5hog

Crystal structure of the carboxy-terminal domain of yeast Ctf4 bound to Dna2.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 107.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase alpha-binding protein

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q01454

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 450–927 链 B; UniProt 450–927 链 C; UniProt 450–927 片段:UNP residues 450-927 Dna2p × 2 (A0A0D4IHI3) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;292 K;0.2 M tri-sodium citrate pH 6.2, 7-9% PEG 8000 and 0.45-0.9 M NaCl. 分辨率 3.09 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CTF4_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–478; UniProt 450–927 作者链 B; PDB构建体 1–478; UniProt 450–927 作者链 C; PDB构建体 1–478; UniProt 450–927

Dna2p

物种未注明

UniProt A0A0D4IHI3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 207–223 链 E; UniProt 207–223 片段:UNP residues 207-223 DNA polymerase alpha-binding protein × 3 (Q01454) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;292 K;0.2 M tri-sodium citrate pH 6.2, 7-9% PEG 8000 and 0.45-0.9 M NaCl. 分辨率 3.09 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A0D4IHI3_YEASX
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–17; UniProt 207–223 作者链 E; PDB构建体 1–17; UniProt 207–223

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5hog

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5hog
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5hog
沉积日期 deposition_date2016-01-19
结构标题 titleCrystal structure of the carboxy-terminal domain of yeast Ctf4 bound to Dna2.
关键词 keywordsDNA replication, adaptor protein, beta-propeller domain, replication; REPLICATION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.72
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.73
零角强度 I(0) i0265995000.00
分子量 molecular_weight134620.0 kDa
排除体积 excluded_volume169660 ų
包络体积 envelope_volume220060 ų
水化壳体积 shell_volume52299 ų
包络直径 envelope_diameter112.2
壳层 Rg shell_rg41.98
包络 Rg envelope_rg33.91
形状 Rg shape_rg33.72
总 Rg total_rg34.36
总原子数 total_atoms9503
残基数 n_residues1180
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax107.2
Rg (实空间) rg_real34.59
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.69
I(0) (实空间) i0_real2.6600e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8130e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.67
I(0) (倒空间) i0_reciprocal266000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8961
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary42.0
偏度 Skewness skewness0.190
峰度 Kurtosis kurtosis-0.550
角度范围 angular_range— – 0.2300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha90240000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.956; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.784

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)