Protein claret segregational,Minus-end kinesin-1/kinesin-14,Protein claret segregational
Drosophila melanogaster
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 325–348 链 A; UniProt 664–700 | 未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;PEG 3350, Ammonium sulfate, HEPES Benzamidine-HCl, ADP | 分辨率 2.90 Å R-free 0.287 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 5HLE | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1CZ7 THE CRYSTAL STRUCTURE OF A MINUS-END DIRECTED MICROTUBULE MOTOR PROTEIN NCD REVEALS VARIABLE DIMER CONFORMATIONS 提交 1999-09-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
295–700(406 aa)
片段:CONSTRUCT MC5 FROM NCD
链 B
295–700(406 aa)
片段:CONSTRUCT MC5 FROM NCD
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.2;292 K;PEG 4000, NACL, MGCL2, K3PO4, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.294 |
| 1CZ7 THE CRYSTAL STRUCTURE OF A MINUS-END DIRECTED MICROTUBULE MOTOR PROTEIN NCD REVEALS VARIABLE DIMER CONFORMATIONS 提交 1999-09-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 C
295–700(406 aa)
片段:CONSTRUCT MC5 FROM NCD
链 D
295–700(406 aa)
片段:CONSTRUCT MC5 FROM NCD
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.2;292 K;PEG 4000, NACL, MGCL2, K3PO4, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.294 |
| 1CZ7 THE CRYSTAL STRUCTURE OF A MINUS-END DIRECTED MICROTUBULE MOTOR PROTEIN NCD REVEALS VARIABLE DIMER CONFORMATIONS 提交 1999-09-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 C
295–700(406 aa)
片段:CONSTRUCT MC5 FROM NCD
链 D
295–700(406 aa)
片段:CONSTRUCT MC5 FROM NCD
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.2;292 K;PEG 4000, NACL, MGCL2, K3PO4, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.294 |
| 1N6M Rotation of the stalk/neck and one head in a new crystal structure of the kinesin motor protein, Ncd 提交 2002-11-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
293–700(408 aa)
片段:NCD
链 B
293–700(408 aa)
片段:NCD
|
突变:N600K 突变:N600K | MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;291 K;PEG 8000, NaCl, Sodium Phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.302 |
| 1N6M Rotation of the stalk/neck and one head in a new crystal structure of the kinesin motor protein, Ncd 提交 2002-11-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
293–700(408 aa)
片段:NCD
链 B
293–700(408 aa)
片段:NCD
|
突变:N600K 突变:N600K | MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;291 K;PEG 8000, NaCl, Sodium Phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.302 |
| 2NCD NCD (NON-CLARET DISJUNCTIONAL) DIMER FROM D. MELANOGASTER 提交 1999-06-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
281–700(420 aa)
片段:RESIDUES 281-700
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 8 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;THE MOTHER LIQUOR CONTAINED PROTEIN AT ABOUT 20 MG/ML, 2 MM ADP, 10 MM MGCL2,
100 MM NACL, 700 MM LI2SO4, 1 MM EGTA, AND 1 MM DTT IN 20 MM HEPES, PH 7.5.
THE RESERVOIR WAS 1.4 M LI2SO4, 10 MM MGCL2, 1 MM EGTA, 1 MM DTT IN 20 MM
HEPES, PH 7.5., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.270 |
| 3L1C Kinesin-14 Protein Ncd, T436S Mutant 提交 2009-12-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
293–674(382 aa)
片段:residues 293-674
链 B
293–674(382 aa)
片段:residues 293-674
|
突变:T436S 突变:T436S | MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.75 Å R-free 0.292 |
| 3U06 Crystal structure of the kinesin-14 NcdG347D 提交 2011-09-28 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
293–700(408 aa)
片段:unp residues 293-700
链 B
293–700(408 aa)
片段:unp residues 293-700
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;288 K;Bis-Tris propane, Na2SO4, PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.250 |
| 5HNW Structural basis of backwards motion in kinesin-14: minus-end directed nKn664 in the AMPPNP state 提交 2016-01-19 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 K
325–348(24 aa)
片段:UNP RESIDUES 325-348, 664-700
链 K
664–700(37 aa)
片段:UNP RESIDUES 325-348, 664-700
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TA1 TAXOL × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.60 Å |
| 5HNX Structural basis of backwards motion in kinesin-14: minus-end directed nKn664 in the nucleotide-free state 提交 2016-01-19 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 K
325–348(24 aa)
片段:UNP residues 325-348,UNP residues 664-700
链 K
664–700(37 aa)
片段:UNP residues 325-348,UNP residues 664-700
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TA1 TAXOL × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.60 Å |
| 5HNY Structural basis of backwards motion in kinesin-14: plus-end directed nKn669 in the AMPPNP state 提交 2016-01-19 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 K
325–348(24 aa)
片段:UNP residues 325-348, UNP residues 664-700
链 K
669–700(32 aa)
片段:UNP residues 325-348, UNP residues 664-700
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TA1 TAXOL × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.30 Å |
| 5HNZ Structural basis of backwards motion in kinesin-14: plus-end directed nKn669 in the nucleotide-free state 提交 2016-01-19 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 K
325–348(24 aa)
片段:UNP residues 325-348,UNP residues 664-700
链 K
669–700(32 aa)
片段:UNP residues 325-348,UNP residues 664-700
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TA1 TAXOL × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.80 Å |
| 5W3D The structure of kinesin-14 wild-type Ncd-ADP dimer 提交 2017-06-07 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
293–700(408 aa)
链 B
293–700(408 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;291 K;50 mM sodium phosphate, 7 mM dithiothreitol, 10 mM magnesium chloride, 700 mM sodium chloride, 13% PEG8000 (w/v)
|
分辨率 2.79 Å R-free 0.280 |
| 8YUE Crystal structure of the kinesin-14 motor protein from Drosophila melanogaster 提交 2024-03-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
293–680(388 aa)
链 B
293–680(388 aa)
|
突变:Y485K 突变:Y485K | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;296 K;0.5M NaCl, 50mM NaPi, pH6.8, 7mM DTT, 13% PEG 8000
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.295 |
| 8YY2 Kinesin-14 in nucleotide-free state bound to 13 PF Microtubule 提交 2024-04-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 C
292–700(409 aa)
链 D
292–700(409 aa)
|
突变:E292M, Y485K, N697S 突变:E292M, Y485K, N697S | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 6.8;100 mM PIPES pH 6.8, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, and 1 mM GTP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8YY3 Kinesin-14 in nucleotide-free state bound to 14 PF Microtubule 提交 2024-04-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 C
292–700(409 aa)
链 D
292–700(409 aa)
|
突变:E292M, Y485K, N697S 突变:E292M, Y485K, N697S | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 6.8;100 mM PIPES pH 6.8, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, and 1 mM GTP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.24 Å |
| 8YY4 Kinesin-14 with AlF3 bound to 13 PF Microtubule 提交 2024-04-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 C
292–700(409 aa)
链 D
292–700(409 aa)
|
突变:E292M, Y485K, N697S 突变:E292M, Y485K, N697S | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 6.8;100 mM PIPES pH 6.8, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 1 mM GTP, 2 mM ADP, 2 mM AlCl3, and 8 mM NaF
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.02 Å |
| 8YY5 Kinesin-14 with AlF3 bound to 14 PF Microtubule 提交 2024-04-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 C
292–700(409 aa)
链 D
292–700(409 aa)
|
突变:E292M, Y485K, N697S 突变:E292M, Y485K, N697S | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 6.8;100 mM PIPES pH 6.8, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 1 mM GTP, 2 mM ADP, 2 mM AlCl3, and 8 mM NaF
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.99 Å |
共 15 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
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| UniProt名称 | NCD_DROME |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 1–24; UniProt 325–348 作者链 A; PDB构建体 335–371; UniProt 664–700 |