5hen

Crystal structure of the N-terminus R100L bromodomain mutant of human BRD2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 77.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bromodomain-containing protein 2

Homo sapiens

UniProt P25440

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 71–194 突变:R100L EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;277 K;1 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.3 分辨率 1.79 Å R-free 0.223
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 71–194 突变:R100L EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;277 K;1 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.3 分辨率 1.79 Å R-free 0.223
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 71–194 突变:R100L EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;277 K;1 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.3 分辨率 1.79 Å R-free 0.223

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 164 个其他 PDB 条目、262 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BRD2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–126; UniProt 71–194 作者链 B; PDB构建体 3–126; UniProt 71–194 作者链 C; PDB构建体 3–126; UniProt 71–194

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5hen

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5hen
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5hen
沉积日期 deposition_date2016-01-06
结构标题 titleCrystal structure of the N-terminus R100L bromodomain mutant of human BRD2
关键词 keywordsTranscription regulation, post translational modifications recognition, transcription; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.63
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.99
零角强度 I(0) i023766800.00
分子量 molecular_weight38742.0 kDa
排除体积 excluded_volume49197 ų
包络体积 envelope_volume59116 ų
水化壳体积 shell_volume22292 ų
包络直径 envelope_diameter82.7
壳层 Rg shell_rg29.09
包络 Rg envelope_rg23.06
形状 Rg shape_rg23.00
总 Rg total_rg23.79
总原子数 total_atoms2719
残基数 n_residues325
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax77.0
Rg (实空间) rg_real23.66
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58
I(0) (实空间) i0_real2.3770e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4600e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.66
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23770000.0000
解质量估计 total_estimate0.8090
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.9
偏度 Skewness skewness0.368
峰度 Kurtosis kurtosis-0.402
角度范围 angular_range— – 0.3350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9268000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 0.994; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.947; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd5hena_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamilya.29.2 — Bromodomain
家族 Family familya.29.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5henb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamilya.29.2 — Bromodomain
家族 Family familya.29.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5henc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamilya.29.2 — Bromodomain
家族 Family familya.29.2.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id5henA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bromodomain-like
结构域编号 domain_id5henB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bromodomain-like
结构域编号 domain_id5henC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bromodomain-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)