citrate, pH 7.0. Equal amounts (1.5 microliters) of protein (13 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against 500 microliters of crystallization buffer.	分辨率 1.60 Å R-free 0.197
5HFE The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 (G330T, H372A double mutant) in complex with a C-terminal peptide derived from CRIPT 提交 2016-01-06	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 302–402（101 aa）片段：PDZ-3 domain (UNP residues 302-402)	突变：G330T H372A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；Peptide was included in protein buffer to a final molar ratio of 2:1 relative to protein. Reservoir solution contained 1.25 M sodium citrate, pH 7.0. Equal amounts (1.5 microliters) of protein (9 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against 500 microliters of crystallization buffer.	分辨率 1.80 Å R-free 0.211
5HFF The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 (G330T, H372A double mutant) in complex with a mutant C-terminal peptide derived from CRIPT (T-2F) 提交 2016-01-06	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 302–402（101 aa）片段：PDZ-3 domain (UNP residues 302-402)	突变：G330T, H372A	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.75；289 K；Peptide was included in protein buffer to a final molar ratio of 2:1 relative to protein. Reservoir solution contained 1.2 M sodium citrate, pH 6.75. Equal amounts (1.5 microliters) of protein (7 mg/mL) and reservoir solution were mixed and equillibrated against 500 microliters of crystallization buffer.	分辨率 1.75 Å R-free 0.221
5MZ7 Crystal Structure of the third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 with incorporated Azidohomoalanine 提交 2017-01-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 303–402（100 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；1.1 M sodium citrate, 0.1 M HEPES	分辨率 1.53 Å R-free 0.221
5MZ7 Crystal Structure of the third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 with incorporated Azidohomoalanine 提交 2017-01-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 303–402（100 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；1.1 M sodium citrate, 0.1 M HEPES	分辨率 1.53 Å R-free 0.221
5MZ7 Crystal Structure of the third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 with incorporated Azidohomoalanine 提交 2017-01-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 303–402（100 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；1.1 M sodium citrate, 0.1 M HEPES	分辨率 1.53 Å R-free 0.221
5MZ7 Crystal Structure of the third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95 with incorporated Azidohomoalanine 提交 2017-01-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 303–402（100 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；1.1 M sodium citrate, 0.1 M HEPES	分辨率 1.53 Å R-free 0.221
5W72 Impact of IR active probes on PDZ3 and its ligand binding studied by NMR and X-ray crystallography 提交 2017-06-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 301–402（102 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] PDZ3, 50 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5YPO Crystal structure of PSD-95 GK domain in complex with phospho-SAPAP peptide 提交 2017-11-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 531–713（183 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；289 K；Condition: 0.1 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 17% w/v Polyethylene glycol 10000	分辨率 2.29 Å R-free 0.226
5YPO Crystal structure of PSD-95 GK domain in complex with phospho-SAPAP peptide 提交 2017-11-02	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 531–713（183 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；289 K；Condition: 0.1 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 17% w/v Polyethylene glycol 10000	分辨率 2.29 Å R-free 0.226
5YPR Crystal Structure of PSD-95 SH3-GK domain in complex with a synthesized inhibitor 提交 2017-11-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 426–721（296 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；277 K；0.1M tris pH 8.0, 35% tert-Butanol	分辨率 2.35 Å R-free 0.264
7CQF Crystal structure of PSD-95 PDZ3 fused with ADAM22 C-terminal peptide 提交 2020-08-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 309–422（114 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 CHT CHOLINE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M choline chloride, 0.1 M Tris-HCl (pH 7.5), 14 % (w/v) PEG 2000 MME	分辨率 1.80 Å R-free 0.205
7F7G a linear Peptide Inhibitors in complex with GK domain 提交 2021-06-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 531–713（183 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；(0.02 M Citric acid, 0.08 M BIS-TRIS propane / pH 8.8), 16% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.45 Å R-free 0.256
7F7G a linear Peptide Inhibitors in complex with GK domain 提交 2021-06-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 531–713（183 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；(0.02 M Citric acid, 0.08 M BIS-TRIS propane / pH 8.8), 16% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.45 Å R-free 0.256
7F7I Stapled Peptide Inhibitor in complex with PSD95 GK domain 提交 2021-06-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 531–713（183 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；35 % w/v PEP 629, 100 mM HEPES (pH7.5)	分辨率 2.60 Å R-free 0.262
7F7I Stapled Peptide Inhibitor in complex with PSD95 GK domain 提交 2021-06-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 531–713（183 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；35 % w/v PEP 629, 100 mM HEPES (pH7.5)	分辨率 2.60 Å R-free 0.262
7F7I Stapled Peptide Inhibitor in complex with PSD95 GK domain 提交 2021-06-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 531–713（183 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；35 % w/v PEP 629, 100 mM HEPES (pH7.5)	分辨率 2.60 Å R-free 0.262
7F7I Stapled Peptide Inhibitor in complex with PSD95 GK domain 提交 2021-06-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 531–713（183 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；35 % w/v PEP 629, 100 mM HEPES (pH7.5)	分辨率 2.60 Å R-free 0.262
7F7I Stapled Peptide Inhibitor in complex with PSD95 GK domain 提交 2021-06-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 531–713（183 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；35 % w/v PEP 629, 100 mM HEPES (pH7.5)	分辨率 2.60 Å R-free 0.262
7F7I Stapled Peptide Inhibitor in complex with PSD95 GK domain 提交 2021-06-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 531–713（183 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；35 % w/v PEP 629, 100 mM HEPES (pH7.5)	分辨率 2.60 Å R-free 0.262
9IUI Crystal structure of PSD-95 GK domain in complex with GK_FingR 提交 2024-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 531–713（183 aa）片段：GK domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；289 K；0.1M Sodium Citrate pH 5.0, 20% PEG 20000	分辨率 1.93 Å R-free 0.278
9IUI Crystal structure of PSD-95 GK domain in complex with GK_FingR 提交 2024-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 531–713（183 aa）片段：GK domain	未记录	GOL GLYCEROL × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；289 K；0.1M Sodium Citrate pH 5.0, 20% PEG 20000	分辨率 1.93 Å R-free 0.278
9UDJ Crystal structure of PSD95 in complex with 4-dimethylaminophenol 提交 2025-04-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 533–713（181 aa）片段：Guanylate kinase-like	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.5), 18% w/v Polyethylene glycol 3,350.	分辨率 2.44 Å R-free 0.274
9UDJ Crystal structure of PSD95 in complex with 4-dimethylaminophenol 提交 2025-04-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 533–713（181 aa）片段：Guanylate kinase-like	未记录	A1EOW 4-(dimethylamino)phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.5), 18% w/v Polyethylene glycol 3,350.	分辨率 2.44 Å R-free 0.274

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	DLG4_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–106； UniProt 302–402

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5hdy
沉积日期 deposition_date	2016-01-05
结构标题 title	The third PDZ domain from the synaptic protein PSD-95
关键词 keywords	PDZ, GLGF, DHR, adhesion, synapse, synaptic density, peptide-binding domain, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.26 Å
零角强度 I(0) i0	3498280.00
分子量 molecular_weight	12666.0 kDa
排除体积 excluded_volume	15685 Å³
包络体积 envelope_volume	18323 Å³
水化壳体积 shell_volume	11291 Å³
包络直径 envelope_diameter	53.5 Å
壳层 Rg shell_rg	19.65 Å
包络 Rg envelope_rg	14.76 Å
形状 Rg shape_rg	14.26 Å
总 Rg total_rg	15.41 Å
总原子数 total_atoms	1770
残基数 n_residues	117
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	56.4 Å
Rg (实空间) rg_real	15.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4980e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0730e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3498000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8466
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.240
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.262
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	528400.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.688; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.946; Smooth: 0.993

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Disks large homolog 4
分子量 formula_weight	12738.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2337

GSPEFLGEEDIPREPRRIVIHRGSTGLGFNIVGGEDGEGIFISFILAGGPADLSGELRKGDQILSVNGVDLRNASHEQAAIALKNAGQTVTIIAQYKPEEYSRFEANSRVDSSGRIVTD

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	117

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d5hdya1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.1 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	d5hdya2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5hdya3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5hdyA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	89.657 Å
晶胞边长 b length_b	89.657 Å
晶胞边长 c length_c	89.657 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 41 3 2
空间群编号 int_tables_number	213
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.801 Å
最低分辨率 resolution_low	40.096 Å
R 因子 r_factor	0.1899
R_work r_work	0.1865
R_free r_free	0.2198

fit	/app/data/saxs_computation/hd/5hdy/5hdy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hd/5hdy/5hdy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hd/5hdy/5hdy.dat