5huw

Structure of HSV-1 Large Terminase NLS bound to importin alpha

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 98.3 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Importin subunit alpha-1

Mus musculus

UniProt P52293

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 2–529 未记录 HSV1 large terminase NLS × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;298 K;0.6M sodium citrate, 100 mM Hepes, pH 6.0, and 10 mM beta-mercaptoethanol 分辨率 1.95 Å R-free 0.195

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 150 个其他 PDB 条目、151 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IMA1_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–528; UniProt 2–529

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5huw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5huw
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5huw
沉积日期 deposition_date2016-01-27
结构标题 titleStructure of HSV-1 Large Terminase NLS bound to importin alpha
关键词 keywordsNuclear Import, NLS, Importin alpha-1, Herpes virus, VIRAL PROTEIN, tranport protein; tranport protein, viral protein
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.19
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.91
零角强度 I(0) i035024600.00
分子量 molecular_weight47581.0 kDa
排除体积 excluded_volume60297 ų
包络体积 envelope_volume73835 ų
水化壳体积 shell_volume23624 ų
包络直径 envelope_diameter101.4
壳层 Rg shell_rg32.94
包络 Rg envelope_rg28.09
形状 Rg shape_rg27.91
总 Rg total_rg28.43
总原子数 total_atoms3350
残基数 n_residues439
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax98.3
Rg (实空间) rg_real28.55
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.97
I(0) (实空间) i0_real3.5020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.4690e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.44
I(0) (倒空间) i0_reciprocal35020000.0000
解质量估计 total_estimate0.6200
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.8
偏度 Skewness skewness0.539
峰度 Kurtosis kurtosis-0.387
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14150000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.653; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 0.525; Smooth: 0.846

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5huwC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)