5hoi

Crystal structure of the carboxy-terminal domain of yeast Ctf4 bound to Tof2.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 106.4 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase alpha-binding protein

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q01454

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 472–927 链 B; UniProt 472–927 链 C; UniProt 472–927 片段:UNP residues 472-927 Topoisomerase 1-associated factor 2 × 3 (Q02208) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;292 K;0.2 M tri-sodium citrate pH 6.2, 7-9% PEG 8000 and 0.45-0.9 M NaCl 分辨率 3.30 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CTF4_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 23–478; UniProt 472–927 作者链 B; PDB构建体 23–478; UniProt 472–927 作者链 C; PDB构建体 23–478; UniProt 472–927

Topoisomerase 1-associated factor 2

物种未注明

UniProt Q02208

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 497–517 链 E; UniProt 497–517 链 F; UniProt 497–517 片段:UNP residues 497-517 DNA polymerase alpha-binding protein × 3 (Q01454) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;292 K;0.2 M tri-sodium citrate pH 6.2, 7-9% PEG 8000 and 0.45-0.9 M NaCl 分辨率 3.30 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TOF2_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–21; UniProt 497–517 作者链 E; PDB构建体 1–21; UniProt 497–517 作者链 F; PDB构建体 1–21; UniProt 497–517

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5hoi

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5hoi
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5hoi
沉积日期 deposition_date2016-01-19
结构标题 titleCrystal structure of the carboxy-terminal domain of yeast Ctf4 bound to Tof2.
关键词 keywordsDNA replication, adaptor protein, beta-propeller domain, replication; REPLICATION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.69
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.74
零角强度 I(0) i0267570000.00
分子量 molecular_weight135500.0 kDa
排除体积 excluded_volume170990 ų
包络体积 envelope_volume220270 ų
水化壳体积 shell_volume52364 ų
包络直径 envelope_diameter113.0
壳层 Rg shell_rg42.04
包络 Rg envelope_rg33.86
形状 Rg shape_rg33.73
总 Rg total_rg34.40
总原子数 total_atoms9564
残基数 n_residues1185
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax106.4
Rg (实空间) rg_real34.56
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.62
I(0) (实空间) i0_real2.6760e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9920e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.65
I(0) (倒空间) i0_reciprocal267600000.0000
解质量估计 total_estimate0.9010
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary41.6
偏度 Skewness skewness0.181
峰度 Kurtosis kurtosis-0.569
角度范围 angular_range— – 0.2300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha74230000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.961; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.832

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)