5hpy

Crystal Structure of RhoA.GDP.MgF3-in complex with human Myosin 9b RhoGAP domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 112.6 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Unconventional myosin-IXb

Homo sapiens

UniProt Q13459

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1691–1916 未记录 Transforming protein RhoA × 1 (P61586) MGF TRIFLUOROMAGNESATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;289 K;20% (w/v) PEG 3350, 0.2M sodium malonate pH 7.0. 分辨率 2.40 Å R-free 0.246
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1691–1916 未记录 Transforming protein RhoA × 1 (P61586) MGF TRIFLUOROMAGNESATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;289 K;20% (w/v) PEG 3350, 0.2M sodium malonate pH 7.0. 分辨率 2.40 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MYO9B_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 7–232; UniProt 1691–1916 作者链 D; PDB构建体 7–232; UniProt 1691–1916

Transforming protein RhoA

Homo sapiens

UniProt P61586

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 3–181 片段:UNP residues 3-181 突变:F25N Unconventional myosin-IXb × 1 (Q13459) MGF TRIFLUOROMAGNESATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;289 K;20% (w/v) PEG 3350, 0.2M sodium malonate pH 7.0. 分辨率 2.40 Å R-free 0.246
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 3–181 片段:UNP residues 3-181 突变:F25N Unconventional myosin-IXb × 1 (Q13459) MGF TRIFLUOROMAGNESATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;289 K;20% (w/v) PEG 3350, 0.2M sodium malonate pH 7.0. 分辨率 2.40 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 129 个其他 PDB 条目、164 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RHOA_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 7–185; UniProt 3–181 作者链 F; PDB构建体 7–185; UniProt 3–181

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5hpy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5hpy
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5hpy
沉积日期 deposition_date2016-01-21
结构标题 titleCrystal Structure of RhoA.GDP.MgF3-in complex with human Myosin 9b RhoGAP domain
关键词 keywordsComplex, Rho GTPases, RhoGAP, GENE REGULATION-SIGNALING PROTEIN complex; GENE REGULATION/SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.04
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.99
零角强度 I(0) i0106212000.00
分子量 molecular_weight83187.0 kDa
排除体积 excluded_volume104370 ų
包络体积 envelope_volume135910 ų
水化壳体积 shell_volume32799 ų
包络直径 envelope_diameter122.1
壳层 Rg shell_rg40.09
包络 Rg envelope_rg35.68
形状 Rg shape_rg36.00
总 Rg total_rg36.25
总原子数 total_atoms5827
残基数 n_residues738
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax112.6
Rg (实空间) rg_real36.33
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.09
I(0) (实空间) i0_real1.0620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.16
I(0) (倒空间) i0_reciprocal106200000.0000
解质量估计 total_estimate0.5756
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.1
偏度 Skewness skewness0.409
峰度 Kurtosis kurtosis-0.653
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha28790000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.838; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.028; Positv: 1.000; Valcen: 0.744; Smooth: 0.139

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd5hpya_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.116 — GTPase activation domain, GAP
超家族 Superfamily superfamilya.116.1 — GTPase activation domain, GAP
家族 Family familya.116.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5hpyb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd5hpyd_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.116 — GTPase activation domain, GAP
超家族 Superfamily superfamilya.116.1 — GTPase activation domain, GAP
家族 Family familya.116.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5hpyf_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5hpyA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology555 — Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rho GTPase activation protein
结构域编号 domain_id5hpyB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id5hpyD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology555 — Phosphatidylinositol 3-kinase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rho GTPase activation protein
结构域编号 domain_id5hpyF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)